世界的某些神秘海底或湖底隱藏著遠古人類城市，這些遠古建築遺址蘊藏著大量的人類歷史信息。許多水下古城湮沒於水下是由於救千年前地震、海嘯或者其他自然災難形成的。許多水下古城僅是近年來才被發現，或者這些遠古遺址是通過先進的科學技術手段下實現的。這些神秘的水下古城仍保留著多秘密，它們的發現讓科學家產生了濃厚興趣，對人類歷史文明形成了許多質疑和思考 。
海底「神殿"
距臺灣宜蘭60海裡的與那國島，其南面海底陸續發現「古神殿"的遺蹟。經學者和專家長達8年的實地調查， 發現該海底古城可能是1.5萬年前琉球群島與中國大陸還連在一起時的古文明遺蹟 ， 是由於地震引起地質變化而突然沉人海底的。
在方垣島沿岸海底，最近兩年又陸續發現各種不同的石砌建築、柱穴、靈石、人頭雕像、拱門及幾何圖形的海龜等；最後甚至發現了雕刻在牆上的「象形文字"。科學家確信該海底遺蹟是佔文明的遺物。事實上，約在半世紀前，即有漁民發現與那國島的西南方海底有巨大的金字塔、古城堡；1986年，當地的潛水專家把它取名為「遺蹟潛水觀光區"，因而吸引了不少攝影家及觀光客潛人海底觀察遺蹟，也引起琉球當地學者的注意，並開始著手學術性的海底考古研究。
大約兩年前，位於與那國東南方的新川鼻海底「神殿"，即被海底考古調查隊以電腦合成方式繪製成立體圖，並依其中的海龜、靈石、廣場等祭拜物的方位判斷，該遺蹟可能是古居民聚會祭拜的神廟。 至於神殿北面兩個半圓形的 「柱穴" ， 有考古學家指出該低洼洞穴可能是女巫舉行儀式前沐浴之處， 也可能是讓即將獻給神的處女沐浴的水池。 半圓洞穴東邊近處的靈石擺設的方位及方式及衝繩人及日本本島的民間信仰類似。此外，神殿東方的拱形城門、巨石疊成的城園門等，和在一萬年後才興起的琉球王國建築類似。在城門咐近發現的兩塊重疊巨石，有人推測是城門下方的基石；由兩塊巨石整齊重疊在一起，及其上方留有長方形人口雕孔等看來，巨石顯然是經過人力加工而成為城一部分。
海底金字塔之謎
幾年前， 美、 法等國一些科學家在大西洋中的百慕達三角區進行探測時，他們驚訝地發現：在那波濤洶湧的海水中，竟聳立著一座無人知曉的海底金字塔！這塔底邊長300米，高2傭米，塔尖離海面僅100米。論規模，它比大陸上的古埃及金字塔更為壯觀。塔上有兩個巨洞，海水以驚人的高速從這兩個巨洞中流過，從而捲起狂瀾，形成巨大旋渦，使這一帶水域的浪潮洶湧澎湃，海面霧氣騰騰。上述發現令人們迷惑不解：在波濤滾滾的海底，人們怎樣生存、怎樣建造「金字塔"呢？西方有些學者認為，這座海底「金字塔"可能原本建造在陸地上，後來發生強烈的地震，隨著陸地沉人海洋，這樣就使「金字塔"落到海底了。