雖然衣索比亞是近代非洲唯一的基督教國家，但在古代，基督教也曾經在非洲繁榮過。
人們到達埃及北部城市亞歷山大（埃及人稱之為伊斯坎德裡亞），會發現這裡和埃及其他地區風格迥異。這裡瀕臨地中海，即便到了夏天也是涼風習習與炎熱的開羅形成鮮明對比。這座城市之所以叫亞歷山大，是因為它是位於希臘地區的馬其頓王國亞歷山大大帝徵服埃及時建立的。亞歷山大從建設之初就帶上了濃厚的歐洲風味。至今，人們還認為，亞歷山大大帝的遺體就埋葬在這座城市的某處。
在基督教得勢之前，亞歷山大是世界的學術中心，這裡有一個巨大的圖書館，以研究希臘哲學著稱。希臘本土衰落後，大量的希臘著作都被轉移到了這裡收藏。
但是，亞歷山大的學術地位卻隨著基督教的得勢而告終。這座城市突然間變成了世界迫害異教徒的中心。由於圖書館保存的是異教徒的思想，所以它也被付之一炬，所有的文獻都化為了灰燼。
城市裡曾經住著一位美麗的女哲學家希帕提婭，她信奉從希臘流傳下來的新柏拉圖主義。基督徒得勢之後，暴徒們將希帕提婭從車上拉下拖到教堂裡，剝光衣服，將她的肉一片片割下來，就這樣殘忍地把她殺害了。
亞歷山大城的人們在信仰上表現得非常極端，卻對基督教的思想形成有著決定性的作用。基督教誕生後，人們對於耶穌和上帝的關係一直爭論不已。這裡有一個典型的悖論：第一，上帝是唯一的神；第二，耶穌是上帝的兒子。請問：耶穌是不是神？
如果回答耶穌是神，那麼就有了耶穌和上帝兩個神，違背了上帝是唯一的神的論斷。
如果回答耶穌不是神，那麼作為神的上帝，怎麼會生出一個肉眼凡胎的兒子呢？
關於這個問題，當時分成了兩大派別，這兩派別的學術帶頭人都和亞歷山大城有淵源。其中一派的帶頭人叫阿里烏斯，他雖然不是埃及人，卻在亞歷山大擔任過長老。他認為，世界只有一個神，就是上帝，耶穌不是神，只是神的創造，所以才會經受那麼多苦難，最後被殺死。另一派的帶頭人叫阿塔納修斯他在亞歷山大擔任主教，官職比阿里烏斯大。阿塔納修斯認為耶穌是神，但是耶穌這個神和上帝這個神是同一個神，他們是神的不同化身，這就是所謂的同「體」格，不同的「位」格。到後來這個理論發展成了三位一體理論。
雙方鬥爭得極其殘酷，動不動就要置對方於死地。最初得勢的是阿里烏斯派，但後來阿塔納修斯鹹魚翻身，獲得了最終的勝利，阿里烏斯派則成了永久的異端。
由於信仰的堅定性，亞歷山大城在基督教中的地位一直非常崇高，最初僅次於東羅馬帝國首都君士坦丁堡（即現在的伊斯坦堡），比羅馬城都高，到後來影響力小一點了，但也僅次於羅馬。以亞歷山大為中心，埃及的開羅也被波及它拋棄了原本的信仰，轉變成了基督教城市。
但是，隨著伊斯蘭教的到來，亞歷山大的基督教終於成了少數派。伊斯蘭教統治者允許基督教徒保持信仰，只是要交一點稅。但不管怎樣，隨著伊斯蘭統治的加固，基督徒的人數在逐漸減少。一直到現代，亞歷山大和開羅仍然有不少基督徒，他們已經當了一千多年的被統治者，但仍然頑強地保持著信仰。我們曾經感慨猶太人能夠在一千多年裡一直頑強地保持信仰，但實際上，任何一個強信仰的宗教組織都有這種能力。埃及的基督徒由於足夠極端，上臺後兇狠地迫害異教徒，下臺後拼命反抗，他們的信仰才得以長久保持；而伊斯蘭教也有不少人特別極端，因此他們能夠抵制現代社會的世俗化潮流，並成為信仰的堡壘。
除了埃及之外，北非的其他地區也曾經有過基督教的傳播。
北非國家突尼西亞有許多羅馬時期的遺蹟。在首都突尼西亞城的旁邊，就是著名的迦太基遺址。這裡在古代世界的名氣比現在要大得多，因為它曾經是羅馬最大的敵人。迦太基的將領漢尼拔曾經從突尼西亞出發進入歐洲的西班牙，再從西班牙翻越阿爾卑斯山進入義大利，他數次將羅馬打得大敗，一度差點兒攻入羅馬城，但羅馬將領西庇阿最終擊敗了迦太基人。