1月21日，臺灣確認首例「新型冠狀病毒肺炎」。
55歲女性臺商20日晚自武漢搭直飛航班返臺，抵機場後即隔離。21日傍晚6時，臺「疾管署」宣布證實，該女性臺商成為全球首個非大陸籍確診個案。
臺「衛福部長」陳時中說，該女性是在武漢工作的臺籍人士，有內分泌疾病史，去年12月就在武漢，今年1月11日出現發燒、喉嚨痛、咳嗽症狀，自己覺得身體虛弱，但對大陸醫療沒信心，因此發病第9天搭機返臺，一路遵指示全程戴口罩，僅吃飯拿下。
該女性抵達臺灣後，經機場發燒檢疫站篩檢後立刻隔離，並送醫院隔離，經採檢跟X光檢查，確認為「新型冠狀病毒肺炎」陽性。
陳時中表示，因該女性在境外即嚴密監控已達阻絕效果，評估對小區危害低，因此指揮中心維持三級開設未升級。但即起提升武漢市旅遊警示到第三級，盼非必要勿前往。
防疫人員也針對女臺商同班機近距接觸46人，包含與女臺商同排、前後兩排共34名乘客、12名機組人員，匡列要求自主健康管理，並列衛生單位每日追蹤健康至14天觀察期滿。
臺「行政院長」蘇貞昌21日在臉書表示，目前島內備有超過4400萬副外科口罩、193萬副N95口罩，會視需求隨時釋出，請大家不需恐慌、也不必囤積。但到了22日，他又在臉書強調，對抗「武漢肺炎」，政府防疫全面啟動。
國臺辦發言人馬曉光在1月15日的例行新聞發布會上表示，大陸有關方面高度重視維護兩岸同胞的健康福祉，已經多次及時向臺灣有關方面通報了疫情防疫的最新情況。1月13日至14日，臺灣方面的專家到武漢進行了實地考察，對疫情防控、應對處置、醫療診治、病原檢測等問題都進行了全面的考察，並且同參與此次疫情防控和患者治療的大陸專家進行了交流，諮詢了解了防治的相關信息，並實地參觀了疾控機構的實驗室和收治病例的醫療機構。臺方的醫療專家對大陸方面的接待表達由衷感謝。