裝著美國總統甘迺迪遺體的青銅棺，由「空軍1號」專機運回安德魯斯空軍基地，甘迺迪總統的弟弟、司法部部長羅伯特，甘迺迪去機場迎接。
晚上21時的電視實況鏡頭:一隊汽車駛到海軍醫療中心大門口，身披黑紗的總統遺孀傑奎琳哭泣著，在羅伯特，甘迺迪的陪同下，從載有青銅棺的救護車上走了下來。採訪者蜂擁而上，特工們用力推開人牆，為傑奎琳等開道。他們走進樓上的房間，醫院的院長告訴親屬:解剖馬上開始。
但是，總統遺體的秘密解剖工作早在親屬們到來以前就已有條不紊地進行了。原來，傑奎琳等人護送來的價值390萬美元的由8名海軍陸戰隊員拾下的沉重的青銅棺竟然空空如也。調查委員會的報告和其他的證詞一致認為: 在達拉斯和返回華盛頓的途中，沒有人在總統的頭部施行過顱骨的外科手術。
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但當時聯邦調查局兩名新手特工奉命護送青銅棺，他們在以後的報告中說:總統的屍體從運來的棺材中移了出來，放在解剖桌上(棺材抬入解剖室時他們並不在場)。那時總統的身體完全用被單包了起來，此外，頭部還包著浸透了血的繃帶。在去掉這些覆蓋物後，總統身上沒有任何衣服和內衣，顯而易見的是，此前還做過氣管切開手術，在頭部即顱骨的上部也作過外科手術。
甘迺迪遇刺3年後的1966年，一名大學生研究了聯邦特工的報告後，大膽地提出一個假設:在甘迺迪總統的座車接近一個 草木茂盛的小丘時，有人躲在小丘後面向總統開 了一槍，子彈從前面射入總統的頭部。這顆子彈被偷偷取了出來。彈道被破壞了，以便掩蓋子彈真實的飛行方向,並且有人設計了新的、能證明似乎只有一個從後面開槍的彈道。有人說，再檢驗一下總統的大腦或許可以證明彈道的軌跡。
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當時負責解剖屍體的休姆斯、博斯韋爾和芬克三位軍醫說:「總統頭部的傷口非常嚇人,大概有10 毫米x20毫米。顱腔空空如也。」
就是說，總統的大腦不翼而飛了。當時所有在場的人都驚呆了,並在拍了照片後，用海綿填塞顱腔。
而在此之後，總統的屍體再次出現在醫生面前時，腦子又回到原來的位置上去了。
甘迺迪的腦子與解剖時的照片以及X光片被交到羅伯特.甘迺迪手中，他又於1965 年交給國家檔案館。按照規定，5年以後才準專家們研究這些資料，而保險柜的鑰匙放在他最信任的秘書手中。但1966年10月29日，這些資料統統失蹤了，只有空空的鐵櫃仿佛在嘲弄後啟者。
種種現象表明，有一股勢力在千方百計地掩蓋、篡改事實的真相。
1963年11月22日，副總統詹森在「空軍1號」專機上宣誓就任總統。8天以後，他下令成立一個由7人組成的總統委員會，調查甘迺迪被殺事件的真相。
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經過10個月的調查，該委員會最後作出的所謂結論，仍是老調重彈:
(一)殺死甘迺迪總統和使康納利州長身負重傷的子彈是由奧斯瓦德射出的。子彈從德克薩斯教科書大樓南角的六樓窗中射出，一共發射了3顆子彈。
(二)奧斯瓦德與國內外任何暗殺組織沒有牽連。
(三)沒有任何證據說明聯邦的、州的或地方的官員有針對美國政府的密謀和不忠行為。
(四)奧斯瓦德的犯罪動機是因為他對一切權威的憎恨及顯示出來的對馬克思主義和共產主義的公開信仰。
除以上論點外，該委員會對其他的證據和說法視而不見，充耳不聞。
美國謀報部門的唐納德.唐納森將軍卻有驚人之語。1975年，唐納森給美國參議院調查諜報機關活動的專門委員會主席弗蘭克.切爾奇寄去一封絕密信。
信中透露:「我向您保證，我知道某些十分重要的問題的答案。其中之一是關於 誰下令殺害約翰.甘迺迪總統。總統知道，是誰下達了這樣的命令，當他得到有人將刺殺他的警告後，他告訴了我。他要求我在您的委員會目前正在調查其活動的那些組織和人們中尋找潛在的兇手。當總統得知是誰下達了這樣的命令後，他感到非常的驚訝。」
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1976年2月，唐納森到白宮會見當時的總統福特，他們就前尼迪案件交換了好幾個小時的看法。唐納森說:」甘迺迪總統的遺孀傑奎琳、甘迺迪總統的兄弟和他最親密的助手西奧多.索倫森都知道暗殺甘迺迪總統的真相。」
唐納森將軍斷言:甘迺迪家族不敢揭露殺害甘迺迪總統的秘密，他們擔心這個家族三兄弟的許多子女的安全。
唐納森將軍還對荷蘭記者奧爾特曼斯說:「您斷言莫倫希爾德(美國石油專家)是華盛頓的密謀策劃者與達拉斯的伏擊者之間的主要聯絡員，這是對的。您顯然沒有意識到，什麼樣的危險在威脅著您。
但您確實是對的，您的確百分之百地擊中了目標....」..唐納森在奧爾特曼斯的採訪中還說:「從總統遇難的那一刻起，您第一個宣稱莫倫希爾德是參與謀殺的人，從而識破了密謀的實質。你的揭露狠狠打擊了我們在中央情報局內部的敵人。這個強有力的集團不服從於任何人。兩三年後人們將了解這個集團，那時事情將比水門事件更明.....
唐納森將軍和其他埋在地下的證人一樣，說得太多了，他很快便消失在空氣之中,無影無蹤了。
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美國的國家政權是依靠大財團、大企業家支持的。這些巨富們的利益，是國家機構、總統、決策人制定政策的行為準則。1961年4月，流亡的古巴人在美國中央情報局、五角大樓支持下在豬灣突襲古巴，遭到卡斯楚的猛烈打擊而失敗。指揮豬灣行動的負責人、中央情況局副局長查爾斯.凱貝爾和中央情報局、五角大樓的有關人物，曾多次向甘迺迪總統要求派遣美國軍隊直接幹涉古巴，遭到了總統的拒絕，這些人氣急敗壞。查爾斯.凱貝爾就曾公開謾罵總統是「叛徒」。
甘迺迪總統最直接最兇險的敵人是以胡佛為首的聯邦調查局。胡佛統治聯邦調查局已有很多年，經歷了幾代總統的任期。很多地位很高的政治家和總統都因為有隱私和把柄握在胡佛手中而讓他三分，只有甘迺迪總統不買帳。
1961年，他任命其弟羅伯特.甘迺迪當司法部部長，第一次迫使聯邦調查局服從司法部的領導，限制了胡佛的權力。甘迺迪與胡佛勢如水火，本來，撤換聯邦調查局局長胡佛已提上了總統的工作日程。
甘迺迪的死敵還有美國的黑手黨和種族主義者。早在1961年，甘迺迪兄弟對黑手黨的打擊和壓制，已使黑手黨在紐奧良的黨魁會議.上制定了暗殺甘迺迪兄弟的計劃。出席會議的人就包括聯邦調查局的情報員，調查局總部對此一清二楚。
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1963年11月22日中午，甘迺迪總統的車隊按預定路線通過達拉斯中央大道後本應沿著迪利廣場前進，這條路線遠離射出子彈的兩幢高樓和鐵路路基，能量大限度地保障安全。但車隊臨時接到達拉斯市市長厄爾，凱貝爾的指示，改變行車路線，從中央大道向右轉到豪斯頓大街，再向左轉到埃爾姆大街。這正好使總統的軍隊從兩幢高樓的窗下駛過，又駛過鐵路路基。
這個凱貝爾市長正是中央情報局副局長凱貝爾的孿生兄弟。現在，「甘迺迪總統被刺案」將被更多有興趣的人研究下去,但是誰是這場政治謀殺案的真正策劃者、組織者、聯絡者、執行者，恐怕難以有人能說得清楚。