《元史·太祖本紀》中記載：太祖二十二年丁亥(1227年)閏五月，避暑六盤山；六月，「次清水縣西江。秋七月壬午，不豫。己丑，崩於薩裡川哈老徒之行宮。」
所以，成吉思汗應該崩於1227年7月甘肅省清水縣西江的大汗行宮，正值盛夏。對於成吉思汗的死法觀點眾多。有人說他是死於雷擊，有人說他是死於西夏王妃的櫻桃小嘴，也有人說成吉思汗死於落馬和箭傷，但不管怎麼樣，他終歸是死了，葉落歸根，何況還是一國大汗，可是成吉思汗的葬地一直是個謎。
民間最廣為人知的傳說中提到，成吉思汗死前對自己最忠心的將領交代了「秘不發喪」的遺命，然後把遺體秘密的運回成吉思汗的故鄉，葬到生前趕建好的陵墓中。然後用上萬的蒙古馬把那一片地踩平到不留痕跡。上面栽滿樹木，為了守住秘密，有一位將領帶領八百士兵將造墓的一千多名工匠全部殺害，再由大軍把這八百名士兵處死，這樣，就再也沒有人知道成吉思汗墓地的秘密了。這個可信度還是很高的。
據說為了成吉思汗的後代能找到墓地便於拜祭，還殺了一隻駝羔，把血淋到上面，這樣成吉思汗的後人要想拜祭，只要利用母駱駝辨識自己子女血脈的天性為嚮導，母駱駝在哪裡悲鳴，哪裡就是成吉思汗的墓地。這個傳說就比較扯了，前一個為了不讓人找到，把人都殺了，後一個又給墓地找了個gps定位以便祭奠，總不可能祭奠一次再殺掉全部掃墓人吧，所以不能全信。
蒙古可汗安葬之地歷來有嚴格保密的習俗， 不僅僅是成吉思汗陵墓，元代的14位皇帝陵墓都至今不曾被發現。按照元代的密葬制度，帝陵是不起墳隴的，安葬完畢後即以萬馬踏平，並以騎兵守護，待來年長滿野草之後，基本上就痕跡全無。
外蒙古國前總統巴嘎班迪在接受中央電視臺採訪時也說過：「「成吉思汗在他的遺囑裡說過，讓他的陵墓永遠不讓世人知道。我們遵循成吉思汗的這一遺囑。成吉思汗陵墓在什麼地方就在什麼地方，這並不重要……」蒙古人對於成吉思汗都非常尊重，也不願意這些考古隊探險隊去打擾成吉思汗的遺體，所以很多尋找成吉思汗陵墓的考古行動，得不到外蒙古政府和蒙古族人民的支持。更是增加了尋找成吉思汗墓穴的難度。