事業單位全面實行「聘用合同制」管理，自然根據合同約定的內容、責權利不同，相應的人事關係、勞動關係就會有不同。不像黨政機關公務員那樣，是按照《公務員法》來規範，一是一二是二，容不得半點差異，即使是夠條件，工資待遇編制什麼的都和公務員一樣，也在公務員崗位工作，但因為某些硬體不夠資格，就不是公務員身份。
在事業單位，從大的方面來分，就分為正式職工和非正式職工，也就是編制內管理人員和編外人員。雖然都是合同制，編內的正式職工，雖然也是三年五年一籤合同，但這種合同只是程序性的，只要考核合格，沒有犯錯誤，就不會被辭退或者開除，端的依然是「鐵飯碗」。編外人員就不一樣了，雖然也是籤的合同，卻有各色各樣的：和用人單位籤訂勞動合同關係的叫合同工，用人單位支付費用和勞務派遣公司籤訂合同的叫勞務派遣工，雖然都是編外人員，雖然都是臨時工，但一個和事業單位直接發生勞動關係，工資待遇、勞務糾紛什麼的都是由事業單位直接負責的，而勞務派遣工由不同，是和勞務派遣公司發生直接關係，雖然在事業單位的崗位上工作，但工資待遇、五險一金、勞動糾紛等，都是由勞務派遣公司負責的，和事業單位沒有什麼直接關係，相對事業單位的合同工，還更沒有保障。
事業單位的正式職工中，還有一種是備案制人員。雖然也是正式職工，也是通過分配、招考進來的，但由於單位性質不同，使用的編制性質也不一樣。比如在事業單位分類改革中，高校和縣級以上公立醫院，就明確保留事業單位性質，取消編制使用，實行備案制管理。無論是原來使用編制的老職工，還是改革以後招考、聘用的新人員，都有資格使用這種備案制編制，從此以後沒有正式工臨時工合同工的說法。備案制編制，其實並不是真的編制類型，只是這些事業單位根據實際需要，設立崗位和編制，只需要報同級編制部門備案即可。既不用編制部門分配編制使用，增加減少也不受編制部門限制，自主權完全在用人單位自身。
還有一種備案制管理的編制類型，叫自收自支編制。在事業單位，有生產經營收入的事業單位，有的被定性為自收自支事業單位，使用的也是自收自支編制。自收自支編制是地方政府根據自身需要，自行核定、自行供養、自行管理的事業編制類型，也是只需要向上級機構編制部門備案即可。過去，自收自支編制是被承認的事業編制分類形式，也是地方政府補充正式編制不足的一種有效方式。地方政府自定編制除自收自支外，還有自定、自籌兩種編制，這兩種編制純粹不受編制部門管理，由地方政府自行核定使用，也不向上備案，這一點是和自收自支編制徹底不同，因而也不被劃入事業編制分類之中。自定自籌類編制早已經撤銷不再使用，自收自支編制隨著事業單位分類改革，生產經營類事業單位改企，也被要求撤銷不再使用。