與新冠病毒相關的宗教自由之戰是新教的主要問題，沒有一家天主教教堂對美國地方政府提起訴訟，美國除了新墨西哥州的拉斯克魯塞斯一個教區外，其他所有天主教教區都對公眾關閉。
不過，該教區的主教彼得·巴爾達奇諾在這周致牧師的一封信中，與天主教領導層分道揚鑣，公開反對美國政府關閉教堂。巴爾達奇諾強調，關閉教堂的做法，就是「忽視那些在疫情中死去的人」。巴爾達奇諾認為，美國爆發與新冠病毒相關的宗教自由之戰：上帝召喚我們去現場禱告
巴爾達奇諾表示：「在這段時間裡，電視轉播的宗教活動試圖彌補這一差距，但我越來越相信這還遠遠不夠。基督的復活向我們保證，神已經接納了基督為我們的罪所獻上的贖罪祭，我們需要向基督禱告贖罪，正是這一緊迫性驅使著最初的使徒們追隨上帝，即使到今天，這種禱告需要也絲毫不減，因為上帝是永生的，我們都是他的使者。」
不過，巴爾的摩大主教威廉·洛裡則認為，巴爾達奇諾這樣的論據並不能反映出大多數天主教聖公會教徒的態度。洛裡告訴天主教雜誌《Crux》：「教會必須採取措施，確保我們的安全和健康，當然，這些措施必須是合理的、理性的。我們並不覺得是美國政府在強迫我們這麼做，我們覺得我們做的是對的。」
洛裡曾是美國天主教會宗教自由問題的核心人物，洛裡補充稱，他「完全沒有感覺到」美國政府關閉教堂是歧視宗教人士。洛裡表示：「我們所有的權利和自由都非常重要，這都是上帝給我們的禮物，它們是受到美國憲法的保護，但也不是絕對的。任何人的權利都不是絕對的，包括宗教自由。」
而且，即便就在許多教會提起訴訟，指控因新冠疫情關閉教堂違反了美國憲法第一修正案之際，但美國新教和天主教著名領袖表示，因新冠肺炎疫情關閉教堂並不會對宗教自由構成廣泛威脅。
在過去的兩周裡，密西西比州、肯塔基州、田納西州和堪薩斯州的教堂紛紛對當地政府提起訴訟，主要原因在於，這些教堂的免下車式祈禱和懺悔，要麼被禁止，要麼被警方關閉。與此同時，加利福尼亞州三所沒有暫停現場禱告的教堂也提起了訴訟。在其他地方，牧師因拒絕取消他們的現場禮拜活動而被逮捕。
然而，著名的基督教領袖向其追隨者保證，美國政府廣泛禁止大型宗教集會並不會對宗教自由構成威脅，前提是這些禁令是暫時的、合理的。
美國最大的一個基督教新教教派、美南浸信會宗教自由倡導者羅素·摩爾表示：「為遏制美國新冠病毒傳播，國家利用其警察權力來保持社交距離，並不侵犯宗教自由。但它必須得到一致和公平地落實，不能將教堂或宗教組織與其他社會群體對立起來。」
這周早些時候，在臉譜網的直播中，摩爾詳細地談到了宗教自由，摩爾認為，新冠肺炎疫情的爆發是全球性大流行病，他很高興地發現，在這個問題上發生的「小衝突」少之又少。摩爾為密西西比州格林維爾和肯塔基州路易斯維爾的教堂進行辯護，聲稱州政府對免下車祈禱的禁令「前後矛盾」。
在三家教堂提起訴訟後，這兩座城市都被迫收回了他們的命令。在路易斯維爾，一名法官批准了對教會的臨時限制令，判定路易斯維爾市市長格雷格·費舍爾的命令違反美國憲法。在格林維爾，在美國司法部部長威廉·巴爾發表了一份力挺教堂的聲明後，密西西比州州長泰特·裡夫斯也支持基督徒的宗教自由，之後格林維爾市市長埃裡克·西蒙斯被迫解除了禁令。
在所有這些案例中，教堂的論據都基於這樣一個事實：他們的免下車式祈禱和懺悔，並沒有違反美國疾病控制與預防中心發布的社交疏離指導原則，具體來說，就是當人們將汽車停在彼此附近時，他們不會把車窗搖下來，然後在車內進行現場禱告。摩爾指出，當不少州政府已經允許汽車餐廳繼續營業的時候，教堂繼續提供此類免下車服務的理由就更充分。
摩爾說道：「如果你有教堂這樣做，而且他們符合所有的社會疏離準則，你就不能用這種方式懲罰他們，如果你不打算在索尼克音樂節上這樣做的話。」
不過，美國企業研究所最近的一項研究發現，絕大多數基督徒認為，支持美國政府關閉教堂公共服務。而且，拉斯穆森周三公布的一項民調顯示，即使美國總統唐納·川普在過去一周再次轉向支持復工復產，絕大多數人仍然認為應該繼續關閉教堂。
美國新教和天主教著名領袖：因疫情暫時關閉教堂並不侵犯宗教自由。美南浸信會的著名保守派神學家、宗教自由倡導者凱利·沙克爾福德於4月初撰文稱，只要關閉教堂是暫時性的防疫措施，美國基督徒就應該學會調整。
沙克爾福德寫道：「為防控疫情，美國政府要求暫時關閉教堂，既不是敵視宗教，也不是不合理規定。相反，現在是我們所有人謹慎應對挑戰的時候，對上帝和鄰居的愛才是最重要的。」
沙克爾福德批評了紐約市市長比爾·德·白思豪的言論，指控他可能會強迫教堂和猶太教堂永久關閉，如果這些教堂不遵守他的關閉命令。沙克爾福德是「第一自由研究所」的主席，這是一個代表幾個免下車教堂的法律組織，他一直直言不諱地批評聯邦政府禁止免下車服務。