1549年以葡萄牙國王為後援的天主教耶穌會來日本傳教，揭開了日本有史以來與西方文化接觸、碰撞的序幕。當時的日本統治階級對天主教的態度始終是矛盾的，他們既渴望與葡萄牙人通商帶來的貿易利益，又對天主教在日本的迅速傳播抱有很深的疑慮。1637年爆發的島原天草天主教起義，深深刺激了幕府，使幕府終於採取了根絕天主教的非常措施，實行了鎖國。
一、天主教初傳
日本地理大發現以後，西歐人走向海外，開始殖民徵服。在海上探險方面走在最前頭的是伊比利亞半島上的葡萄牙和西班牙兩國。
1493年5月4日，兩國在教皇亞歷山大六世的主持下，劃定了海外擴張界線，即有名的教皇子午線。規定亞速爾群島和維德角群島以西100裡格（約等於3英裡）的子午線為分界線，該線以西的一切土地都劃歸西班牙，該線以東的一切土地都劃歸葡萄牙。教皇子午線的劃定，不僅把從歐洲經由好望角到達印度的航路上的所有據點劃分給了葡萄牙，更使葡萄牙成為了最先與日本接觸的西歐國家。
在葡萄牙船駛入日本港6年之後，1549年8月15日這一天耶穌會會士西班牙人方濟格·沙勿略一行四人在日本南鹿兒島登陸。不久，從領主島津貴久那裡獲得了在鹿兒島傳教的特許狀，此後開始在日本傳播天主教。
最初的傳教是十分順利的，日本社會各個階層的人們對接受天主教表現了很大的積極性。戰國時代的日本群雄割據，大名們希望利用天主教加強經濟和政治實力。他們急需戰略物資，但是，由於連年戰亂，國內貿易無法正常進行，只有依靠南蠻貿易維持經濟，而接受天主教是實現南蠻貿易的先決條件；普通民眾則對佛教的信仰已感到失望，天主教的「在上帝面前人人平等」的說教，使他們得到新的精神上的安慰。此外，也與葡萄牙傳教士的傳教方式和努力有很大關係。沙勿略一開始就認為「日本人是迄今為止新發現的諸國中最高級的人種，異教徒中沒有發現比日本人更好的人。」因此，採取了適應主義方針，儘量避免與日本傳統文化發生衝突。傳教士迎合日本風俗，穿起僧衣，把天主教作為佛教的一宗傳給日本人，傳教用語也儘量借用佛教用語，在各地傳教時還開設醫院，舉辦慈善事業。
二、織豐時代的天主教政策
1568年，織田信長保護足利義昭進入京都，擁立足利義昭為將軍，自己掌握了軍政實權。次年傳教士路易斯弗洛伊斯在高槻城主和田惟政的幫助下謁見了信長，取得了可以在其管轄境內自由活動的朱印許可狀。「我準許傳教士在這個城市居住。全免除他們的課稅和住民的義務。在我領國之內他們想要居住的任何地方都將不受到任何妨礙。如有不法之徒幹擾，將堅決對其進行懲罰。」在織田信長的庇護下耶穌會的影響更加擴大，1581年信徒達到15萬人。
1582年6月2日，信長在京都的本能寺遭到下明智光秀的襲擊，被迫剖腹自殺。織田信長的將羽柴（豐臣）秀吉登上了政治舞臺，天主教的命運也隨著這個時局的變動開始發生逆轉。
豐臣秀吉的天主教政策也以加強中央集權為主旨。織田信長為利用天主教對抗向宗農民起義和獲得貿易利益，對天主教曾採取保護政策。秀吉最初繼承了信長的政策，但是隨著他的統一事業的進展，態度逐發生了變化。1587年秀吉在徵服九州時看到外國傳教士對九州分大名的強烈影響和長崎成為教會領地的情況，大為吃驚，擔心會危及自己統治。於是，同年6月19日發布了被稱為「伴天連追放令」的法令，規定：日本是神國，從切支丹之國傳來的邪法甚為不妥；他們讓諸國人皈依天主教，破壞神社和佛閣，這是迄今為止聞所未聞之事；伴天連不宜留在日本，今後20天之內應歸回各自的國家；黑船為商業而來所以另當別論，今後也可長期進行貿易。「伴天連追放令」實際上是宗教和貿易形式上的分離，重在強調今後仍與黑船積極貿易。1596年發生「二十六聖人殉教事件」，標誌著豐臣秀吉對西方基督教的政策從驅逐轉變為迫害。
三、五次禁令的頒布
1598年，豐臣秀吉在第二次侵朝戰爭再度失敗的失意中死去，不久德川家康奪取霸權。1603年，家康效法源氏及足利氏，迫使皇室封他為右大臣和徵夷大將軍，在江戶設立幕府，開創了德川時代。
在家康統治前期，由於對外國商品和技術的需要，使天主教傳教很順利。1603年在日本傳教士達129人，受洗人數1605年為793人，次年一躍為8千人。據教會方面的報告，1610年日本全國天主教徒已達70萬人。
天主教在日本傳教事業的發展逐漸擴大了教會和幕府間的矛盾。教會活動的性質也日益增加幕府的恐懼。當時新教國英、荷商人為壓倒競爭者，不斷中傷西、葡，說兩國教士在利用教民徵服日本，幕府聯想到不久前佛教一向宗領導的農民起義，深恐豐臣氏遺族及反德川勢力利用天主教徒的組織力量發動暴亂。
1600年3月中旬左右，荷蘭向東洋派遣的5艘貿易船中的一艘利夫德號因遇海難，漂流到日本九州東北部豐後的臼杵灣北岸佐志生。以此為契機，日荷關係便快速發展。德川家康重用利夫德號船長英國人三浦按針和荷蘭人八重洲，賜予其宅邸和領地，並聘其為外交顧問，向其詳細詢問歐洲形勢和兩國的狀況。1609、1613年荷蘭、英國分別在平戶建立商館，與日本建立了貿易關係。日荷貿易的增長，成為家康將傳教與貿易相分離的可能性變為現實性的關鍵因素，於是家康決定禁教。1612年3月，幕府斷然發出禁教令，以幕府直轄領地的都市（靜岡、江戶、京都、長崎）為對象，嚴禁傳教士進行傳教活動。1613年又下令在全國範圍內禁教，驅逐傳教士，關閉教堂，禁止日本人私下舉行儀式。
1616年4月，家康去世，秀忠繼位。同年8月幕府發布了所謂「元和二年禁教令」，要全國上下直到農民，剷除教會、嚴禁信教，除明船外，信教的外國商船一律只限在平戶、長崎兩地經商。幕府這一禁令，使禁教進入新的階段，對教會的迫害擴大到一般教徒身上。估計從1619年到1635年被處刑的日本教徒為數約達28萬人。刑罰極其殘忍，結果大部分教徒被迫改宗。但仍有一部分堅持信仰，參加秘密信教組織。由此幕府更加感到天主教的危險，越發加強禁教。1620年，禁止日本人搭乘外國船航海及輸出武器；1622年屠殺外籍及日本教士後，次年驅逐葡萄牙人出境；1624年禁止西班牙人來日通商。
1632年1月，秀忠去世，家光繼任第三代將軍。為了維護已經建立起來的幕藩體制，家光實行極端專制的恐怖政治，對天主教的鎮壓尤為強烈。1633、1634（寬永十、十一）年，發布第一、第二兩次鎖國令，實行「奉書船」制度。1635年發布第三次鎖國令，禁止包括特許船在內的一切日船駛往海外，禁止移居海外的日本人回國。1636年發布第四次鎖國令，又補充規定，西、葡人在長崎所生子女不許留在日本，違者處死。1637年，爆發了島原之亂，使幕府看到了天主教在日本國內影響的強大和深遠，以及對自身統治的威脅，這促使幕府驅逐葡萄牙人的態度更為堅定。1639年幕府發布第五次也是最後一次鎖國令，禁止葡萄牙船來日，並禁絕國外教會對日本教民的一切聯繫與影響。至此，鎖國體制最終確立。