1.古奈良的歷史遺蹟
奈良（なら）在公元710年至784年是日本的首都，在那個時期，日本國家政府的結構確定了下來，並且奈良到達了其鼎盛時期，成為了日本文化的發源地。所以奈良在日本人心中的地位是很高的。由於歷史悠久1998年根據文化遺產遴選標準被列入《世界遺產目錄》。
2.日光神殿和廟宇
日光神殿和廟宇（にっこうしんでんのおてら）位於栃木縣日光市。神殿和神廟與它們周圍的自然環境一直被視為神聖之地，並因其傑出的建築和裝飾而聞名於世。這裡具備日本國寶級別的殿堂、鐘樓、鼓樓、山門等共一百零三處之多，全都分部在日光山內中禪寺湖邊。在1999年的時候被列為世界文化遺產。
3.琉球王國時期的遺蹟
琉球王國時期的遺址（りゅうきゅうおうこくのじきのいせき）位於衝繩縣，展示了琉球王國500多年的歷史（公元12世紀至17世紀），雄偉的城堡遺址體現了那個時期琉球王國的社會結構。在那500年中，琉球群島王國廣泛地與外界進行著經濟和文化交流，從而造就了這一獨特的文化遺存。因為齊文化的獨特性，因此在2000年的時候被列入世界文化遺產。
4.紀伊山地的聖地與參拜道
紀伊山地的聖地與參拜道（きいさんちのせいちとさんぱいどう）橫跨日本和歌山縣、奈良縣及三重縣的宗教聖地「吉野大峰」、「熊野三山」、「高野山」以及連接這些聖地的朝聖路線。三處最具特點的神殿由朝聖路線相連，一直通向古代城市的遺址。這些遺蹟和周圍的森林景觀反映了1200年前日本的古老文化。故在2004年根據文化遺產遴選標準被列入《世界遺產目錄》。
5.石見銀山遺蹟及其文化景觀
石見銀山遺蹟及其文化景觀（いわみぎんざんいせきおよびぶんかけいかん）位於島根縣，石見銀山遺蹟是一組山脈，海拔600米，被深深的河谷截斷，以大型礦藏、熔巖和優美的地貌為主，是16世紀至20世紀開採和提煉銀子的礦山遺址。礦山現在被濃密的森林所覆蓋。遺址上還建有堡壘、神龕、部分山道運輸線。在2007年批准「石見銀山遺蹟及其文化景觀」為世界遺產。
6.平泉文化遺產
平泉文化遺產（ひらいずみぶんかいさん）正式登錄名稱是平泉—象徵著佛教淨土的廟宇、園林與考古遺址，是日本巖手縣平泉町存在的一系列寺院的總稱。按照8世紀傳到日本的淨土宗的宇宙觀建造而成。象徵著人們渴望死後往生的佛陀淨土以及此生的靜心之境。結合了日本本土的自然崇拜與神道教的影響，淨土宗發展出了日本獨特的規劃與園林設計理念。在2011年被收錄於《世界遺產目錄》中。
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