有人說這是最毀童年的動畫，《神廚小福貴》的結局真的是悲慘至極嗎？清朝末期，八國聯軍入京，慈禧太后攜光緒皇帝等人倉皇西逃。太監小李子受命徵選御廚，而故事便是從此開始。然而結局卻十分黑暗，是少有的惡勢力佔據上風的結局，某些方面也對照了當面的那段歷史。
小李子給即將接受金廚具的小福貴洗澡，卻又痛苦萬分，因為他知道，這可能是他最後一次見到小福貴了。而K大人派人在前往皇宮的路上陷害小福貴，老太醫拼死相救，最終與前來謀害小福貴的眾廚師同歸於盡共同墜下懸崖。
小福貴安全到達皇宮，這讓K大人感到十分氣憤。得到金廚具的小福貴為老佛爺做了一道名為「母子情深」的菜，並提出了釋放皇上的願望，老佛爺果斷拒絕，而這時K大人趕來，遞上了他誘騙皇上寫的無需小福貴照顧的聖旨，並且與此同時，老太醫和四名御廚的屍體也被發現。小福貴控訴這一切都是K大人的陰謀，但他沒有一絲一毫的證據。K大人從小福貴身邊得意洋洋地走過，告訴了他的背後的所有真相，關於他的金手指的、小蜜蜂、皇上……
他突然間醒悟了——真情在民間，智慧在民間。小福貴就此轉身離去……從馬公公處得知父母早已不在人世的真相的小李子十分悔恨，後悔做了那麼多昧良心的事，而皇上也被關在瀛臺默默地承受著孤獨……
而到了最後小福貴也瘋了！小福貴來到廣闊的草原，看到了飛舞的蝴蝶，幻覺中是小飛蝶在呼喚他，而小福貴也騎著駿馬，就此遠去了……
小飛碟走了，小蜜蜂死了，小李子崩潰了，皇上絕望了，就連小福貴也瘋了。本應該是美好結局的《神廚小福貴》成了一代人的遺憾。