縱觀整個明朝，與蒙古之間一直是打打停停、糾纏不清，在花費了太多精力、財力之後，仍然無法確保北部邊疆穩定。而反觀清朝，卻通過聯姻拉攏的方式，與蒙古各部保持了較好的關係，除了平定準噶爾之外，雙方始終未發生大規模的戰爭。那麼，明朝為何不通過聯姻的方式，與蒙古搞好關係呢？
原因之一：明朝與蒙古天然敵對，清朝則不存在這個問題
元朝乃是蒙古建立的國家，而明朝則是推翻元朝後建立的王朝，這導致雙方從一開始便形成了敵對關係，而這種關係至少在明朝初期的一百年內是不會發生任何改變的。而清朝作為崛起於東北的民族，不論從生活習俗，還是從戰略態勢來講，關係並不緊張。
從明朝和蒙古的博弈來看，明朝前期主要以打擊為主，中後期則以戰略防禦和平衡牽制為主。從明太祖朱元璋到明成祖朱棣，明朝多次出兵北伐北元，從而徹底瓦解了北元殘餘勢力，一定程度確保了北部邊疆穩定。而自仁宣年間開始戰略收縮後，明朝則主要依靠九邊重鎮進行戰略防禦，同時通過「貢市」貿易平衡牽制蒙古各部。
清朝則有所不同，清朝由於崛起較晚，初期實力相對較弱，為了尋求入關的機會，同樣也為了確保側翼和後方的安全，在沒有絕對利益衝突的情況下，清朝（後金）自然不必與蒙古輕啟戰端。更何況，清朝崛起時蒙古已經是四分五裂，可汗對於蒙古各部統治力有限，因此清朝主要採取的便是通過聯姻拉攏蒙古部落，並對可汗勢力進行打擊的策略。
根源上的敵視和友好，再加上明朝和清朝不同的民族政策，以及蒙古諸部的現實情況，這是造成明朝和蒙古天然敵視，而清朝和蒙古則天然友好的主要原因。同時，由於庫圖克圖汗之子最終投降，黃金家族徹底失去了對草原的統治，再加上秦朝的盟旗制度，蒙古各部再也無力恢復往日榮光。
原因之二：國力強弱不同，明朝沒有必要採取和親政策
正所謂「經濟基礎決定上層建築」，國力強弱的不同，同樣會影響到國家的對外政策，明朝由於國力一直較為強盛，因此並沒有與蒙古和親的必要，而清朝則恰恰相反。
古代互市畫面雖說明朝在與蒙古的戰爭中，也曾遭遇過「土木堡之變」這樣的慘敗，但不可否認的是，明朝在國力方面，始終要遠超蒙古。蒙古各部雖然時常南侵掠邊，但除了「庚戌之變」等少數幾次之外，卻始終難以深入明朝腹地，而明朝卻可以通過外貿一定程度掌控蒙古各部的經濟命脈，再加上所謂的「天朝上國」心裡作祟，明朝很難升起與蒙古各部和親的心思。
清朝則不同，後金雖然在「薩爾滸之戰」後已經逐步在遼東站穩腳跟，但剛剛崛起的後金實際上仍比較弱小，明朝依靠松錦防線仍然對後金保持著一定的戰略威懾力，再加上朝鮮和蒙古此時依舊比較偏向明朝，後金不論是為了崛起，還是為了將來攻入關內，解決蒙古和朝鮮保證側翼安全，都是重中之重，因此通過聯姻分化瓦解蒙古部落，自然不失為一條妙計。
正是由於明朝和清朝國力方面的差距，使得明朝和清朝對待蒙古的態度截然不同。事實上，即使在「薩爾滸之戰」戰敗，而蒙古部落中親近明朝的內喀爾喀和葉赫部又先後被擊敗的情況下，明朝拉攏林丹汗的方式仍然是通過賞賜銀錢來促使蒙古出兵，而並非所謂的聯姻。
原因之三：明朝時期蒙古仍有退路，清朝時期蒙古退無可退
這一點則關係到了蒙古各部對明清兩朝不同的態度，自古以來中原王朝始終對遊牧民族無可奈何，一個主要原因便是其強大的機動能力，即使他們不敵中原王朝，也可退往漠北甚至更北方，等到恢復實力後再度南下。
明朝時期，雖然朱元璋時期明軍通過北伐擊潰了元朝殘餘勢力，從而導致蒙古分裂，明成祖朱棣更是先後五次北伐，然而除了第一次和第二次取得一定戰果外，其餘三次北伐均難以找到韃靼主力，反而給瓦剌崛起提供了時機，而在瓦剌衰弱之後，韃靼便又迅速捲土重來。
而到了清朝，隨著俄羅斯在西伯利亞的瘋狂擴張，蒙古各部再也不能隨心所欲的向北發展，退路已經完全被斷絕。而在準噶爾部崛起後，又和沙俄沆瀣一氣，又從西北部對蒙古各部造成了壓力。北部和西北部的變化，導致蒙古各部只能選擇歸順更加友好的清朝，因此蒙古各部也需要通過聯姻，來加強與清朝之間的關係。
在明朝時期，蒙古的北方還沒有出現俄羅斯這樣的巨大威脅，他們的主要威脅仍然來自於南部的明朝，一旦不敵明廷，他們完全可以向北撤退，一直撤到明朝根本無法、無力打擊為止。而自從俄羅斯東擴之後，被夾在中間的蒙古各部面對壓力只能選擇投靠更加友好的清廷。