醫館笑傳第1集劇情
捲軸現世
大明年間，在京城有一家天和醫館，醫館館主陳慕禪表面上是一個大夫，其實他是西廠的特務。這一天他臉戴面具身穿黑衣來到西廠總部，卻被廠公識破，挑了他的面具並射了他一箭。陳慕禪駕著馬車帶著夫人逃過了一撥又一撥殺手的追殺，最後夫妻二人被殺手逼到懸崖邊，二人無路可逃只好跳下懸崖。
陳慕禪夫妻倆的死訊傳到醫館，他們的女兒陳安安傷心的哭死過去了。大徒弟朱一品覺得師傅和師娘的死並不是意外，一定另有隱情。這時來了一個蒙著面的孕婦要朱一品給她接生，朱一品沒接生過孩子，他趕忙翻看醫書，等他想到了辦法卻發現孕婦不見了，桌子上卻留下了一個捲軸。他打開捲軸一看，裡面記載著很多殺手的名字及其所用的武器。朱一品看完捲軸就暈了過去，捲軸也自燃化成了灰燼。
原來陳慕禪夫妻倆並沒有死，那個孕婦就是陳慕禪喬裝打扮的，這個捲軸是陳慕禪故意留給朱一品的，他希望朱一品能夠創造奇蹟。看了醫館最後一眼，陳慕禪夫妻二人駕著馬車離開了京城。
朱一品醒過來以後就急忙去找陳安安，他告訴沉浸在悲傷中的安安師傅和師娘並沒有死，讓陳安安不要過於難過。陳安安不相信朱一品，朱一品告訴陳安安師傅給他留下的有信號。陳安安是個花痴，她提醒朱一品父親讓他照顧的不僅只有醫館還有自己，她要朱一品早日娶她為妻。朱一品說師傅和師娘現在生死不明，自己不可能和陳安安談婚論嫁。陳安安氣得把朱一品拍在桌子上。
朱一品剛出房間就被西廠特務柳若馨打暈了，他被帶到西廠總部。西廠廠公汪公公讓朱一品把捲軸的內容寫下來，朱一品說自己忘記了。柳若馨把朱一品帶到湖上的亭臺內，她抽出長劍逼朱一品說出捲軸的下落。朱一品卻認出了柳若馨的長劍就是捲軸中記載的武器龍鱗決。這時，有人在暗處用飛鏢攻擊二人，柳若馨用長劍把飛鏢打落，朱一品認出釘在牆上的飛鏢是捲軸上記載的殺手春三娘的武器。
醫館笑傳第2集劇情
尋找春三娘
柳若馨被飛鏢擊中她拉著朱一品跳進水中，兩人來到岸上升起篝火烘烤衣服。柳若馨讓朱一品趁早說出捲軸的內容，朱一品說他真的不記得捲軸的內容，只是有時在電光火石的一剎那間他會記起一些內容。
為了監視朱一品柳若馨要住到醫館來，她謊稱自己是漁家的女兒，昨晚父親病重找朱一品出診，不料父親病重醫治無效去世了，家裡沒錢她只好把自己賣給了朱一品抵作診金。陳安安看到朱一品竟然領了一個年輕貌美的姑娘回來，她醋意大發要把柳若馨賣進青樓，柳若馨裝出一副可憐樣弱弱的說自己會聽從陳安安的發落。鄰居豆腐房的老闆莊田田和醫館的會計趙布祝看到楚楚可憐的柳若馨都責備陳安安太殘忍，陳安安無奈只好留下柳若馨。
柳若馨向汪公公也就是自己的義父匯報朱一品的確是看到了捲軸，不過捲軸的內容他已經想不起來了，但是朱一品認出了用飛鏢襲擊自己的人是春三娘。柳若馨不明白春三娘為什麼要殺朱一品，汪公公說春三娘是同舟會的人，陳慕禪就是西廠派到同舟會的臥底。同舟會是民間的一個神秘組織，捲軸的內容和同舟會息息相關，春三娘殺朱一品是為了滅口。汪公公讓柳若馨儘快找到春三娘，臨走柳若馨告訴汪公公自己的劍有名字了叫龍鱗決，汪公公聽後臉上露了奇怪的表情。
柳若馨得到情報說春三娘要刺殺王萬金員外，她和朱一品爬上王員外府上的牆頭，王員外的腳氣很嚴重，他正等待著郭大夫前來給他看病。朱一品冒充郭大夫來給王員外看病，他用王員外院中種的蕁麻草煮水給王員外泡腳，不料瞎貓子碰到死耗子，王員外泡過腳以後覺得自己的腳舒服了很多，柳若馨抓住這個機會說明天他們還會來給王員外治病，而明天也是王員外的生日。
柳若馨正在洗澡時受到東廠特務楊宇軒的襲擊，楊宇軒把朱一品帶走了。二人來到紫氣東來酒店，進到廚房朱一品發現這裡的廚師個個都是高手，楊宇軒告訴他這裡就是東廠總部。廚師模樣的東廠廠公也讓朱一品交出捲軸。
第二天，楊宇軒、柳若馨和朱一品三人來到王員外的生日宴會上，朱一品告訴楊、柳二人春三娘使用的暗器是一個簪子。陳安安不想柳若馨和朱一品單獨相處，她也混進王員外府，正當朱一品看見一個頭帶暗器簪子的婢女在人叢中穿過，陳安安卻和他搗起亂來。
醫館笑傳第3集劇情
王員外被嚇死
三個人抓到了這個侍女，可這個侍女用的暗器是小刀並不是簪子。原來這個侍女是王萬金的老相好，因為王萬金拋棄了她，她才起了殺心。這時候宴會上音樂響起，朱一品發現一個琴師非常可疑，他突然想到自己可能被誤導了，春三娘不一定就是個女人。說時遲那時快琴師向王萬金射出了飛鏢，朱一品眼疾手快拿起身邊一個花盆砸向飛鏢，飛鏢偏移了方向射中了管家，管家當場死亡。王萬金嚇得趕快和夫人坐上馬車準備離開，可王萬金髮現他沒有帶自己從小枕到大的枕頭，又回到府中拿枕頭。夫人等了半天也不見王萬金出來，她隔著門縫一看，王萬金竟然死在了裡面。官府金捕頭聞訊趕到王員外家辦理此案。
莊田田跑到醫館告訴大家王員外被人殺死了，柳若馨三人假裝是六扇門的人來到王員外家探聽情況。金捕頭向三人介紹了案情，此案非常蹊蹺，兇犯沒有拿走金銀珠寶，房間裡除了死者的腳印也沒有第二個人的腳印，但房間內充滿了狐狸的騷味，還有很多狐狸毛。金捕頭懷疑王員外是被狐狸嚇死的，朱一品卻覺得這些狐狸騷味有些不對勁。
回到醫館朱一品心裡還在琢磨著案情。柳若馨告訴他今天發生的事情也有可能是楊宇軒給自己上演的一齣戲，楊宇軒卻又提醒朱一品今天王萬金的死狀和當年柳若馨刺殺魏尚書的情景是一樣的。
楊宇軒和朱一品來到太平間想看看王員外的屍體，沒想到金捕頭也在那裡。朱一品查驗了王萬金的屍體，他確認王萬金沒有中毒的確是被嚇死的。當天晚上當鋪的錢老闆也被人殺死了，他的死狀和王員外一模一樣。
金捕頭查出朱一品三人並不是六扇門的人，柳若馨只好向他表明了三人的身份。對於王萬金和錢老闆的死，柳若馨和楊宇軒各執一詞，二人互相猜忌，誰都不服誰。