《藥師經》是介紹東方淨土的大乘經典。淨土經典著重「信、願、行」，所以經中，佛陀多次叮嚀，鼓勵眾生發願求生淨土。何謂淨土？求生淨土有何好處？
何謂淨土？
淨土，即清淨的地方，或莊嚴淨妙的世界。佛法的核心精義是「淨」，包括：一、眾生的清淨；二、世界的清淨。「淨」是說如我們內心清淨，所處的世間便得清淨 :
《雜阿含經》說：「心惱故眾生惱，心淨故眾生淨。」
《維摩經》說：「若菩薩欲得淨土，當淨其心；隨其心淨，則佛土淨。」
淨土是大家共建的。大乘修行，是要自利、利他，所以不單只求自身清淨、自己沒有煩惱; 也希望一切眾生也清淨解脫，所處的環境自然清淨。
印順導師在《淨土與禪》一書中，有一段關於淨土的開示很發人心省，分享如下:
「佛法的立場看，世間一般的思想，都是從我、我所出發的，所以都難於達到理想的境地。佛教的淨土思想，是應人類的共同要求而出現的；而達到淨土的理想與方法，佛法是在無我、無我所的磐石上，去實現自由平等的淨土。」
經名
在本經末流通分中，佛陀說這經有三個經名，而較為通稱的是第一個經名:
1.藥師琉璃光如來本願功德經2.十二神將饒益有情結願神咒經3.拔除一切業障經
什麼病?
藥師如來，顧名思義，是與病有關的。藥師，是能醫治我們疾病的大醫王。那麼，我們身心有什麼病需要治療呢？藥師佛又給了我們什麼藥呢?
身病
所謂「生、老、病、死」，身體上的病，是每個人，甚至動物，都避免不了的。「四大不調」是身病，「四大」是地、水、火、風，是形容我們身體的性質，例如地代表堅硬的性質，猶如人體的骨骼、牙齒等。身體器官或某些部分不和合，便會導致生病。
心病
「五欲不遂」是心病。「五欲」指貪求「財、色、名、食、睡。」。心的煩惱，源於追求五欲不遂意而引起。例如，您渴望升職，但公司卻升了其他人，心裡便覺得不開心。人生之有需要，無非是病；例如現代人沉迷手機，機不離手，偶爾忘記攜帶手機，便會忐忑不安。歸根究柢，心病都是源於「貪、瞋、痴」三毒。
什麼是「藥」? 什麼是「非藥」?
人生之所需要者，無非是藥。能減除痛苦，能將痛苦轉為安樂的，便是藥。《妙法蓮華經》〈藥草喻品〉說，只要能救治的，世上任何東西都是藥；相反，不能救治的、對自己沒幫助，任何藥也不能算得上是藥，即是非藥。
佛法有八萬四千種法門的「法藥」;有人、天法藥、小乘法藥、菩薩法藥等。皈依三寶，依教法奉行，從願行中慢慢地體驗、實踐，才是最徹底治標治本的最殊勝法門。
釋經題──「藥師琉璃光如來本願功德經」
「藥師」：藥有療病的功能，藥與非藥，全憑醫師能否對症下藥。佛教的法藥有千百萬種。能知病識藥，對症下藥，便要靠醫師了。藥師佛譬喻應病施藥的大醫王。
「琉璃光」是東方藥師佛的名字。「琉璃」是「薜琉璃」(梵文vaidūya) 的簡略音譯。「薜琉璃」是一種顏色如青天般光明的寶物。佛與菩薩以功德立名，以青天光明譬喻藥師佛的自覺境界及德性。
「如來」是諸佛的通名，佛的十號之一。梵文Tathāgata，Tatha的意思是「如」，「agata」的意思是「來」。「如」有如實的意思，《大寶積經》：
「如來如實覺了如故，名為如來。」「如來」是契合平等真如而來，對世間諸法實相如實了解，又如實演說諸法真實空義。
「本願」：「願」分為「本願」(或「別願」) 及「通願」。「本願」是菩薩因地所發的弘誓願，例如地藏菩薩所發的「地獄未空，誓不成佛」的大願。藥師佛發的「本願」，即此經正宗分中的十二大願。
「通願」是佛弟子皈依時所發的四弘誓願：「眾生無邊誓願度，煩惱無盡誓願斷，法門無量誓願學，佛道無上誓願成。」。
本願功德經
「功德」是依本願去實踐，所成就的功德。既然發了願，便要朝著目標去實踐，功行圓滿，願望才可成真。例如發了願要完成馬拉松，便要恆常跑步練習，否則如何跑至終點？功德可以是由本具及修行而來的。「功所顯德」，指眾生無為性德，如如本具，但因妄想執著覆蔽而不能彰顯。例如跑步，是我們本具的潛能，只是沒有發揮出來。
至於「功所生德」，是借著種種善法修行而來，例如修行六度波羅蜜等。經中佛陀開示眾生修行時，要遠離慳貪、嫉妒、怒亂、自他等惡習，才可得到善法功德。
受持《藥師經》法門，得此3種利益，消業障、離苦厄、資生延壽！