古代的易經八卦、古曆法及陰陽五行學說固然是它的基礎，而古代的星相術也是奇門遁甲一術的重要源頭。
因為古人由於生產水平與認知水平的低下，知識與物質的貧乏，不能解釋神秘的自然現象（如災難等）和把握自己的命運，於是便產生了「天命」的思想，認為至尊至上的「天「有著不可抗拒的神奇力量並主宰和支配著人世間的一切事物。
古代帝王更是一向重神天意吉兇，身旁常設有觀察天時星相的官員。如《周禮春宮》所記載：「馮為相氏掌十有二歲，十有二月，十有二辰，十日，二十有八星之位，辨其敘事，以會天位。」「保障氏掌天星，以志星辰日月之變動，以觀天下之勢。辨其吉兇。以星土辨九州之地，所封之域皆有分星，以觀妖祥」等等 。
漢代也設有「星工」觀察星相，探測吉兇。如《漢書蘭文志》記載：「探知五星日月之會，兇厄之患，吉隆之善，其術皆出焉，此聖人知命之術也。」歷代星官、欽天監等官職延綿不斷，星相術成為奇門遁甲中九星，六神的來源。
但是，據考漢代史志所載並無奇門遁甲方面完整的明文記錄，只有其最初的雛形《風鼓六甲》《風后孤虛》等用於行軍布陣的方術論著。到了南北朝簡文帝時才開始有了「三門」之說，「遁甲」之語，並開始興盛起來，逐步見於史志。
到了隋朝，則湧現了不少關於奇門遁甲的論著，如遁甲文、遁甲經、遁甲圖等共十三家，但這些原文現在難以見到。至唐朝時，李靖寫有《遁甲萬一決》，胡乾寫有《遁甲經》等，史志上均有記載。到了宋朝，關於奇門遁甲的各種論著則越來越多。從此在士大夫階層中一直盛傳到後世。
奇門遁甲這一門預測術的興起，與古曆法、星相和易經八卦密是不可分的。
奇門遁甲有九星，分別是：天蓬星、天芮星、天衝星、天輔星、天禽星、天心星、天柱星、天任星、天英星九星。也有將北鬥七星加上左輔、右弼後稱為九星的。
九星源於古人對星辰的自然崇拜，是古代神話和文學結合的產物。比如我們熟知的大熊星座的北鬥七星，夏天的時候非常的明顯，北鬥七星也經常被我們用來辨認北方。要辨別方向必須要通過北鬥七星找到北極星，從而確定北方的位置，因為無論地球怎麼自轉，北極星始終是在北方，這也是古人在沒有指南針的時候如何辨別方向的方法之一。
九星的原型來源於我們常說的北鬥七星，夏天的時候，在天氣晴朗的晚上，抬頭就能看到勺子形狀的七顆星星。九星源於古代天文學中的九個星宿，實際上這九星就是北鬥九星，亦大熊星座。北鬥的第一星天樞即天英星，第二星天璇即天任星，第三星天璣即天柱星，第四星天權即天心星，第五星玉衡即天禽星，第六星開陽即天輔星，第七星搖光即天衝星。搖光兩邊的左輔即天芮星，右弼即天蓬星，這兩顆都是陰星，隱而不見。
天蓬星的全稱是陰襲大衍天蓬隱光右弼星，簡稱右弼星，字子禽。
天芮星全稱是陽綜孚慶天兩洞明左輔星，簡稱左輔星，字子成。
天衝星的全稱是通玄須變天柱祿存貞星，簡稱祿存星，字子翹。
天輔星的全稱是總承符允天心文曲紐星，簡稱文曲星，字子卿。
天禽星的全稱是執慶剛昱天禽廉貞綱星，簡稱廉貞星，字子公。
天心星的全稱是大益樞京天輔武曲紀星，簡稱武曲星，字子襄。
天柱星的全稱是凝華好化天衝破軍關星，簡稱破軍星，字子中。
天任星的全稱是英明集革天任星，簡稱英明星，字子韋。
天英星的全稱是照衝勳令天英貪太星，簡稱貪狼星，字子威。
據宋朝時候所編輯的道教文籍，《雲笈七籤》第二十四卷日月星辰部二，對北鬥九星有詳細的定義。
《黃老經》曰：
北鬥第一天樞星，則陽明星之魂神也。
第二天璇星，則陰精星之魂神也。
第三天機星，則真人星之魄精也。
第四天權星，則玄冥星之魄精也。
第五玉衡星，則丹元星之魄靈也。
第六闓陽星，則北極星之魄靈也。
第七搖光星，則天關星之魂大明也。
第八洞明星，則輔星之魂精陽明也。
第九隱元星，則弼星之魂明空靈也。
不只是在宋代，唐朝詩人徐鉉也曾提及九星的存在。
《步虛詞五首》
氣為還元正，心由抱一靈。
凝神歸罔象，飛步入青冥。整服乘三素，旋綱躡九星。
瓊章開後學，稽首奉真經。天帝黃金闕，真人紫錦書。
霓裳紛蔽景，羽服迥凌虛。白鶴能為使，班麟解駕車。
靈符終願借，轉共世情疏。聖主過幽谷，虛皇在蕊宮。
五千宗物母，七字秘神童。世上金壺遠，人間玉龠空。
唯餘養身法，修此與天通。何處求玄解，人間有洞天。
勤行皆是道，謫下尚為仙。蔽景乘朱鳳，排虛駕紫煙。
不嫌園吏傲，願在玉宸前。三素霏霏遠，盟威凜凜寒。
火鈴空滅沒，星鬥曉闌幹。佩響流虛殿，爐煙在醮壇。
蕭寥不可極，驂駕上雲端。
九星在奇門遁甲中被賦予了新的含義，天蓬屬水，天英屬火，天衝和天輔屬木，天心和天柱屬金，天任、天禽和天兩屬土。九星還可與八卦相配合，其基本排列的原位是：天蓬在坎一宮，天芮在坤二宮，天衝在震三宮，天輔在巽四宮，天禽在五中宮而寄坤二宮，天心在乾六宮，天柱在兌七宮，天任在艮八宮，天英在離九宮。
九星中的天衝星、天輔星、天禽星、天心星和天任星為吉星，而天蓬星、天芮星、天柱星和天英星為兇星。由於九星代表天時，而人的性格往往與遺傳和先天有關，所以在測人事時，往往以所臨九星的性質來判斷人的個性特徵。
按照古人的說法，九星有其吉兇特性，其中天輔、天禽、天心三星為上吉，天衝、天任兩星為小吉；天蓬、天芮兩星為大兇，天柱、天英兩星為小兇。但是，具體的吉兇還要根據時間與空間來查看九星五行的旺相休囚死，才能夠準確地進行分析判斷。凡是遇上五行在旺或相的時間，可以使吉星更吉，大兇星減兇，小兇星則變得一般化，不兇不吉。反之，則可以讓兇星更兇，吉星也變得一般化，甚至可以轉為兇兆。
九星的旺相休囚是根據它們對地盤宮的影響的輕重而確定的。它們與地盤宮五行產生生助作用的時候，即我生之月，它們的影響最大，此時九星處於「旺」。它們與地盤宮五行同類比和，起壯大聲勢的作用時，即與我同行時，影響為其次，即次旺，此時九星處於「相」。它們處在被地盤宮五行生助的時候，即季節月令五行生助它們的時候，它們雖然降星地盤宮之上，但不起作用，此時九星處於「死」或「廢」。它們對地盤宮五行發生克制的時候，是地盤宮五行最旺的時候，它們也就可以休息了，此時九星處於「休」。如果地盤宮五行克制它們，就是季節月令五行克制它們的時候，它們雖然也能降臨地盤宮之上，但等於被囚禁起來一樣，此時九星處於「囚」。
奇門遁甲是一種時空交替的磁場表現，以前封建時代皇室用以來遣兵調將出奇制勝。現在我們則用以推算出某個時間的吉方，來增加事情成功率。
如求財，考試，求職，索債，求醫，出國旅行，博戲戰鬥，圍捕盜賊等都有很好的效果。另外，奇門遁甲用時盤來佔卜推算事情更是出神入化，快速又準確。如果研究的人能夠掌握其中奧秘使用起來那是神奇非凡。當然，除了以上敘述之外奇門遁甲還有很多其他用途，端看使用者如何使用。
奇門遁甲將一切事物的成敗歸納為五大因素，即天時、地利、人和、神助，格局組合，所謂天時是指天體運行對一切事物的影響，包括自然界的風雨雷電的變化，國家政策法規的約束，戰爭、自然災害等等，均指天時，奇門遁甲中以九星代表天時，九星即天心星、天蓬星、天任星、天衝星、天輔星、天英星、天芮星、天禽星、天柱星。所謂地利是指周圍的地理環境（如風水）生態環境，地球磁場對事物的影響，山川、河流、道路、交通、社會區域的結構，奇門遁甲中以九宮代表地利，九宮既乾、坎、艮、震、巽、離、坤、兌及中五宮。所謂人和，是指人際關係，民族種群的差別，倫理道德、民俗習慣等等，奇門遁甲中以八門代表人和，八門即開、休、生、傷、杜、景、死、驚這八門。所謂神助，是古人在天人感應中發現與九宮八卦具有相對應性質的八種神秘的自然力量，影響著事物的發生發展。奇門遁甲中以八神代表神助，八神是指值符（天乙貴人）騰蛇、太陰、六合、白虎、玄武、九地、九天。所謂格局組局，即事物在發展過程中存在的微妙變化和變化過程，格局組合即奇門遁甲中天、地、人、神、星、門、奇、儀的組合結構，以十幹克應，八門克應，星、門、奇、儀組合為代表。
奇門遁甲就是將這五種因素綜合在象、數、理模型（太極）中運用奇門遁甲的語言信息符號展示事物發生發展過程及其結果，它使用的語言信息符號就是陰陽五行，天幹、地支、九宮八卦及其特有的九星，八門、八神。要掌握奇門遁甲的推演方法及其判斷技巧。
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