估計新冠病毒就是這個時候發生融合的……
△《葫蘆兄弟》中，被蝙蝠兵捕獲的穿山甲
不過，日韓最近也鬧騰，無論是鑽石公主號，還是韓國的天地神教，和前幾天國內的「監獄風雲」，形成了妥妥的「三國演疫」。智慧的網友經過排查，成功證明了，其實中間宿主不是動物，而是……櫻花。
△圖片來源：微博@深度News
這兩天義大利也開始鬧騰了，伊朗也開始流行了，甚至開始懷疑美國所謂的流感也混雜了很多新冠的發病病人……那些所謂SARS是生物武器，新冠只感染中國人的陰謀論者出來走兩步，面對這些啪啪打臉的證據，你們該如何自圓其說呢？
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SARS一定是生物武器，否則怎麼忽然就人間消失了呢？
新冠：我這不是來了麼？
好吧，說錯了，但是新冠只感染中國人。
日本和韓國：我們也深受其害啊！
好吧，沒說全，新冠只感染亞洲人。
義大利、德國、英國、美國：我們也深受其害啊！
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為什麼要找到中間宿主？其根本原因是新冠病毒不會無中生有，究竟是蝙蝠直接到人？還是蝙蝠到穿山甲再到人？（如同2003年SARS冠狀病毒的路徑是蝙蝠到果子狸再到人）這一切都有待於中間宿主的解密。
那麼如何確認中間宿主呢？其最有力的證據就是基因組相似性，如果能在某一個物種（一般應為高頻交易的野生哺乳動物）內發現和人類體內序列基本一致的冠狀病毒，且這個物種本身可長期攜帶不發病，那麼基本可以認定這個物種就是新冠病毒的中間宿主。這就是科研人員在華南海鮮市場反覆收集樣本，以及不斷地對之前查私的野生動物進行病毒宏基因組測序的意義。
尹哥用以下的長圖，來回顧一下迄今為止對中間宿主的分析。再強調一次，這種回顧性驗證都是事後諸葛亮，是在2月7號，科研人員宣布了中間宿主疑似為穿山甲之後向前把證據鏈串起來的結果。同志們可不要又問出來，「原來你們早就知道是穿山甲，就是不說」這樣的神邏輯哈。
怎麼樣，像破案一樣看完了這個長圖，是不是倒吸一口涼氣：這個過程如此複雜啊。是的，科研工作來不得半點虛假，必須用數據和證據驗證假設，也必須用數據和證據去推翻假設。
尹哥的小夥伴們，也特別幫忙驗證了下數據（這部分看不懂可以不看）：
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把陳金平等公開數據的21個樣品用bowtie2的默認參數與新型冠狀病毒（NC_045512.2, Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1）序列進行比對。
發現只有lung07和lung08的少量序列能比對上新型冠狀病毒（下表），和文章中的結果一致。將兩個樣品比對上新冠病毒的序列在用blast和新冠基因組序列進行比對，兩個樣品的180和620條序列均能和新冠基因組序列比對上，identity分別為95.08%和93.86%。
將比對上新冠病毒的序列挑選3條reads出來在NCBI進行全物種比對，結果顯示最相似的病毒均為新型冠狀病毒且相似性都在90%以上，E-value也非常低，說明結果可信。
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即便如此，我們仍只能說，穿山甲是目前已知最接近中間宿主的物種，但仍存在以下尚未解決的問題：
1.通過觀察華南農業大學研究團隊於2019年的研究結果表明，馬來亞穿山甲檢測出來的病毒序列和新冠狀病毒在核酸序水平的平均相似性在93%以上，但能比對上的序列較少，分別只覆蓋新冠病毒基因組的27.7%和59.7%，尚不能在全基因組的水平進行比較。而管軼實驗室最新的研究結果表明，通過對兩批穿山甲樣本進行宏基因組測序，序列組裝完整度達到86%，可以認為測出了86%的SARS-CoV-2基因組。管軼發現穿山甲病毒序列與人SARS-CoV-2序列相似性達到了86%-92%，與蝙蝠冠狀病毒的相似性達到96%，離穿山甲為中間宿主的結論又進了一步，但依然還差一步。
2.目前未能了解接觸這批馬來亞穿山甲的人員是否存在感染，是否當時存在發熱或身體不適等現象，目前體內是否已經有了抗體？
3.雖然在2017年8月至2018年1月期間，廣西和廣東反走私行動中查獲的穿山甲樣本中檢測出與新型冠狀病毒（2019-nCoV ）在基因組上有相似的亞型且有相關性，但馬來亞穿山甲來源以及其生活史未能獲得，要確定其為中間宿主，還需要進一步研究。
感謝所有的科研人員。講到這裡，如果還沒弄明白什麼是中間宿主，老辦法，咱們看電影：
△《極度恐慌》中，發現中間宿主
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光基金
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