原本被「臺灣疫情指揮中心」視為「大防護罩」的檢疫旅館，如今卻可能成為防疫破口，去年十二月八日確診的浙江臺商（案七一九），經病毒基因定序，其病毒竟與同住臺北市某家檢疫旅館、自德國入境的確診者（案六九三）幾乎一樣，臺灣感染科專家認為，這證實浙江臺商應是在防疫旅館染疫。
指揮中心曾指 「在機場染疫」
案七一九去年九月中旬至浙江洽公，十一月廿二日返臺，於臺北市某防疫旅館居家檢疫，住在三樓房間，入住第十二天出現症狀；由於他在大陸出境當天上海浦東機場爆發群聚感染，當時指揮中心一度以「防疫旅館無人確診」為由，認為個案應在浦東機場染疫，不料隔天意外發現，案六九三也曾住同旅館六樓，引發是否為本土染疫爭議。
指揮中心發言人莊人祥當時研判，檢疫者至該防疫旅館報到後，皆透過樓梯前往房間，檢疫期間使用通訊軟體與旅館人員溝通，將外送餐點放在門口，檢疫者不用走出房間，且兩人並非同天到達旅館，一個住三樓，一個住六樓，並無接觸可能。另針對十四名防疫旅館工作人員進行病毒核酸檢驗及血清抗體採檢，結果均為陰性。
陳時中低調 「兩個就很相像」
指揮中心指揮官陳時中昨在例行記者會被問及兩人病毒比對結果時，態度低調，僅說，兩人的基因定序，研判應屬同一系列；至於浙江臺商的感染源是否就是案六九三，他則不願多談，強調防疫旅館工作人員及與確診者同時入住者採檢結果皆陰性，「兩個就很相像，但已經結案」。
莊人祥昨表示，去年十二月十日該檢疫旅館環境採檢，檢驗個案房間門把、電話、遙控器、馬桶、空調出風口及公共區域的一樓、三樓及六樓等樓梯間，結果皆為陰性。
專家：病毒基因相似就是群聚
「病毒序列一樣就是防疫旅館出問題，一人一室非萬靈丹。」當時曾提出防疫旅館感染管控有疑慮的臺大兒童醫院院長黃立民認為，ＲＮＡ病毒變化快，「只是病毒基因相似就是群聚」，不排除空調空氣傳播惹禍。
黃立民指出，雖工作人員或與確診者同時入住者皆為陰性，但不能排除有某位既非防疫旅館員工、也非住宿者的感染者客人，同時與兩名確診者接觸，造成疫情，「社區就是有個案，臺灣才會不斷有輸出病例」。
有共同接觸者？曾共用物品？
高雄市立小港醫院感染內科主治醫師張科則認為，個案不一定在旅館中被傳染，若在旅館感染，「比起共同接觸者，兩人曾共用物品的可能性很高」。
綜合臺媒報導