前面我們講了《生化危機》系列遊戲劇情的背景故事，現在我們來回顧整個遊戲劇情！
1991年，馬庫斯的得意門生阿爾伯特·威斯克在經歷了種種以及了解到斯賓塞的野心之後，早已對病毒研究沒有了興趣，他爭取到了前往浣熊市警察局當臥底的機會，暫時離開了安布雷拉公司。1996年阿爾伯特·威斯克擔任了重新組建的特別戰術及營救小組(S.T.A.R.S.部隊)隊長。
1998年5月，自馬庫斯受病毒影響復活後，阿克雷山區便經常發生怪物襲擊人類致死事件。6月阿克雷山區因大批量出現怪物襲擊人類事件而成為禁區，被警方封鎖。
7月22日，曾在合眾國海軍特種部隊擔任少尉的比利·科恩，被誣陷在非洲執行任務過程中槍殺23人，被軍事法庭判處死刑，經由阿克雷山區押送至萊克森基地執行。幾小時後，押送比利·科恩的車輛在經過阿克雷山區時遭受生化怪物襲擊，押送人員全部死亡，比利·科恩失蹤。
安布雷拉公司為了避免機密外洩，因此隱瞞並封鎖了押送車輛遇襲消息。同時為了進行生化生物的實戰能力實驗，通過安布雷拉幹部威斯卡的安排，引誘S.T.A.R.S.部隊進入阿克雷山區。
7月23日，復活的馬庫斯開始了新一輪報復行動。晚上20點時，他利用大批量的水蛭襲擊了一列途徑阿克雷山區的火車。2個小時後，浣熊市警察局派S.T.A.R.S.部隊的布拉瓦小隊前往阿克雷山區進行調查。當布拉瓦小隊乘坐的直升飛機進入阿克雷山區後，突然發動機出現故障，於是布拉瓦小隊只能緊急迫降，步行搜索。不久他們便發現了一輛損毀嚴重的押送車，車上押送人員全部死於非命，且屍體均被殘忍肢解。布拉瓦小隊的隊長恩裡克·馬裡尼命令小隊繼續搜索比利·科恩的下落。
以實地醫護人員身份加入S.T.A.R.S.部隊的瑞貝卡·查姆博斯在獨自一人搜索的過程中發現了一列停在森林中的火車，火車明顯出現了什麼事故，車上乘客無一生還。突然一位已經死亡的乘客復活了過來，開始攻擊瑞貝卡。危急時刻，失蹤的少尉比利及時出現救下了瑞貝卡。雖然被救了，但瑞貝卡任然對比利充滿了懷疑，畢竟比利是個通緝犯不說，押送人員的死亡也十分蹊蹺。但為了生存下去，瑞貝卡還是選擇了與比利一起行動。
就在這時，停靠的火車突然開始啟動，速度越來越快，最終脫軌翻車。兩人從火車殘骸中逃了出來，來到了安布雷拉幹部養成所。
阿爾伯特·威斯克和威廉·柏金了解了事態的發展。他們本來打算前往幹部養成所恢復設施，但是卻因生化怪物的襲擊未能成功。通過監視比利和瑞貝卡調查進展的同時，他們開始意識到是有人肆意破壞安布雷拉，於是作出決定要炸毀幹部養成所。
比利·科恩和瑞貝卡·查姆博斯通過一系列艱苦調查，最終見到了復活的馬庫斯。馬庫斯向他們講述了20年前他被暗殺的事實真相。被丟進下水道的馬庫斯被進化了的水蛭附在了身體上，馬庫斯的DNA被水蛭所吸收融合，最終誕生了馬庫斯的複製品。
重生的馬庫斯將T病毒散播在阿克雷山區森林，就是為了對安布雷拉公司以及整個世界的報復。當幹部養成所設施的定時爆炸裝置被阿爾伯特·威斯克和威廉·柏金啟動後，馬庫斯的複製體變成了水蛭女皇。
經過比利和瑞貝卡的艱苦戰鬥下成功戰勝水蛭女皇，同時幹部養成所也被自毀，比例和瑞貝卡逃出生天。
經過這一系列事件，瑞貝卡對比利也有了新的認識，她選擇放過比利，同時在調查報告中寫下比利已經死亡的情況說明，而瑞貝卡選擇繼續前往安布雷拉的洋館繼續進行調查。
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《生化危機》系列遊戲劇情之遊戲背景