小智雖然一開始因為睡過頭沒有拿到御三家寶可夢，但後來總是可以撿到，並且能將其培養得很好。
本文僅限於小智正式收服的御三家寶可夢。
妙蛙種子
妙蛙種子是關都地區的草屬性御三家，曾經被自己的訓練家遺棄，因此和討厭人類，在和小智的相處中逐漸改變了這一想法。
妙蛙種子是動畫中第一個克制自己進化的寶可夢，在無印篇第50集出現進化的跡象，但最終沒有讓自己進化。
現在妙蛙種子被寄放在大木研究所，它負責調解那裡的寶可夢們。
傑尼龜
傑尼龜是關都地區的水屬性御三家，它也曾被遺棄，並喜歡對人類惡作劇，與小智邂逅後主動想跟小智走，它率領的不良組織傑尼龜軍團變成了消防隊。
傑尼龜的實力很強，即使不進化也幫助小智贏得了多場戰鬥。
它現在回到了傑尼龜軍團當消防員。
小鋸鱷
小鋸鱷是城都地區的水屬性御三家，它是一隻野生的寶可夢，小智和小霞競爭得到了它。
小鋸鱷很調皮，總是在優哉遊哉地跳舞或玩水，它是小智收服的城都地區的御三家中唯一沒有進化的，現在在大木研究所。
藤藤蛇
藤藤蛇是合眾地區的草屬性御三家，和傑尼龜妙蛙種子不同，它是主動拋棄了自己的前訓練家，在偷吃小智他們的食物被發現，憤怒的小智艱難地收服了它。
這隻藤藤蛇非常傲嬌，作為雌性它在戰鬥中喜歡使用迷人，實力比較強。
藤藤蛇現在在大木研究所裡面。
水水獺
水水獺是合眾地區的水屬性御三家，它是紅豆杉博士研究所裡的供新人選擇的寶可夢，喜歡上小智的水水獺離開了研究所並追隨他，最終如願被收服。
水水獺和希望得到小智的注意，它是只多情的寶可夢，對很多雌性寶可夢甚至是無性別的美洛耶塔都表露好感，但從未求愛成功。
它目前在大木研究所裡。
木木梟
木木梟是第七世代的草屬性御三家，它和一群小篤兒家族的寶可夢生活在一起，和小智邂逅後它的家人鼓勵它跟隨小智，於是自願被收服。
木木梟總是在睡覺，它喜歡呆在小智的背包裡，雖然木木梟會模仿投羽梟的動作和戰鬥方式，但它攜帶著不變之石，是不會進化的。
木木梟現在和小智在一起，就這些，拜拜~