媽祖廟位於坐落在湄洲島北端的牛頭尾山麓。 湄洲島因形似娥眉而得名，面積14多平方公裡。這裡四季如春，綠樹成蔭，天藍水淨，空氣清新。島上景色秀麗，有號稱「天下第一灘」的黃金沙灘九頭尾，有「天然盆景」之絕的日紋坑，有鬼斧神工之妙的鵝尾山，還有如訴如歌的千古絕唱湄嶼潮音。
1992年10月，湄洲島被闢為國家級旅遊度假區。湄洲島還與媽祖的名字連在一起。 2006年05月25日，媽祖廟作為清代古建築，被國務院批准列入第六批全國重點文物保護單位名單。
媽祖姓林，名默，人們暱稱默娘。她在人間只活了二十八個春秋，可她的名字，卻被人們傳誦了一千多年。相傳她自出生至滿月，不啼不哭，默默無聞。她從小習水性，識潮音，還會看星象；長大後「窺井得符」，能「化木附舟」，一次又一次救助海難。她曾經高舉火把，把自家的屋舍，燃成熊熊火焰，給迷失的商船導航；她矢志不嫁，把救難扶困，當作終極的目標。公元九八七年九月初九，她在湄洲灣口救助遇難的船隻時不幸捐軀，年僅28歲。她死後，仍魂系海天，每每風高浪急，檣桅摧折之際，她便會化成紅衣女子，佇立雲頭，指引商旅舟楫，逢兇化吉。千百年來，人們為了緬懷這位勇敢善良的女性，到處立廟祭祀她。自宋徽宗宣和五年（公元1123年）直至清代，共有14個皇帝先後對她敕封了36次，使她成了萬眾敬仰的「天上聖母」、「海上女神」。
湄洲媽祖廟是全世界二千多座媽祖廟（宮）的祖廟。經過千百年的分靈傳播，隨著信眾走出國門，媽祖也從湄洲逐漸走向世界，成為一尊跨越國界的國際性神祗。據不完全統計，目前全世界有媽祖廟（宮）2500多座。根據1987年臺灣報刊統計的數字，臺灣省的媽祖廟（宮）有800多座；香港、澳門地區有57座；國外有135座，分布在日本、韓國、越南、泰國、新加坡、馬來西亞、印尼、印度、菲律賓、美國、法國、丹麥、巴西、阿根廷等17個國家。全世界媽祖信眾約有2億人，單臺灣省就有百分之七十的人信奉媽祖。
湄洲媽祖廟建於宋初，開始僅「落落數椽」，名叫「神女祠」，經過多次修建、擴建才形成規模的。其中鄭和、施琅等歷史名人就力主擴建過，形成建築規模，日臻雄偉，最後形成了以正殿、偏殿等五組建築群，16座殿堂樓閣，99間齋舍客房；畫梁雕棟，金碧輝煌，恰似「海上龍宮」。後來廟宇幾經損壞，日漸破敗，特別是「文化大革命」期間（1966-1968年），媽祖廟受到了嚴重的毀壞，幾乎「夷為平地」。
八十年代來，媽祖廟才陸陸續續開始重建，尤其是近十年來，臺灣媽祖信徒到湄洲島祖廟進香日漸增多，目睹媽祖廟的現狀，海峽兩岸媽祖信徒同心協力，自願捐物捐資，進行大規模的修復興建。如今，湄洲媽祖廟不但重顯光彩，而且建築規模遠遠超過了歷史任何時候，更加富麗堂皇。目前祖廟建築群是以前殿為中軸線進行總體規劃布局，依山勢而建，形成了縱深三百米，高差四十餘米的主廟道，從莊嚴的山門，高大的儀門到正殿，由323級臺階連綴兩旁的各組建築，氣勢不凡。在祖廟山頂，還建有14米高的巨型媽祖石雕塑像，面向大海，栩栩如生。佇立山頂，極目遠眺，山海茫茫，水天一色；回望山下整個廟群盡收眼底，構成了一幅瑰麗壯美的山水畫。
在媽祖廟附近，有「升天古蹟」、「觀瀾」石、「媽祖鏡」、「潮音洞」等景觀，廟裡還有重修碑記、御賜金璽、御賜匾額等文物。
「升天古蹟」摩崖題刻在媽祖廟寢殿後的一塊巨大石壁之上，旁有一行小字：住持僧照乘和尚叩立世原洋。石壁上隱約可見千年前僅「落落數椽」的「神女祠」、「人」字形造型。佇立此處，舉頭西望，對岸賢良港隱約可見。相傳，默娘就是在此附近的「石鼓」上坐化升天的。