佐佐木小次郎，立志要成為日本第一劍客的男人。自從在京都與宮本武藏相逢，見識了武藏與吉岡家族的那場決鬥之後，深感武藏是一座橫在面前的高山。下定決心潛心提升劍術，有朝一日終要與武藏一決高下。
此刻，其絕技燕返已修煉的爐火純青，輕鬆一刀就將頭頂飛翔的燕子，擊落在地。如此優秀的男人，身邊肯定少不了女人，朱實，先被清十郎欺辱霸佔後被母親拋棄，無家可歸。雖然深愛武藏，奈何名草有主，就跟隨了和武藏不相上下的小次郎，當做情感備胎，隨他浪跡天涯。得知其要與武藏決鬥，而其劍法又如此出神入化，恐武藏不是小次郎的對手，性命堪憂。於是離開小次郎獨自去尋找武藏，試圖從中阻攔。
宮本武藏自一乘寺一戰之後，離開京都一路南下，現已到了奈良。正遇上寶藏院僧比武大會，武僧阿含身強力壯，手持一把十字長槍，嗚嗚啊啊著接連擊敗前來挑戰的各路高手。圍觀者無不被其氣勢所嚇到，紛紛不敢再上前挑戰。正當阿含要求見證人宣布獲勝的時候，圍觀者中的一個小孩承太郎，透過人群衝著阿含大喊一聲：真該死！一下子把阿含激怒了，以為承太郎要挑戰他。擺開架勢就要和他打，承太郎嚇的戰戰兢兢，他的師傅武藏走了過來，懇請阿含原諒小孩子的無理。甚至當著眾人的面下跪道歉，這可是宮本武藏啊，如果在以前，有這道歉的功夫，想必阿含早已倒在武藏的刀下了。沒想到阿含依然步步緊逼，端起長槍直擊武藏，見對方如此不識抬舉，武藏連續躲閃之後一把抓住長槍，牽制住了阿含，任憑阿含拼盡全力，殺豬一般的嚎叫，自己的武器依然緊緊的被武藏攥住，無法抽離。就在倆人僵持之下，行腳大師走過來悄悄告知阿含武藏的身份，勸其知難而退，沒想到這阿含一聽對手是武藏，更來勁了，難不成這阿含還想一戰成名不成。大師見勸阻不成，抬起手掌，一個力劈華山，一掌將兩人手中長槍劈落在地。
自上次一別到現在,武藏成長如此之快，讓大師頗感欣慰，現在的武藏無疑可以稱得上是一名優秀的武士，不僅劍術超群，而且內心光明磊落，善惡分明，不再是那個嗜血如命，眼裡除了輸贏就再沒其他的殺人狂了。為了助武藏更上一層樓，大師推薦武藏前往江戶與將軍的老師柳生會面。
佐佐木小次郎與朱實分別以後，回到了小倉，因其劍法超群，被細川大人的親隨密山留在府邸。伺機舉薦給細川。想在官府謀取仕途，成為細川大人的家臣，當然要露一點真本事。擂臺就是小次郎的演藝場。細川派旗下勇士岡谷與小次郎對決。為確保比武公平，小次郎用木刀，岡谷用包了槍頭的長槍，沒想到，臨近兵器交接，小次郎竟提出讓岡谷取掉槍套，自己依然用木刀。此刻的小次郎眼中除卻武藏以外，早已沒有把任何人放在眼裡，佐佐木小次郎也確實有這個實力。對決開始。岡谷長槍率先刺出，直搗小次郎胸前。小次郎腳步輕移，上身一側，躲開長槍，木刀隨即出招。一刀砍長槍，一刀直切岡谷後背。岡谷倒在地上，動彈不得。
這場比試雖然小次郎獲勝，但因岡谷太弱，我更想說是小次郎太強，導致原本是細川猛將的岡谷癱瘓在床，成了殘疾。讓細川大人臉面全無。仕途當然無從談起。這官場可不是你能力強你就能上的。
覺得在小倉仕途無望的小次郎，準備離開，前往更廣闊的天地，江戶，去試一試。臨行前試圖帶著對他愛慕不已的密山的女兒御密一同私奔。但生在官宦之家的女子，怎麼可能會逃得開世俗的枷鎖。與一名流浪武士去過那朝不保夕的生活。愛則愛矣，私奔還是算了吧。
江戶，1603年德川家康於江戶拜領徵夷大將軍，在江戶設立幕府，建立起統一中央集權的幕府統治，史稱德川幕府，開始了二百六十多年的統治。讓江戶這座城已然成了整個日本最擁擠繁華的城市，德川家康下屬的各藩領主均到此修建宅院，招募武士為己所用。各劍術流派高手紛紛匯聚到此，展現高超的武藝，以求得功名。
帶著行腳大師的推薦信，武藏到了江戶以後卻沒有去見柳生大人。整日呆在一個破舊的客棧裡，抱著一塊木頭玩起了雕刻。像個隱士，他心裡還有未了的牽掛。通子。從上次大河邊對通子輕薄的舉動之後，時常覺得心裡有愧，憑著記憶的樣子，一刀一刀的把通子的樣貌都雕刻了出來。做成了一尊女菩薩，反思自己的過錯。
客棧外一陣吵吵嚷嚷把武藏吸引了過去。四名雄花戰術道場的弟子死在了客棧附近。圍觀者稱此四人均被一人所殺。而且每人僅中一刀。以免引起誤會，殃及他人，對方還留下了紙條。是佐佐木小次郎。果然，能有此刀法者，屈指可數。他也來到了江戶。沒想到剛到就跟雄花道場的人起了衝突，對決中徑直取了四人的性命。
同為武士，武藏不忍讓四人暴屍街頭，裝上板車送往了雄花道場。沒成想，雄花館主，自恃作為將軍的老師，認為自己的弟子們個個劍術高超，無人能敵。為了面子竟然不承認四人是他的弟子。氣的武藏拉起四人不顧雄花道場弟子的阻攔，離開了。堂堂雄花道場的弟子，為了捍衛自己道場的名聲，與人決鬥到死，竟然魂無歸宿，被武藏這個陌生人給埋葬了。實在可笑，果然是名利場上無道義啊。
聞訊而來的小次郎，以為是雄花道場的人，企圖在此埋葬弟子，向小次郎復仇。沒成想竟然是武藏。真的是得來全不費工夫，早就想與武藏決鬥。小次郎支開承太郎，免得嚇著他。正欲拔刀。被武藏拒絕了。剛埋葬完雄花道場的弟子，在此決鬥，未免被人口舌，說是武藏帶著仇恨為雄花而戰。有失公允。倆人約好次日傍晚江戶東門心無牽掛的一決高下。
小次郎先回到小倉了斷身後事，告知御密：從今往後，你我二人的感情只存在記憶中。再無瓜葛，因為明天我將與宮本武藏決鬥，贏了，我將前往更廣闊的天地；輸了，我命即到此，只剩一堆枯骨。小次郎這種男人，對於羞澀呢喃小家碧玉的御密而言，是駕馭不了的，永遠都只是可望而不可及的過客而已。
接到小次郎的約戰以後，武藏在客棧安心休養，為明日的決鬥養精蓄銳。同住客棧的一幫馬販子在隔壁賭錢，吵吵鬧鬧。武藏倒覺得沒什麼，氣定神閒，安心吃麵，徒弟承太郎坐不住了，年輕人容易急躁，拉開門，衝著這幫粗野馬販大聲呵止。
帶頭的熊五魯一看，這小子好不識抬舉，竟然敢惹我。也不看看我是誰。直衝進來向武藏挑釁。引得客棧的人都圍了過來。武藏依然安心吃他的面，對熊五魯的挑釁視而不見。幾隻綠豆蒼蠅也被渾身透著一股子臭味的熊五魯帶進了屋。跟武藏搶東西吃。這還了得。只見武藏，用一雙木筷，衝著空中左夾一下，右夾一下，落在身上飯裡那幾隻也沒能逃得過，被武藏用一雙筷子就取了蒼蠅的性命。這似玩非玩的舉動驚得熊五魯連同圍觀的眾人一大片眼珠子睜的老大，嘴巴也消停了。拔起來示威的匕首，熊五魯慌忙的就逃了出去。第二天，這熊五魯就放棄了販馬的營生，拜了武藏為師，做了承太郎的師弟。
約定決鬥的時間就快要到了，武藏帶著承太郎向東門趕去，原本即將決鬥，按理來說，武藏應該鼓足士氣，做好充分的心裡準備，回想一乘寺一戰，明知對方設伏，武藏依舊氣勢如虹，胸有成竹。可現在面對小次郎一人，卻眉頭緊鎖，步履緩慢，似乎心事重重。小次郎僅用四刀就取了江戶赫赫有名的雄花道場的四名弟子的性命。可見小次郎的劍術完全在武藏以往決鬥的對手之上，而過去的時日，武藏專注修煉內心，劍術修煉略有怠慢。能否贏下小次郎，武藏實在沒有把握。另外一點，此時的武藏心裡有了牽掛的人，通子。如果此戰不能贏，即命喪小次郎刀下。抱憾而死，與通子就人隔兩世，再也見不著了。所以此戰，武藏目前不能打。讓承太郎帶了一封書信給早早等候在東門的小次郎，將決鬥的時間推遲了一年。
從背負宮本武藏這個武士的稱號行走江湖，歷經數年，這是武藏第一次接連推遲決鬥的日期。
推遲了決鬥之後，武藏帶著承太郎和熊五魯，離開了江戶城，到了一處荒郊野村，師徒三人蓋了一處小木屋，開墾了一片荒地，在此一邊務農一邊潛心修煉劍術。
被拒的小次郎再也沒有四處找人決鬥，日日盼著與武藏再次會面的那一天，閒來無事偶爾前往風花雪月之地消遣。有句俗話講：世間所有的相遇，都是久別重逢。小次郎在這風塵之地再次遇到了朱實，自從離開小次郎以後，朱實一邊謀生一邊尋找武藏的下落。如果沒有武藏，我想小次郎和朱實倒屬實像是一對苦命鴛鴦。一個嫵媚動人一個風流倜儻。見朱實竟落到如此不堪的境地。小次郎傾囊相助，掏出所有隨身錢兩，為朱實贖了身，告知了朱實武藏的下落。或許小次郎是愛這個女人的，只是性格使然，自命清高的小次郎不會主動示愛。
而讓武藏牽掛的女人，通子，自從拒絕武藏的吻以後，越來越後悔，明明很想要，嘴上卻拒絕，如果時光能夠倒流，我想二人早已過上了你來砍柴我做飯的幸福生活。就不必不遠千裡，孤身一人，時刻緊追武藏的腳步了。通子的心，真如海底的針吶。此刻，偽裝成農夫模樣的通子途徑武藏落腳的村莊，巧遇到了兩名土匪，眼看著就要躲過危險，包裹在灰布粗衣下的紅粉女裝最終沒能逃過土匪色眯眯的眼睛。看來二人都是久旱逢甘霖，為了搶佔通子，二人竟然吵吵嚷嚷著打了起來。聽到呼喊的承太郎和熊五魯二人，丟下農活趕緊騎馬殺了過來。嚇得兩名土匪落荒而逃，救下了通子，帶回了村裡。
都說異地戀不能長久，在二人這裡也應了驗，如果你看過前面兩部一定記得很清楚，前面兩次二人的重逢均以擁抱開始，但是這一次，倆人久久對視，通子不上前，武藏亦不走進。就像熟悉的陌生人。也可以理解，兩個都以為是自己做了讓對方傷心的事的人，心有虧欠，怎能好意思將對方擁入懷中呢。雖然深愛著對方，女人不好意思說，這武藏也是憨，對著一個朝思暮想的女人，那麼久想見卻見不著，不說點甜言蜜語，竟然自顧自的聊起了黑土地。這讓通子頓感，武藏心中早已不再愛他，自己千辛萬苦尋找的男人，變了心。失落感瞬間冷遍全身。
一個痴女，遇到一個直男，還是鋼鐵直男，就像流星撞地球。就算你自己的火花燒的再旺，對方也不動聲色。武藏又擺弄起了他的木雕，而通子，也再次吹起了孤獨哀怨的尺八。把眼淚哭散在了這寂寞的黑夜。
除了通子，還有另外一個愛慕武藏的女人，朱實也找了過來。不顧武藏現已成了一介農夫，依然緊追不捨。可不巧，在中途落腳的客棧被土匪給綁拉，得知朱實要前往武藏所在的村落，正是這幫土匪打算搶劫的目標。早就想對這個村子大肆掠奪，奈何有武藏居住在此，教導村民習武自保，因此遲遲不敢行動。這下有了朱實，這土匪不知是有腦子還是沒腦子，脅迫朱實到達村落以後，謊報土匪已被官兵全部捉拿，讓村民放鬆戒備。趁夜色再點了武藏的小屋，將武藏燒死。朱實深愛著武藏，他怎麼可能會出賣武藏呢。這土匪實在可笑。
這邊村裡，通子還跟武藏耍著小脾氣，自從見著武藏的面，倆人一刻也不曾傾訴衷腸，更別提擁抱了。似有一堵牆立在倆人中間。這邊是乾柴，那邊是烈火，就是沒堆在一塊著。通子就是奔著愛而來的，現在愛而不得。這種煎熬，通子怎麼能受得了。於是尋死覓活，欲投湖自盡。被追上前來的武藏一把抱入懷中，眼看著二人就要重新找回往日的溫柔，可還沒等抱熱乎，朱實來到啦。三個孤家寡人，她愛他，她也愛他，但是他只愛他，又不忍心傷害她。就不小心傷害了她。通子含淚狂奔離去。
這朱實可不像通子一般羞澀。見著自己心心念念的武藏，一頭就鑽進了武藏的懷裡。驚的武藏來不及躲閃，只得直挺挺的立在那。朱實連哭帶喊，情深意切。表露愛慕之心，要武藏跟他私奔天涯。實在感人至深。但宮本武藏坐懷不亂，一句話就把朱實這把火，滅的透透的：當年你母親也是如此這般。讓朱實啞口無言，而朱實接下來所做的事也確確實實的驗證了武藏的這句話。其母親當年在沒有得到武藏後，污衊是武藏強暴了他。而此刻的朱實，比起其母親有過之而無不及，得不到武藏就要毀了他。這朱實的心，真如一顆毒針吶。
次日天明，按照和土匪的約定，朱實在村裡散布謠言，謊報土匪已被官兵全部捉住，讓村民放鬆警惕，在夜裡開啟了篝火晚會，所有村民齊聚一堂，敲鑼打鼓，載歌載舞。一群土匪隱蔽在不遠的山丘後，等待著朱實放火的信號，罪惡正一步一步的威脅著這個歡樂的村莊。
兩個女人，同時愛著一個男人，終於有機會單獨對峙了。情敵相見，說的再多也話不投機。我們見過兩個男人為了爭一個女人決鬥，現在朱實手提一把砍刀丟向了通子。自己再抓起一把斧頭砍了過去。朱實這個女人著實不一般吶。恐只有虎狼之人方可降的住他。通子也不甘示弱，為了愛也是豁出去了。倆人打鬥過程中，碰掉了燭臺，瞬間將木屋點燃。
見大火已起，一眾土匪二三十人手持火把，騎著大馬烏烏壓壓著就殺了過來。見著人就砍，見著屋就燒，原本歡樂的村莊頃刻間濃煙四起，伴著一聲聲慘叫，血流成河。幸好有武藏在此，組織村民拿起爬犁鐵鍬進行反擊。三五成群以多擊少。打的土匪也是四處亂竄。
朱實見村中大亂，挾著通子躲往山林中，被土匪撞見，想就此欺辱通子。早就經歷過被清十郎糟蹋的朱實，看到土匪惡行，良心發現，不忍心看通子遭此毒手，趁其獸心大發之時，撿起地上的長槍，從背後捅殺了土匪，而自己也不幸被土匪臨死前的轉身一刀劃破了喉嚨。
所謂人之將死，其言也善，聞聲而來的武藏，一把抱起朱實。這位痴情的女子終於被武藏抱在了懷裡。誰能想到愛一個人之深，到最後竟丟了性命。帶著對武藏通子二人的祝福，朱實閉上了雙眼。
經此一難，村民合力將土匪盡數剿滅，雖有幾名村民喪命，但保住了村莊長久的太平。到此，武藏深居在此潛心修煉將滿一年，小次郎的約戰書再次來到。希望於四月份在小倉的巖流島與武藏展開決戰。
此刻的小次郎已受聘於細川大人，做他的劍術老師，因此這次決鬥，小次郎既代表個人，也代表細川。
盛名之下，小次郎只能勝不能敗，且初嘗高官仕途，昔日落魄時不曾有人理會，現一飛沖天，慕名而來攀附者絡繹不絕，像個名利場的暴發戶，小次郎即便志存高遠，但身處名利之中，不可能不對此心有眷戀，僅從這一點而言，比起一年前孑然一身了無牽掛的他，戰力值應當略有下降。而武藏隱居荒野，潛心修煉劍術，戰力值應高於一年前。在這一方面，武藏先勝一籌。
情感方面，小次郎的女人御密親手為小次郎製作無數的護身符，企圖藉助神明保佑，當對一個人的能力產生懷疑的時候，才會祈求神明保佑加持能量，御密的行為沒有給小次郎帶去鼓勵，相反卻暗示了小次郎敗的可能。都說女人是男人背後的情感支柱，御密這一支柱，無疑帶給小次郎的儘是負面影響。除了梨花帶雨澆溼了小次郎熊熊的決戰之火，別無他用。
反觀武藏的女人通子，雖然同樣聲淚俱下，試圖阻止武藏，但此刻歷經數年的追隨，通子已經很清楚武藏對劍術的熱愛，那是他多年痴心追逐的夢想。在無法勸其回頭的情況下，通子就像送自己的丈夫上戰場一樣，給了武藏無窮的情感力量。似給武藏飲了一壺壯行酒。
武藏再勝一籌
四月的小倉，月白如晝，武藏乘一扁舟，駕著翻滾的銀色海浪向著巖流島趕去。而此刻小次郎早早的到達了約定地點。手捻一枝花，默默等待，似乎沉著冷靜，毫無波瀾，但仔細看過去，這隻花梗在小次郎的指尖反覆的微微轉動，所謂十指連心。可以看出小次郎在盡力壓制內心的不安。一年前那個心胸坦蕩，瀟灑天地間的小次郎一去不復返矣。
反觀武藏，馳騁在廣闊無垠的大海，吸天地之氣奔赴戰場，即便可能會敗，性命不保，也坦蕩直言，甚至交代好了船夫，將屍體運回交給通子。身前事就在眼前，身後事已安排妥當。武藏無憂矣。
此次對決，武藏定是做了充足的準備，對小次郎的劍術研究頗深，否則臨近對決，武藏不可能臨時起義拿起船上的木漿，做起對戰的兵器來。只有一種可能，保密。身處茫茫大海，沒有人會想到用了多年長短刀的武藏，會調換兵器。他是想給小次郎來個措手不及。素聞小次郎善用大長刀物幹焯，其絕技燕返更是無人能敵。普通的長刀跟物幹焯相比短了許多，若想在物幹焯控制範圍內傷小次郎，那自己身體必然會處於物幹焯攻擊範圍之內。除非自己的兵器長於物幹焯，方可避免。而木漿剛好滿足這個條件。
歷經多年修行的宮本武藏，已經把這場劍術對決，看成了一場只有兩個人的戰爭。
隨著月亮埋入大地，太陽已經躲在地平線外悄悄的等待升起。約定對決的時間剛要結束，武藏來到了決鬥地點巖流島。聽著隨從大喊一聲：宮本武藏來啦。小次郎驚的猛一回頭，張口第一句話:別緊張，似在對人講更像在自言自語。丟棄花梗，起身取刀。這期待已久的一刻終於到來。昂首挺胸，邁開步伐，迎向武藏。
只見武藏趕著海浪，背著太陽欲出還羞的東方黎明，一席黑衣，手持超長木刀，黑壓壓的向小次郎蓋了過來。兩名絕世高手，再次重逢。是對手，卻更像是知己。
佐佐木小次郎拔出長刀物幹焯，丟棄刀鞘，對峙宮本武藏。空曠的海灘上除卻兩名孤立的黑影久久佇立，再無他物。第一回合，倆人同時出刀，各有攻防，不分高下，均無損傷，重新回到對峙狀態，第二三兩個回合，倆人依舊未能破開局面，看似對決就要陷入僵局。東方的太陽開始露出地平線，讓原本暗沉的海面頓時波光粼粼，強烈的陽光直射小次郎，加上海面折射的粼光，刺的小次郎睜不開眼。武藏卻背對太陽，不受其擾，古有諸葛亮借東風火燒曹營，現有武藏借朝陽，刀劈小次郎。時機已到不可延誤，武藏揮起木刀向小次郎砍去，在武藏超長木刀的制衡之下，小次郎最終未能使出絕技燕返，就喪命在了海灘，抱憾而死。
小次郎，出生富貴人家，一生痴迷劍術，忠於劍道。師承中條流派大師鍾卷自齋，為提升劍術遊歷各國，可謂一代劍術奇才，自創巖流一派，更有獨門絕技燕返，所向披靡。世間劍術高超者多矣，但小次郎絕無僅有，從此，燕返絕技無人繼，世間再無郎知己。
「他是我遇到過的最好的劍客」宮本武藏留下對佐佐木小次郎最後的尊敬。在返程的孤舟上落下了遺憾的淚水。
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