所謂「雙瞳」，指的是人的每隻眼睛裡有兩個瞳孔，非常詭異。在道家的觀念裡，這樣的人能夠找到人魈，所謂「人魈」，就是那些在生活中犯了罪惡，不人不鬼的人，目有雙瞳者，可以日觀千裡，夜窺神鬼。
電影《雙瞳》的故事本來是臺灣本土的離奇謀殺案，但由於死者的外籍身份和難以用科學解釋的神秘命案促成了梁家輝飾演的警察與大衛·摩斯飾演的FBI之間的合作，也正因此背景，《雙瞳》成了一部國際化的電影。
道家「五獄」論：寒冰獄、烈火獄、刨腹獄、剮心獄、拔舌獄。傳說香港人信奉的黃大仙（黃大仙原名黃初平，生於公元三二八年，是東晉時代的浙江金華蘭溪人。在他十五歲上山牧羊時遇到神仙指引，到金華赤松山修煉，四十年後修成正果。因此黃大仙亦以「赤松子」為別號。）黃初平欲修煉成仙，就必須用「五獄」之罰磨練自己，但能承受的了「五獄」之罰談何容易，但黃初平天生雙瞳，能識別「人魈」（生前做了昧良心事的鬼魂），於是他就利用自己的雙瞳找到了五個人魈，並用「五獄」對他們進行了懲罰，隨即得道成仙。
電影中的成仙理念是通過五種地獄，便可以成仙，但究竟如何通過，只有成仙者才能知道。
警官黃火土兩年前由於揭發同僚貪汙，被打入冷宮，被安排在冷門的外事組工作，他的同事對他怒言相向，他的妻子清芳受不了他長期不回家而要求離婚。
同時，發生三宗離奇的命案 。三名受害者的身份彼此沒有關聯，前來驗屍的法醫卻在三名死者腦部共同發現一種神秘的黑黴菌，而且三人都是在歷經幻覺的狀態下死亡。負責偵辦的警局又缺乏這方面的專才，在社會人心惶惶的氛圍下，高層只好求助於美國。美國聯邦調查局派了一名專門偵辦此種案例的專家凱汶萊特前來協助。
黃火土以前的辦案夥伴李豐博警告他如果他幫那美國人破案的話，會使得整個警局再度蒙羞，後果會如何恐怕就不只是打入冷宮而已。但黃火土沒有聽從他的勸告，而是和萊特很快上手此案，也因此使得案情大有進展。最終，他們發現兇手是按照一種古老罕見的道教圖示來殺人，藉由將作惡的人送入五種殘忍恐怖的地獄受刑，來達到長生不老的目的，這同時也預示了將會有更多的受害者出現。
在辦案過程中，通過人類學家拿實物做參照的細緻講述來帶給觀眾一種真實的心理恐懼感和話題趣味性。一系列詭異離奇殺人案件的線索也被一點點撥開真相，原來，幾年前在交阯地區挖出過的一座道觀---真仙觀，觀中發現了一篇石刻文字和一些法器，符籙之類的東西，石刻文字所揭示的古代道士煉丹修仙的必經過程圖，則是根據《河圖洛書》糅合道家密語所繪製，代表的是道家的宇宙觀，道教人士一直依靠這套體系來測算過去和未來，兇手便是根據這套圖來尋找下手對象，當然，其中有一些人是自願上門接受成仙程序洗禮。影片中的兇手就是按照出土文物上所刻的道家符籙樣子，在被害人身體上刻下一模一樣的符籙，此符籙代表的是閻王爺的催命符。
謝亞理和她的姐姐，前世本是交阯的兩位道人，他們在交阯真仙觀修煉了許久之後，要渡劫才能升仙。兩人於當世可能無法渡劫，所以投胎轉世，雙生在一母體中。再投胎之前，兩人已經安排好了轉世之後升仙渡劫的所有事情，從出土的石碑可以得知，謝亞理正是按照石碑上的圖去尋找人魈的名字的。
影片中的五個死者：由石碑和黃火土的分析得出，人魈的名字分別是「富——妙——景——旺」，然後是一位「不信鬼神者」。學者說「在道教一派中，主張地獄有五種，就是寒冰獄，火坑獄，抽腸獄，剜心獄，還有拔舌獄，經過五獄劫數試煉後，就是第六道，修煉成仙」。 而人魈只有雙瞳才能看到，所以謝亞理通過雙瞳找到了人魈，並把人魈推入五獄試煉。
富（工業汙染的大豐化工大老闆）第一個寒冰地獄的人魈；
妙（破壞家庭的立委情婦）第二個火坑地獄的人魈；
景（走私軍火交易黑幕的神父，景教傳播者）第三個抽腸地獄的人魈；
旺（不孝貪財的孽子）求陰法式的「旺」字男性，第四個剜心地獄的人魈；
FBI（不信鬼神者）第五個拔舌地獄的人魈。
這五道試煉後，就是石碑的第三張「少陽太陰」，學者說了「從天幹地支圖裡，少陽太陰代表兩種節氣，這兩種氣，代表從五月到七月，也代表火和土」。最後這個少陽太陰——黃火土。
在五獄試煉之後，就是謝亞理引黃火土殺了自己，送自己最後的飛升，謝亞理說的很明白，「你是來送我的吧來吧」，所有的幻境都是為了讓黃火土向自己開槍，送自己，幻境裡很明顯的傳達了，如果你不開槍，救了我，妹妹將永遠不說話，你的家庭永遠不會幸福。最後「少陽太陰」終於開了槍，送謝亞理完成了飛升。
當一個對親人心懷愧疚，渴望救贖，多年沒有開過槍的黃火土終於在關鍵時候勇敢舉起手槍跟神仙對著幹，此時此刻，他心中的信念已經超越了一切，這個信念，就是愛。
謝亞理臨走之前說，「你也會跟我一起走」。可是黃火土心中有愛，他在妻女的召喚下，放棄了飛升，重回了人間。因為愛，他沒有飛升成功。這也是最後碑文上說「因愛生憂，因愛生懼，若離於愛者，無憂亦無懼」。
最後，多年從未說一句話的啞巴女兒竟然對著父親屍體喊出了一句「爸爸」，一句「爸爸」真可謂是驚天地，泣神鬼，只見肉身已死的黃火土在親人的呼喚下竟然流出了眼淚，正所謂「有愛，不死」。
電影作為一種思想的載體，為我們的生活平白注入了很 多希望。
好電影，如寶藏。它給你的力量和啟示能讓你取之不盡。
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