就目前而言，兩國是正常的國與國關係，沒有特別友好，也沒有什麼不友好，但雙方的關係在不斷深化。
二戰以後，在國際整體局勢的影響下，英國在英屬印度的殖民統治無法再繼續維持，被迫允許印度獨立。
印度獨立領導人尼赫魯的意思是完全繼承英國人在南亞的勢力範圍，建立一個包括緬甸、印度、尼泊爾與巴基斯坦在內的一個大印度聯邦，但是這個建議遭到了緬甸與印度國內穆斯林聯盟的強烈反對。
鑑於印度殖民地內部印度教徒與伊斯蘭教徒的暴力衝突越來越頻繁，同時也為了確保自己在印度獨立後繼續確保對該地區的影響力，英國人決定將印度分治。1947年，英國最後一任印度總督蒙巴頓拋出了印巴分治的蒙巴頓方案。根據該方案，印度被分成印度聯邦、巴基斯坦國兩個國家及500多個土邦（後來大部分加入印度）。
其中巴基斯坦分為西巴基斯坦及東巴基斯坦，兩個巴基斯坦被印度相隔開來。從領土上看，西巴基斯坦面積更大，而東巴基斯坦的人口更多（佔巴基斯坦總人口的56%）。
東、西巴基斯坦最終分家
雖然兩個巴基斯坦的民眾絕大部分同是信奉伊斯蘭教，但是他們並不是一個民族。西巴基斯坦主要是旁遮普族、信德族，講烏爾都語；東巴基斯坦人口主要是孟加拉族，講孟加拉語，二者在歷史上基本沒有什麼聯繫。
巴基斯坦建國後，西巴基斯坦是國家的主體，但西巴基斯坦並沒有平等的對待東巴基斯坦，國家的主要資源集中用於西巴基斯坦，而佔人口多數的東巴基斯坦得到的資源不僅少，而且還要反向向西巴基斯坦輸出資源。
另外，在政治權力的分配上，東巴基斯坦人也處於劣勢地位，西巴不願讓東巴掌握太多政治權利，這種資源的分配不公使東巴基斯坦日益不滿。
印巴分治以後，兩國圍繞著克什米爾的歸屬問題，立即爆發了戰爭，此後兩國便成為不共戴天的仇敵。現在，印度又橫亙在東、西巴基斯坦之間，對於印度來說，就陷入了兩面受敵的戰略態勢，這自然是印度不能接受的，因此印度做夢都想肢解巴基斯坦。於是印度就利用東西巴基斯坦的矛盾積極扶持東巴獨立。
在1970年的巴基斯坦大選中，以拉赫曼為首的東巴人民聯盟憑藉人數優勢獲勝。但是，西巴不甘心國家權力落入東巴人的手中，便不承認大選結果。結果拉赫曼乾脆在印度的支持下宣布東巴獨立，在1971年宣布成立孟加拉人民共和國。
東巴基斯坦的獨立運動引來了巴基斯坦的強力鎮壓，他們逮捕了拉赫曼。隨即孟加拉人成立了自己的武裝組織，他們開始與政府軍爆發戰爭，巴基斯坦內戰爆發。
印度瞅準機會，在蘇聯的支持下挑起第三次印巴戰爭，巴基斯坦軍隊失利。最終在印度軍隊刺刀的保護下，孟加拉國在事實上獨立，東西巴基斯坦正式分裂為兩個國家。
分裂之後兩國的關係
在孟加拉國獨立的最初幾年，兩國沒有往來。到了1975年，巴基斯坦才不得不接受現實，與孟加拉國初步達成了財產分配方案，承認了孟加拉國的獨立，兩國建立了外交關係。
直到此時，兩國的關係遠遠談不上好。在孟加拉國領導人的心中，有一個打不開的心結。那就是巴基斯坦對於孟加拉國獨立運動的鎮壓導致了大量東巴人的傷亡，孟加拉國領導人認為巴基斯坦應該向孟加拉國人民道歉。
直到穆沙拉夫擔任巴基斯坦總統時，才在對孟加拉國的訪問中正式就此事向孟加拉國道歉。穆沙拉夫說：「我想對孟加拉人民表達對那次的悲劇事件最誠摯的歉意，這個悲劇事件給我們兩個國家造成巨大的創傷」。
至此，巴基斯坦和孟加拉國之前的歷史恩怨才得以化解，為此後兩國關係的發展掃清障礙。此後，兩國的合作深度與廣度都有了明顯的擴大。
值得一提的是，巴基斯坦與印度的是死對頭，而孟加拉國也對印度時刻充滿了警惕，所以它與印度的關係也不怎麼好，這就是為巴、孟兩國發展關係創造了條件。