2018年4月16日，西湖大學創校校董會第一次會議在浙江杭州召開。這是繼4月2日教育部正式對外公布西湖大學獲批成立之後，西湖大學歷史上的又一重要節點。4月16日，民辦研究型大學西湖大學在杭州召開了西湖大學創校校董會第一次會議。
據杭州市西湖教育基金會，上述會議首先確定了西湖大學第一屆校董會成員。韓啟德等21位候選人為西湖大學首屆校董會成員，由清華大學經濟管理學院院長錢穎一擔任校董會主席，現年96歲的中國科學院院士、世界著名物理學家楊振寧擔任校董會名譽主席。
根據《西湖大學章程》，第一屆校董會成員候選人由西湖教育基金會推薦、地方政府推薦、顧問委員會推薦、大學教職工代表大會選舉、學生選舉等程序產生。
錢穎一在致辭中表示，西湖大學是中國高等教育改革創新的產物，是探索依靠社會力量舉辦研究型大學的嘗試。根據《西湖大學章程》，西湖大學實行校董會領導下的校長負責制。錢穎一提出三條建議：以制度為基礎按規則辦事;給校長最大的治校空間;給教師最大的治學自由。
會議通過決議，西湖大學創始捐贈人皆擔任西湖大學創校榮譽校董，包括馬化騰、王健林等在內。會議任命劉旻昊為校董會秘書。
錢穎一還宣布51歲的施一公為首任校長候選人。施一公在競聘演講中說，「辦好西湖大學是我肩上義不容辭的責任。人生為一件大事而來。西湖大學就是我生命中的這件大事，我已經做好準備，毫無保留地付出我的全部心力，以不忘初心、無問西東的務實態度，帶著全社會、國家、政府、和全體師生員工的重託，使西湖大學成為國家和民族的驕傲。」
隨後，經校董會投票表決，施一公當選為西湖大學首任校長。
當選後，施一公發表了感言。他表達了對校董會信任的感謝，對黨和國家支持創辦西湖大學的感謝，特別提到了教育部、民政部以及浙江省、杭州市、西湖區對西湖大學的大力支持，並對兄弟高校的支持、對所有西湖大學捐贈人、對所有參與西湖大學籌建的人士表示感謝。「雖然對未來長路的探索有未知，有挑戰，但我將勇往直前!今後任重道遠，但我堅信，我們有夢想，更有擔當，在大家的共同努力下，在全社會的關心和支持下，我們一定能將西湖大學建設好、發展好，使她早日進入世界一流大學之列。」施一公說。
施一公1967年出生於河南鄭州市，本科就讀於清華大學生物科學與技術系。此後，他前往美國約翰霍普金斯大學醫學院攻讀博士學位。2003年，施一公獲得美國普林斯頓大學終身教職，成為該校分子生物學系最年輕的正教授。
2008年，旅美18年的施一公突然選擇回國工作。施一公曾解釋回國原因，「我回來的根本目的是為了育人，教育一批人，育人在育心，做科研是育人的一個重要環節。……我希望自己可以培養出一批胸懷大志而又腳踏實地的人才。」此前的1月初，施一公已請求辭去清華大學副校長職務。
會議還任命許田、仇旻為西湖大學副校長，批准了西湖大學2018年預算及發展規劃，並討論通過了西湖大學其它若干重要事項。
許田於近日放棄了耶魯大學終身教職，全職加入西湖大學。許田擔任過15年的耶魯大學遺傳系副系主任以及11年的耶魯大學校長顧問，曾長期參與科學管理和政策制定。施一公對許田全職加盟評價，「是西湖大學發展歷程中的重要一步。」
仇旻則在24歲獲得了浙江大學理學博士學位，26歲獲得瑞典皇家工學院博士學位並留校任教，34歲在該校獲得終身正教授職位。2005年，仇旻獲得瑞典戰略研究基金會第二屆「未來科研帶頭人」項目資助，於2010年下半年到浙江大學任職。在加入西湖大學之前，仇旻為浙江大學現代光學儀器國家重點實驗室主任、光電學院微納光子學研究所所長。
西湖大學創校校董會成員(按照姓氏拼音排序)：
David Baltimore、陳佳洱、陳十一、陳一丹、陳越光、程純、董建嶽、董清源、郭禾陽、郭孔丞、韓啟德、李牮、李伊頔、潘建偉、錢穎一、秦英林、饒毅、施一公、徐益明、葉慶均、張磊
首批西湖大學創校榮譽校董會成員(按照姓氏拼音排序)：
曹挺、鄧鋒、鄧營/侯屈平夫婦、葛航、龔虹嘉、黃昌華、林剛、馬化騰、倪良正、沈月華、石聚彬、王東輝、王健林、吳亞軍、徐海照、薛景霞、姚忠良、張擁軍、趙心竹、朱獻福、朱新紅