隨著新冠疫情在全球的持續蔓延，新冠病毒在傳播的過程中，正在發生變異。繼美國發現變異版新冠病毒後，日本也沒能倖免。
據日媒8月9號報導，日本醫學界最新研究表明，6月中旬以來在日本擴散的新冠病毒是變異後的、具有新型基因序列的新冠病毒。變異病毒以東京為中心向外擴散，目前日本國內的新冠患者大多都是因為感染了這種病毒。
截止當前，日本已經累積確診新冠肺炎48817例，自從2月初「鑽石公主號」遊輪抵達橫濱後，日本疫情就被點燃。在最初的一個月，日本尚能夠控制住疫情的蔓延，至3月9號，日本確診病例剛剛突破500例。
可是從3月24號開始，日本疫情形勢急轉直下，單日新增確診病例屢創新高。然而經過漫長的拉鋸戰，第一波疫情好不容易結束。在進入6月中旬以後，日本疫情又出現反彈趨勢，特別是東京都地區，感染者中間開始出現20-30歲的青壯年。
在抗擊疫情方面，日本失職現象十分嚴重。2月3號，「鑽石公主號」遊輪返回母港後，日本沒有迅速對船上乘客進行隔離，而是等待核酸檢測結果出來後，才將陽性患者送去醫院治療，陰性患者遣送回家隔離觀察。
又因為沒有公布陰性患者名單，同時還給他們安排了公共運輸，不少陰性患者在返回市區沒多久就被查出陽性，這導致病毒進一步擴散。
3月27號，安倍內閣開始意識到問題的嚴重性，並且頒布防疫措施，呼籲民眾減少外出，關閉公共場所。日本民眾也非常配合防疫工作，經過日本全社會上下的共同努力，日本終於控制住了疫情的增長。
可是日本卻沒有珍惜這來之不易的優秀成績，5月下旬，日本宣布全面解除緊急狀態，東京的歌舞伎町、咖啡店等相繼開門營業，安倍內閣甚至推出旅遊打折活動，鼓勵日本民眾外出。
所以日本出現變異病毒，和消極的防疫措施有著很大的關聯，正是安倍內閣管控不嚴，才導致病毒藉機大肆傳播，進而發生變異。除此之外，外界還懷疑日本出現的變異病毒，和駐日美軍近期引爆的疫情也有很大關聯，因為美軍基地及其附近出現的感染者大多數都是被從美國本土調過來的士兵感染。
7月中旬，3名美軍士兵從美國乘坐飛機降落在日本東京的羽田機場，在核酸檢測結果還未出來前，他們就匆忙返回了巖國基地，隨後這三名士兵全部確診。除此之外，日本還出現多起因美軍謊報身體情況以及行蹤導致的病毒擴散。所以完全有理由相信，日本第二波疫情可能就是美軍「傳毒」所致。
儘管近段時間日本地方不斷施壓中央要求美軍共享疫情情報，同時呼籲修改《日美地位協定》，但日本防衛相河野太郎認為要尊重美方自由，稱必須維持美軍的應變能力，因此未經美軍同意相關疫情數據不會公開。據了解，目前駐日美軍確診數已經超過百人。
隨著感染人數急劇增長，目前日本的醫療衛生系統已經不堪重負。關於日本變異病毒的傳播性仍待研究，如果變異後致命性更強，那麼對日本來說將是一場災難。