宋元之際，功臣名號走向衰亡。元代與北宋不同的地方是，賜功臣號主要針對已故大臣。史書有大量追贈功臣名號的記載。如宰相耶律楚材去世贈經國議制寅亮佐運功臣，大臣賽典赤去世後贈守仁佐運安遠濟美功臣等等。元朝功臣名號用於在世者的情況史書記載不多，幾次見於賜高麗國王功臣號。元世祖至元二十九年（1292）二月「詔加高麗王王睶太保，仍錫功臣之號」。成宗大德元年（1297）授高麗王昛為推忠宣力定遠保節功臣，再一次是武宗至大三年（1310）四月，「賜高麗國王王章功臣號，改封沈王」。
元代較少對在世官員封賜功臣名號，這可能與其分封、食邑制度有關。蒙元政權源於草原部落，保留了類似於漢代諸侯封國和列侯食邑的制度。功臣以王、公爵位可建立兀魯思封國、獲得五戶絲食邑，享有實際的利益，這與唐、宋爵位虛化的情形不同，因此功臣名號沒有太大作用。後來，隨著王朝危機加深，元的統治者也開始給大臣、軍將加功臣號。最初是文宗在至順元年（1330）經天曆之變上臺後，對擁立有功者賜名號。以伯顏功大，「賜黃金雙龍符，鐫文曰『廣忠宣義正節振武佐運功臣』」。後來，元末代皇帝順帝也於至元元年（1335）十二月庚戌，加荊王脫脫木兒元德上輔廣中宣義正節振武佐運功臣之號。
明初統治者為在武裝奪權鬥爭中取得支持，重新封賜功臣名號。明對功臣號進行簡化統一，「功臣則給鐵券，封號四等：佐太祖定天下者，曰開國輔運推誠。從成祖起兵，曰奉天靖難推誠。餘曰奉天翊運推誠，曰奉天翊衛推誠。武臣曰宣力武臣，文臣曰守正文臣」。明代偶爾也對去世的功臣加贈名號，如洪武九年（1376）「諸功臣如（廖）永安及俞通海、張德勝、耿再成、胡大海、趙德勝、桑世傑皆已前沒」，明太祖朱元璋「皆加贈開國輔運推誠宣力武臣、光祿大夫、柱國」。永樂十六年（1418）姚廣孝去世後，明成祖朱棣追贈他為推誠輔國協謀宣力功臣。明代的功臣名號除開國功臣、靖難功臣外，極少賜予；追贈功臣名號的情況就更加罕見。
清歷代君主大量賜徵戰將士「巴圖魯」名號，「巴圖魯」滿語為「勇士」，與功臣名號相似。有三種情況：一種只稱巴圖魯；第二種加滿語勇號，如達爾漢、碩翁科羅、法什尚阿、穆騰巴圖魯；加漢語勇號，如勁勇、強謙、剛安巴圖魯等。「巴圖魯」純屬一種榮譽稱號，與官職不同，不以其而享受俸祿，也和爵位沒有關係，這一點和明代功臣名號明顯不同。
清代在八旗制度的基礎上，將前朝的勳號與爵位合併形成一種亦官亦爵的世職制度，功臣則授予世職以資獎勵。清初世職共公、侯、伯、精奇尼哈番（子）、阿思哈尼哈番（男）和世職阿達哈哈番（輕車都尉）、拜他喇布勒哈番（騎都尉）及拖沙喇哈番（雲騎尉）八等，後乾隆增恩騎尉為第九等，凡陣亡者子孫，襲爵次數已盡，授以恩騎尉，令其世襲。清代對公、侯、伯皆按其功軍褒錫嘉名。如崇德元年（1636），曾追封功臣費英東為直義公，雍正九年（1731），又命加封號曰信勇。乾隆四十一年（1776），又封阿桂一等誠謀英勇公，封明亮一等襄勇伯。這些事實表明，世職制度等級嚴密、集名利於一體，完全起到了對官員獎勵的作用「，巴圖魯」只是清代戰爭中的榮譽稱號，在範圍和作用方面都已經和以前朝代的功臣名號不可同日而語了。
明清兩代功臣爵位可以世襲，雖不再享有食邑，但可根據等級分享不等的俸祿，明代為祿米，清代以銀兩，這使得爵位由虛變實，充當了分配政治利益的主要工具，這必然導致賜官員功臣名號的傳統作用降低，使用範圍縮小，並逐漸淡出了歷史舞臺。