奇門遁甲非常神秘，這份神秘更多的是來源於歷史還有一些古書上的記載。從九天玄女傳授黃帝，到後來的姜太公、張良、諸葛亮、劉伯溫等大神。
很多人都聽過「奇門遁甲」這個詞，也有很多人聽過關於奇門遁甲的神秘的傳奇故事，傳說奇門遁甲法術威力無比，具有上天入地之能，特別是奇門遁甲中的「天、地、人、神、鬼、風、雲龍、虎」九遁和三奇神咒、真人閉六戊法，天罡步鬥法和三奇符式及六甲符式等更是令人高深莫測，同時又因「十個奇門九個瘋」的說法而令人望而生畏，
「奇」字最早見於《周易。繫辭》上「陽卦奇，陰卦偶」，奇指的是單數，與偶數相對應，在後來的《孫子兵法》中奇字已衍變成為兵法用語，有了變幻莫測、出人意料的意思，引申為特異、神奇的意思。
陳平是漢高祖劉邦的重要謀士，在《史記》《漢書》中都有它的傳記，說他在輔佐劉邦時，六出奇計救紛糾之難，振國家之患，陳平從何處學得奇門遁甲不得而知。因他沒有像張良一樣隱遁求道，故史書對他的生平事跡記載頗多。
《奇門遁甲》歷來被古代皇家視為「帝王之學」，私藏於皇室內宮，不輕易示人，但由於北宋時期的國力空虛，北方遼、金等外族虎視眈眈，宋真宗、宋仁宗二帝為抵禦外族的入侵，在社會上大力宣揚《奇門遁甲》，仁宗年間，其多方搜集有關《奇門遁甲》方面的書，並由皇家寫出《景祐遁甲符應經》，宋仁宗皇帝親自為其寫序。
宋趙彥衛《雲麓漫鈔》卷九說遁甲以六甲循環推數，故稱循甲。宋代楊維德等撰《遁甲符應經》三卷，有線裝本保存。
明朝，輔佐朱元璋打天下的劉伯溫也是一代《奇門遁甲》高手，劉伯溫對此術的運用也可以說是得心應手，並另外寫有著名的古預言——《燒餅歌》，但他深暗政治之學，明白「功高震主、才高遭忌」的道理，在完成了輔佐朱元璋的帝王霸業後，便功成身退，隱居於山林了。
有專家指出，正史圖書目錄中最早出現奇門遁甲書名的是《隋書》。
明代程道生撰《遁甲演義》四卷，五巽撰《遁甲吉方直指》一卷，此書刪諸兇時，傳注吉門，郭抑廉編《奇門說要》一卷，是抄錄其他書籍而成，還有託名於劉基的《新鋟煙波釣徒奇門定局》一卷。
清代史易撰《奇門臆解》一卷。於愷撰《奇門佔驗》一卷。汪漢謀編《禽遁七元成局書》十四卷，《四庫總目提要》云：「所條列頗井井，世之為兵家言者，每稱之。然考其所列翻禽倒將之法，亦俱舛互失次。」