半藏正成在世時是亂世，上忍與下忍的關係當然也是絕對性的，家康也深知同心組織獨特的隱密性與其意義，凡事都讓正成獨當一面；但是家康統一天下之後，組織也不得不轉換成官僚機構形式。正就的悲劇，就在於他無法理解時代的變遷。舉個例來說，某年秋季，暴風雨襲擊江戶，江戶城第二外郭與第三外郭城垣都倒塌了，江戶城本身也遭受落雷，城內外騷動不已。「伊賀組同心」平時任務是守衛城堡，當下全體出動搶修城牆。這時，正就竟然派人傳達命令，說什麼自家宅邸圍牆與大門都受損，要同心們馬上趕過來修理宅邸。可是暴風雨越來越大，城堡損害程度也越來越嚴重，同心們便暫時不理會正就的命令，全體各就各位繼續搶修江戶城。
日後，同心們前往半藏宅邸打算修繕圍牆時，正就不但懲罰眾人營造其他工程，還命令兩位組長禁閉在家，而且遲遲不肯解除禁令。家康輾轉聽到此事時，直接下達命令給兩位組長，要他們動身去偵察大阪城。正就即使頭腦再笨，也不敢違背家康意旨，只得心不甘情不願地讓兩位組長出發。壞的是，他竟然在兩位組長服勤期間，叫喚了其中一位組長內人，硬逼她同衾共枕。結果，那位以美貌出名的組長內人，考慮到丈夫立場，忍辱負重讓正就得償所願，卻在事情畢後，當場咬舌自盡。
長年來的鬱結，終於令「伊賀同心組」於1604年發動武裝政變，據守在長善寺。說是「政變」，其實他們抗議的對手不是幕府，而是正就這個昏暴頭子。由於所有下忍的兄弟、家族、親戚們都加入這場政變，據說人數高達千人左右。這在忍者世界中，可以說是空前絕後的事件。同心們不但要求幕府罷免正就的職位，也想剝奪正就身為上忍的身份。
家康起初默不作聲，靜觀事件演變過程。後來是正就實在無計可施了，親自懇求家康罷免他的職位。家康接受了正就的請願，將服部家貶為平民，讓正就寄食在妻子娘家。政變主?#092;者當然全部都判以死刑，其中包括那位內人被蹂躪之後咬舌自盡的組長。而「伊賀同心組」也經過重新整編，正式成為幕府官僚機構之一。
為了復興家道，正就於1615年參戰「大阪夏之陣」，不幸陣亡。弟弟正重也因妻子娘家（大久保長安）變節事件，家破人亡，單身流浪諸國，最後客死他鄉。
現代日本後人口中所說的「服部半藏」，指的是有「鬼半藏」之稱的正成。正成雖然承繼了伊賀上忍中之最的血脈（上忍中也有階級之分），不過，到了他這一代，已經算是「白道」武將身份了。何況他是長矛高手，在各種戰役中立下不少戰功。家康之所以會心服正成，我認為，可能是正成的確具有指揮「黑道」與「白道」雙方的才幹吧。
400多年後的今日，日本皇居仍遺存有「半藏門」，這是半藏親自設計的城門，以備敵方自海上攻進城時，將軍一族可以自半藏門一路沿著甲州街道（古道），逃脫到甲府城。當時他自己的宅邸也是在半藏門附近。現代皇太子與雅子皇太妃有時候會從這個門出入。半藏門城外有一道「半藏濠」。日本橋到澀谷之間的地鐵路線，名稱也是「半藏線」。
（上忍：又稱「智囊忍」，專門策略作戰整體計劃。中忍：實際作戰時的指揮頭子，當然忍術也得超群出眾才行。下忍：又稱「體忍」，相當於現代的特殊部隊，在最前線實際作戰的忍者。）
服部半藏劇情流程：
I 忍者生活開始
半藏的身份還是松平（德川）手下的武將，侍奉想擺脫今川家控制的松平在遊戲的第2天便接到運送兵糧到鳴海的命令，半藏也在部隊裡。此役恨簡單，只要松平成功到達城池即可，所以半藏可以一上來先用個隱身，衝過去讓對方混亂。
獲勝後，卻不見今川義元現身，卻接到通報，今川義元被織田信長殺了的消息，命喪捅峽間，即著名的捅峽間會戰。松平得到消息後非常興奮，想到自己獨立的時候終於到了，佔據了崗崎城，獨立為大名。沒過多久，半藏會被德川招去，由於松平的勢力這個時候還很小，並且地理位置非常不好，夾在織田和今川兩家之間，難以發展，故派遣半藏回到其父親出仕前所在的伊賀，在那裡擔當輔佐松平家的忍者。
出城後會馬上變為伊賀的下忍，終於成為忍者了！回伊賀去吧，見到首領百地三太夫，三太夫告訴半藏，回到伊賀要從頭做起，交給半藏原來其父親所用的鎖鏈，並介紹了有能力的新人石川五右衛門，讓他們以後多多合作，半藏有什麼不明白的地方也可以請教他。出來後，石川五右衛門卻對半藏的到來表示極度的不滿，怕與伊賀很有淵源的半藏遮擋他的光輝，讓半藏自己請教下忍（這個白痴，以後死的慘吶~~活B該！）
下忍的生活開始，為了平時就能夠充分鍛鍊忍術，最好裝備上苦無或者鎖鏈，我不喜歡用鎖鏈，還是苦無方便些，買把苦無去吧，酒田町有售~~開始積累忍者功勳，任務如下，有些和其他職業共通的任務我就不說了，說些特殊的：
注意：忍者沒有定期議會，由首領不定期招回分發任務，並且忍者不能自由選擇任務，頭目叫你做什麼你就得做什麼，接任務前存檔！！！！
要人護衛：保護所支持大名家的武士走路，戰鬥中該武士不能死，技能武藝，功勳40；
財寶探索：去酒館，可以打聽出寶物所在國，到該國的酒館，可以得知具體位置，如果有濟勝卡便可顯示 出具體位置，功勳40，相當麻煩，不建議做；
流行炒作：船艙裡由傳教士，可以到廣場散發交易品，啊？不對，那個是大航海4，這裡面先到座裡買到任務的交易品，再到目的地執行，可以裝做旅人，商人和大名，大名的效果最好，但最難便裝成功，建議先學會變裝，技能口才，卡片變裝，功勳40；
戰略調查：到指定大名家探察戰略，有時會發生個人戰，技能忍術，武藝，卡忍足，功勳40；
偷竊物品：到指定人家偷竊貴重品，技能忍術；
追殺拔忍：到指定地方殺死拔忍，可以直接殺，炸房子，或者下毒後再殺，技能忍術，武藝，功勳40
在這個時期抓緊時間學習技能吧，忍者學習技能都要見縫插針的，最好在這個時候把各個忍者裡的特殊技能都偷學到手，雖然只能學第一個，不過對工作起來很有幫助的，附資料：
缽屋裡 毒斬 鬼謀 千鳥
根來裡 火付 雷爆術 猛毒苦無
戶隱裡 千裡眼術 闇討 橫車
羽黑裡 早驅 同士討術 十字投
外聞裡 雲隱術 錯亂術 亂苦無
伊賀裡 分身術 霧隱術 空蟬術
黑脛巾裡 變裝 紅蓮術 韋託天術
甲賀裡 石拔 奈落術 影術
透波裡 迭返術 特技破術 忍犬術
山潛裡 偽情報 鬼腳術 木葉隱術
風魔裡 毒苦無 城爆破 影縫術
軒猿裡 暗示 幻惑術 傀儡術