《武士馬拉松》是改編自日本真實事件的一部武士電影，然而影片並沒有像黑澤明那樣一本正經，而取材的是武士時代為了抵禦外敵，舉辦長跑比賽以壯士氣的故事，這個角度很有新意，也十分有趣，有點像咱們國家的洋務運動。聽這麼一說如果你以為這就是一部體育電影的話，那就錯了，骨子裡這還是一部武士電影，名義上是馬拉松，實則暗流湧動！
故事要從「砂糖」佐藤健飾演的一名臥底忍者說起，這位忍者世世代代都是忍者，被幕府安插在各個藩地，一有風吹草動，忍者便會暗中通風報信。
忍者所處之地為安中藩，藩主聽聞國外已經發展出了洋槍洋炮，便下決心要舉辦一場長跑比賽，50歲以下必須參加。獲得第一名者，可被滿足任何一個願望。
聽此消息藩中武士們蠢蠢欲動，忍者見此以為藩主要謀反，變密報幕主，請求派遣刺客前來平反。
而就在舉辦長跑比賽的前一天，藩主的女兒雪姬公主因被指腹為婚，便想要逃出這片土地。武士頭領們便群起出動尋找雪姬公主，雪姬公主也是有勇有謀之人，在路上遇到歹人，在制服歹人後將身上衣服撕下些許交給歹人賣錢。武士頭領發現歹人手中布帛，以為雪姬公主已被加害，便一刀砍掉了歹人頭顱。
雪姬公主跑不遠，便食不果腹，便暫留在一戶人家。聽那戶人家要去參加長跑比賽，而長跑比賽可以穿越關口，雪姬公主便女扮男裝參加了比賽。
雖說是一場長跑，但武士們各有算盤，於是發生了諸多妙趣橫生的事。有買通跑的最快的輕足不要跑第一名的，也有中途抄小道騎馬趕路的，還有的拐到林蔭小道讓其他武士用轎子抬的，可謂是五花八門，花樣層出不絕。
然而就在武士們想盡辦法奔向第一名時，刺客已從兵臨關外，忍者知道自己是誤報，便想要阻止這一切。此時雪姬公主也來到了關口，由於跑的滿頭大汗，嫩白皮膚盡顯，被守門士兵攔下並綁在屋內暗閣。
此時刺客已經來臨，然而刺客所用兵器竟不是武士刀，而是左輪槍，守門士兵們自然不是刺客的對手。雪姬公主見此不能坐以待斃，便出其不意猛跑出去，肩上中了一槍。
所幸雪姬公主在逃跑路上遇到了忍者，忍者便帶雪姬公主來到水池邊取出子彈包紮傷口。突然池塘墜下一人，定睛一看竟是武士頭領，原來武士是被手下暗算。三人一合計，稍作整頓，便帶領武士們火速趕回城內，保護藩主。
誰知被刺客搶先一步，刺客已到藩主家中，然而刺客並沒有立即動手，而是準備在長跑終點之處，將藩主斬首示眾。刺客做夢也沒有想到的是忍者已經策反，在一行人趕到終點時，說時遲那時快，忍者用暗器殺死了刺客，真可謂明槍易躲暗箭難防。
隨後藩主便明白了日本與世界的差距，便大力引進了洋槍洋炮。隨後鏡頭移轉至日本現代的馬拉松比賽，講述到日本馬拉松的歷史確實是由本片所講故事而來，現代日本的馬拉松跑步動作也相比武士時代取得了長足的進步。