菲萊神廟修建於古埃及第三十王朝託勒密時代與羅馬統治時代，其建築也融合了法老時代與古希臘羅馬時代的建築風格，由尼克塔尼布亭、柱廊、伊西斯神廟等幾部分構成。
菲萊神廟原坐落在尼羅河的菲萊島上，該島是傳說中掌管生育和繁衍的女神伊西斯的居住地，也是法老時代的聖島。公元前7世紀努比亞人在盧克索建立了自己的王國後，菲萊島的地位更為突出。古埃及最後一位本土法老尼克塔尼布為祭祀女神伊西斯，於公元前350年左右建造了菲萊神廟。
亞斯文大壩建成後，菲萊島被完全淹沒。為拯救這座珍貴古蹟，埃及政府在聯合國教科文組織的幫助下展開搶救工作。專家和工程人員先用鐵板將菲萊島與湖水隔開，抽乾島上的積水後將菲萊神廟切割成數萬塊，運送至附近的艾吉萊克島後，按原貌重新組裝起來。整個工程於1979年竣工。目前遊客可以乘當地特色的帆船前往艾吉萊克島參觀菲來神廟。
菲萊神廟原身在修亞斯文大壩時已沉入海下，埃及政府決定把它從海下移到另外一個島上，也就是我們現在看到的，工程之大可想而知。 最早的這個神廟是埃及人建造的，後來被希臘人翻修，柱子形狀都不一樣， 基督教當時破壞掉了很多神廟雕刻把自己的十字架加入其中，幾千年的文物歷經滄桑，黑色部分都是被海水泡過的。
菲萊神廟距離亞斯文市區距離超過10公裡（包含水路應該），交通並不便利。常規玩法是包車，價格約180埃磅/車，與司機談好回程時間和接車地點後就可以愉快的玩耍了。
菲萊神廟有一處不合理的地方，有點小坑。就是進入正門後並不是真正的神廟，想要到達菲萊神廟需要再乘船走水路才能到達，而這個船是單獨收費的。