萬曆四十八年三月，朱翊鈞因長期酒色無節，加上遼東慘敗，國事困擾，終於病重不起。七月二十一日，在弘德殿去世，終年五十八歲。二十二日發喪，二十三日頒布遺詔，命皇太子朱常洛嗣位。九月初十日尊諡號神宗範天合道哲肅敦簡光文章武安仁止孝顯皇帝，廟號神宗。十月初三日，安葬於定陵。
直到上世紀五十年代，我國考古人員對明定陵進行了發掘。
關於這次考古活動，民間流傳著頗多流言：
一是參與發掘的考古人員在後來的幾十年裡相繼離世，均遭遇不測；
二是一些當地村民盜走了萬曆皇帝的棺材板，後七名村民離奇死亡。
由於，這是新中國成立以來，我國考古人員首次對帝王陵進行的發掘，所以，缺乏文物保護的經驗，再加上，當時正值一段敏感時期，以至於，許多文物遺失，這是毋庸置疑的事實。
至於那些子虛烏有的流言，筆者認為完全是有心人憑空杜撰的，類似的駭人聽聞的傳說，在世界各國考古界均有發生，卻從未有人拿出佐證。當然，發掘定陵的過程中，考古人員的確發現了一些反常現象，比如：萬曆皇帝朱翊鈞的遺體的擺放十分詭異。
考古人員開棺後，發現朱翊鈞的遺骨躺在一條緞被上，被子的兩邊向上折起，將遺骨包裹起來。最令人匪夷所思的是，朱翊鈞的頭骨右偏，右臂則向上彎曲，放在頭骨旁，左臂放在腹部，手骨中攥著一串念珠。朱翊鈞的左腿骨向上彎曲，右腿則下垂。
這一發現堪稱驚世駭俗，從古至今從未出現過這樣離譜的葬式。或許，類似的葬式，只出現在帝王墓中，但在任何史料之中，我們都無法找到有關皇帝入殮的細節。通常來說，皇帝的入殮儀式是秘不示人的，在入殮之時，除了少數皇親國戚之外，其他人是要避諱的。
朱翊鈞葬式的發現，在考古界掀起軒然大波。
那麼，朱翊鈞的葬式能否代表所有古代帝王呢？考古人員所看見的又是不是他入殮時的葬式呢？
有學者猜測，朱翊鈞的葬式極有可能與古代天文學有關。我們知道，北鬥七星在古代天文學中有無可替代的地位，而其中的紫微垣又代表著人間帝王。從朱翊鈞遺骨的葬式來看，像極了北鬥七星。正所謂「天子之居，謂之紫宸」，古代皇帝都覺得自己是上天派到民間治理天下的主宰，而死亡只是象徵著天子使命結束，返回「天位」罷了。
根據古代風水學說來看，北鬥七星還有闢邪的功效。從形狀上來看，北鬥七星的樣式有點像是「S」形，七顆星星代表了七種「氣場」，也就是風水學說中的「氣」。帝王陵寢不論從選址到建造，都是圍繞著風水學說中「聚氣藏風」的理論來進行的。《水龍經》記載：「水見三彎，福壽安閒，屈曲宋朝，榮華富饒。」一條河流，至少要出現三道「S」形，才能稱得上是吉地。葬著皇帝的陵寢，從金剛牆到地宮，這段隧道也有數道「S」形，正是這個道理。
按照古人事死如事生的慣例，這樣的布置是為了聚集的「氣」，只有讓龍穴之中「聚氣」，才能庇佑江山千秋萬代，為子孫謀福。
由此可見，萬曆皇帝的古怪葬式，正應了古代的風水術。
對此，也有學者提出了不同見解，稱：萬曆皇帝的葬式實際上是源於佛教。根據史料的記載可知，朱翊鈞是個虔誠的佛教徒，因此，他的葬式亦有可能是參考了釋迦牟尼涅槃的動作。根據《大乘起信論》中的記載，釋迦牟尼八十歲那年，意識到自己時日無多，於是，便在弟子的隨從下，來到一座小村莊，在一棵娑羅樹下，以頭北腳南，面相西方，右手支頭，左手放在小腹上，雙足併攏的姿勢涅槃。
從明神宗入殮的姿勢來看，他的葬式可能借鑑了佛祖的涅槃姿勢。除此之外，在出土的陪葬品中，我們也能看出朱翊鈞是個虔誠的佛教徒。在他所穿的服侍上，繡有佛經及佛教內容的紋樣。此外，明神宗棺中還有一件「紅八寶紋暗花緞緙絲盤龍佛字方補交領夾龍袍」，這件龍袍的龍首紋樣上繡有一個「佛」字。此外，前文我們也提到，明神宗的左手上還握著一串佛珠，顯然這種說法比前一種更具說服力。
除了以上兩種猜測之外，還有另一種可能。
根據《泰昌實錄》的記載，明神宗在下葬時，共有八千六百人為其抬槓，由於路途遙遠，在發喪的路上棺上的繩索斷了幾次。在棺槨運送到鞏華城時，有幾根抬棺的木槓斷裂，以至於棺槨墜地。有可能在棺槨墜地時，棺內的遺體經過磕碰，其姿勢才發生了變化。
當然，這些也都是猜測而已。
但是，有一點可以肯定的是，後人認為明朝的滅亡萬曆帝有著不可推卸的責任， 史學家也認為正是由於萬曆帝的怠政才導致明朝滅亡的。當然，明神宗的身體很差是他懶惰原因，考古工作者在發掘埋葬萬曆的墓穴時發現，「無論是棺內萬曆右腿蜷曲的痛苦形狀，還是屍骨復原後，右腿明顯比左腿短的情形，都足以說明這位皇帝生前確實患有嚴重的足疾。」而他對大臣的指責他也解釋說自己身體不好。
可見，明神宗的後期，可能根本就走不了路了。
參考資料：
【《明史·卷二十·本紀第二十》、 《明史·卷二十一·本紀第二十一》 、《明實錄·神宗卷》、《定陵挖掘之謎》】