1946年
4月，撰寫《關於目前國際形勢的幾點估計》。
6月26日，國民黨軍大舉進攻中原解放區，全面內戰爆發。
7月4日，作出南線野戰軍「先在內線打幾個勝仗再轉至外線」的戰略決策。
7月20日，起草《以自衛戰爭粉碎蔣介石的進攻》的黨內指示。
8月6日，會見美國記者斯特朗，提出「一切反動派都是紙老虎」的著名論斷。
9月16日，為中共中央軍委起草《集中優勢兵力，各個殲滅敵人》的指示。
10月1日，為中共中央起草黨內指示，總結三個月戰爭的經驗。
11月18日，在為中共中央起草的黨內指示中，第一次使用「人民解放戰爭」的名稱。
1947年
3月18日，率中共中央機關和人民解放軍總部撤離延安，開始歷時一年的陝北轉戰。
3月至8月，領導西北野戰軍先後取得青化砭、羊馬河、蟠龍、沙家店戰役的勝利，粉碎了國民黨對陝北解放區的重點進攻。
7月21日至23日，在陝北靖邊縣小河村主持召開中共中央會議，提出對蔣介石的鬥爭用五年時間（從1946年7月算起）解決的設想。在此前後，部署劉鄧、陳粟、陳謝三路大軍渡過黃河，轉入戰略進攻。
10月，起草《中國人民解放軍宣言》，提出「打倒蔣介石，解放全中國」的口號。
11月，將1933年起草的《怎樣劃分階級》和《關於土地鬥爭中一些問題的決定》重新印發給全黨，以指導解放區土改運動正確發展。
12月25日至28日，在陝北米脂縣楊家溝主持召開中共中央會議（即十二月會議），向會議提交《目前形勢和我們的任務》的書面報告，提出了十大軍事原則和新民主主義的三大經濟綱領。
1948年
1月18日，為中共中央起草《關於目前黨的政策中的幾個重要問題》的決定草案。
3月23日，結束陝北轉戰，東渡黃河，前往華北解放區。
4月1日，在山西興縣蔡家崖晉綏幹部會議上發表重要講話，闡明黨的新民主主義革命總路線和土地改革總路線。
4月30日至5月7日，在河北阜平縣城南莊主持召開中共中央書記處擴大會議，提出把戰爭引向國民黨統治區、發展生產、加強紀律性等幾點意見。
5月1日，致信李濟深、沈鈞儒，提出成立民主聯合政府，宜先行召開新的政治協商會議。
5月27日，到達中共中央工委所在地河北平山縣西柏坡村。
9月8日至13日，在西柏坡主持召開中共中央政治局會議，作關於戰爭、建國、財經等問題的重要報告。
9月至次年1月，組織指揮遼瀋、淮海、平津三大戰略決戰，將國民黨軍主力聚殲在長江以北。
12月30日，為新華社寫一九四九年新年獻詞《將革命進行到底》。
1949年
3月，主持召開中共七屆二中全會，提出實現黨的工作重心轉移、奪取全國勝利以及關於新中國建設的指導方針和基本政策。
3月25日，率中共中央機關和人民解放軍總部進駐北平。
4月21日，在南京政府拒絕接受《國內和平協定》的情況下，和朱德聯名發布《向全國進軍的命令》。
4月23日，人民解放軍佔領南京，作詩《七律·人民解放軍佔領南京》。
6月15日至19日，出席新政協籌備會議第一次全體會議，並在開幕式上講話。
6月30日，發表《論人民民主專政》一文。
7月4日，復電程潛，對程提出的反蔣反桂及和平解決湖南問題之方針，給予讚許，並對有關事宜作出安排。
9月21日至30日，出席中國人民政治協商會議第一屆全體會議，致開幕詞，當選中央人民政府主席。會議通過了由周恩來主持起草、經他多次審閱修改的《共同綱領》。
10月1日，中華人民共和國成立，主持開國大典。
12月5日，頒發《關於一九五○年軍隊參加生產建設工作的指示》。
12月16日，抵達莫斯科，首次訪問蘇聯。1950年2月14日，中蘇籤署《中蘇友好同盟互助條約》。
12月至翌年初，對和平解放西藏作出具體部署。
1950年
6月6日至9日，主持召開中共七屆三中全會，提交《為爭取國家財政經濟狀況的基本好轉而鬥爭》的書面報告，並作《不要四面出擊》的講話。
6月28日，主持召開中央人民政府委員會第八次會議，通過《中華人民共和國土地改革法》。
10月上旬，主持中共中央政治局會議，作出「抗美援朝，保家衛國」的決策。
10月8日，發布組成中國人民志願軍的命令，命令志願軍迅即向朝鮮境內出動，援助朝鮮人民，並任命彭德懷為志願軍司令員兼政治委員。隨後親自指導了第一次至第三次戰役。
10月以後，發動和領導了鎮壓反革命運動。