8月30日，雲屏水電站攔水壩下遊河道恢復正常水流。
9月3日，神樹水電站大壩右岸壩肩已完成苫布和標識牌拆除，並對部分土質邊坡補充播撒草籽。
中青在線訊(中國青年報·中青在線見習記者 張奪)本報8月28日刊發《祁連山自然保護區神樹水電站生態破壞整治不到位》一文後，生態環境部也對相關情況進行了披露。對此，甘肅省委書記林鐸批示要求，立即組織查處，進行整改，對責任人進行處理。目前，甘肅省各部門也列出了整改方案。
記者從甘肅省環保廳獲悉，近日甘肅省對「綠盾2018」自然保護區監督檢查專項行動巡查組提出的自然保護區內違法違規問題進行了一系列整改。目前，祁連山神樹水電站生態破壞問題已進一步整改；小隴山雲屏水電站攔水壩已拆除，壩後河道恢復正常水流。
祁連山是我國西部重要生態屏障、黃河流域重要水源產流地、我國生物多樣性保護優先區域。根據2017年中辦、國辦關於祁連山國家級自然保護區生態環境問題督察處理情況及其教訓的通報，祁連山部分水電設施違法建設、違規運行，導致下遊河段水生態系統遭到破壞；甘肅省有關部門對生態環境突出問題整改不力。
8月26日，由中央五部門組成的巡查組在祁連山國家級自然保護區巡查時發現，曾被中央環保督察點名批評的甘肅省電力投資集團公司神樹水電站仍存在建築垃圾和生活垃圾清理不徹底，大壩右肩部分山體剝離面、採石場部分山體剝離面和引水隧洞1號支洞下方山體生態修復尚未完成的情況。在神樹水電站生態問題整治沒有達到標準的情況下，甘肅省有關單位於2018年7月給予銷號。
8月28日，神樹水電站廠房旁垃圾已清運至垃圾場，垃圾坑回填並覆土撒播草籽。
8月29日，林鐸在相關會議上對整改工作再次提出明確要求，甘肅省政府祁連山整改推進組專題研究神樹水電站問題整改意見；8月30日上午，甘肅省委副書記、省長唐仁健主持召開省長辦公會，專題研究部署神樹水電站問題整改工作。
8月31日，唐仁健赴祁連山自然保護區檢查生態環境問題整改工作，逐一檢查了「綠盾2018」巡查組指出的4個方面9個具體問題和當地政府自查發現的問題，並對下一步整改治理提出了明確要求和指導意見。
「巡查組發現的問題，給我們提了醒緊了弦，說明我們的整改工作還有差距，部分環節還有漏洞，整改質量還需提高。」唐仁健指出，各級各相關部門特別是武威市和業主單位要深刻反思，弄清楚錯在哪裡，對照祁連山生態環境問題整改要求和有關法規，逐一梳理，進一步明確整改標準和規範程序。要搞明白為什麼錯，深刻檢討有沒有思想鬆懈的毛病，有沒有工作大概齊、差不多的問題。
9月3日，甘肅省政府召開常務會議，安排部署全省自然保護區生態環保問題整改落實工作。會議強調，生態保護問題是甘肅基礎性底線性任務之一，祁連山生態環境問題是生態保護重中之重、唯此唯重的工作，重逾千鈞、重如泰山，要進一步提高站位，真正把祁連山生態保護治理作為政治工程、戰略工程、生態屏障工程、民生民心工程。
「『綠盾2018』巡查發現問題，是對我們工作的幫助和促進。」唐仁健要求甘肅各有關市縣和部門要認真對待發現的問題，以「雞蛋裡挑骨頭」的較真勁頭，對祁連山生態問題整改工作來一次全面徹底的大排查。
記者從甘肅省環保廳了解到，目前，神樹水電站發電廠房東側區域已完成場地平整1200平方米，清理山坡浮渣580平方米，專業設計單位已開展地質勘測和生態恢復治理方案的設計工作，大壩右岸壩肩的苫布和標識牌已拆除，補充播撒草籽。水庫庫底平整及邊坡修整工作已全部完成，清運砂石料約1000立方米；大壩下遊6間彩板房拆除完畢，設備已清運，4平方米垃圾坑的垃圾坑已清理乾淨並覆土撒播草籽，並對生態放流閥操作手輪進行固定焊死，確保生態下洩流量。
此外，對於巡查組提出的，甘肅小隴山國家級自然保護區實驗區內雲屏水電站未執行生態流量保障措施，造成水電站壩後近3公裡河道乾涸斷流的問題，甘肅省委省政府、隴南市委市政府、兩當縣委縣政府高度重視，立即組織相關人員趕赴現場核實具體情況並開展整治工作。
8月26日，雲屏水電站攔水壩由大石塊壘疊而成，下油河道乾涸。
8月26日，巡查組發現雲屏水電站未執行生態流量保障措施，未按整改要求設置無障礙生態流量下洩設施及計量設施，導致水壩後近3公裡河道乾涸斷流，河床裸露在外。中國青年報·中青在線記者在現場看到，該水電站大壩建立在了一條寬度5米左右的小溪之上，僅由大石塊壘疊形成，而就是這樣的一些石頭，導致的直接後果是下遊流量驟減，河道乾涸。
「近3公裡的斷流嚴重影響河道水生生物的棲息，同時也影響植被，造成生態系統的碎片化。」巡查人員說。
8月28日，甘肅省副省長李斌兩次作出批示，隴南市委、市政府主要領導對處置工作提出了明確要求，甘肅省環保廳、水利廳、林業廳組成工作組會同市政府及環保、水務等部門迅速深入現場，調查核實情況。
8月29日下午，調查組召開甘肅小隴山國家級自然保護區實驗區雲坪水電站未執行生態流量保障措施問題專題研究會議，聽取了小隴山國家級自然保護區管理局生態環境問題整改工作情況。當天晚上，按照省市調查組部署，兩當縣召開緊急會議，立即採取措施進行整改，並全面開展自查整改，強化執法執紀，確保環保要求全面有效落實。
8月30日，雲屏水電站攔水壩正在拆除。
整改內容包括：由縣水務局按照相關規定，吊銷該電站取水許可，並依據相關法律法規對電站予以處罰；與隴南供電公司聯繫，在整改沒有完成的情況下，停止該電站所發電的併網；8月29日連夜施工，對電站進水口進行封堵，對壩體實施工程改造，並對水泥廢渣集中統一處理；成立專案組對環保督查反映出的問題，全面調查處理，共問責兩當縣水務局、水政監察大隊3名責任人。
在生態環保部官方微信通報小隴山自然保護區雲屏水電站問題3天後，8月30日早上5點，該水電站攔水壩完成拆除，河道恢復正常水流。