要理清這個問題，還得從元朝滅亡之後，蒙古草原的形勢變化說起。隨著元朝的滅亡，以及北元殘餘勢力被明朝的徹底擊潰，黃金家族最終喪失了對蒙古草原的統治，終明一朝雖然也曾短暫鄭和，但大部分時間均處於分崩離析的狀態，直到被後金徹底兼併。
北元殘餘勢力被擊潰，蒙古分裂為瓦剌和韃靼兩部
至正二十八年（1368年），面對明軍的大規模北伐，元朝已經無力抵抗，元順帝孛兒只斤·妥懽帖睦爾於是率領元朝殘餘撤往上都，元朝作為中原王朝的時代就此結束。
明軍雖然將元朝統治者趕出了中原，但由於元朝是主動撤離，因此依然保留著相當的實力，且與高麗、畏兀兒等勢力依然保持著相當的聯繫，甚至在明初曾多次侵擾明朝北疆。為了徹底消除北元對大明北疆的威脅，朱元璋曾數次派兵北伐打擊，同時通過收復雲南、遼東等地，使得北元勢力徹底退出中原，遷往漠北。
天元十年（1388年），藍玉率領十五萬大軍在捕魚兒海大敗脫古思帖木兒，北元殘餘主力遭遇慘敗，脫古思帖木兒只帶著太子天保奴、知院捏怯來、丞相失烈門等數十人逃往和林方向，卻在土剌河一帶和兒子天保奴一起被部將速迭兒縊殺。
捕魚兒海之戰不僅使得北元殘餘勢力遭到毀滅性打擊，更使得黃金家族徹底喪失了在蒙古人心中至高無上的地位，此後大多數蒙古部落均宣布脫離統治，蒙古草原就此分裂為瓦剌和韃靼兩部。其中韃靼名義上奉黃金家族後裔孛兒只斤·本雅失裡為汗，大權卻在太師阿魯臺手中。而瓦剌作為黃金家族曾經的姻親，則統治者蒙古草原西部地區，且與東部的韃靼爭鬥不休。
明永樂八年（1409年），太師阿魯臺殺明朝使節郭驥，公開表明與明朝斷交，明成祖朱棣派大將丘福率軍10萬北徵，結果因輕敵冒進而全軍覆沒。於是，從次年開始，明成祖朱棣先後五次率軍親徵蒙古，其中四次的北伐目標都是韃靼，只在第二次時對趁機崛起的瓦剌進行了打擊。
明成祖持續的北伐，導致蒙古東部的韃靼實力大損，但明成祖的多次用兵，也使得明朝自身損耗極大，因而在明仁宗、明宣宗的十餘年間，明朝開始戰略收縮，而瓦剌則趁機奉孛兒只斤·脫脫不花為汗，開始強勢崛起。
瓦剌先勝後衰，蒙古曾短暫統一
瓦剌雖趁勢崛起，但由於沒有顯赫歷史，無法像黃金家族那樣擁有威望和號召力，只能通過武力徵服蒙古各部。為了獲得威望，瓦剌便想黃金家族後裔察合臺汗國發動進攻，擊敗並強娶了衛思汗的妹妹哈尼木公主，通過這次政治聯姻，使得瓦剌人有了足以號召所有蒙古人的血統。
崛起後的瓦剌開始不斷襲擾明朝邊境，並於正統十四年（1449年）製造了著名的「土木堡之變」，俘虜明朝皇帝朱祁鎮，卻又在北京保衛戰中戰敗。
明景泰四年（1453年），也先襲殺孛兒只斤·脫脫不花後自稱「大元天聖大可汗」，建年號「天元」，並與明朝議和，宣布為明朝的屬臣。此舉遭至黃金家族的不滿和反抗，原本已經臣服於他的各黃金家族的部落和汗國又重新自立。
明景泰六年（1455年），也先被暗殺，其子阿馬桑赤臺吉繼繼承汗位，再度進攻並戰敗察合臺汗國，然而前方取勝卻後院起火，皇后哈尼木的兒子亦不刺忻和也裡牙思發動叛亂，瓦剌就此實力大損。
瓦剌由盛轉衰，黃金家族後裔則在內亂之中重新整合，成吉思汗第27代繼承人孛兒只斤·滿都魯在內戰中去世，僅剩的黃金家族後裔孛兒只斤·巴圖孟克在滿都魯的遺孀滿都海賽音可敦的支持下，於成化六年（1470年）繼承汗位，尊號達延汗。
達延汗率軍打敗瓦剌，將其徹底趕出蒙古東部地區，蒙古草原重新統一到黃金家族後裔手中。達延汗在位37年，不僅切斷了明朝和瓦剌的聯繫，同時鎮壓了右翼土默特人和兀良哈人的叛亂，使得蒙古短暫復興。
然而，達延汗去世之後，雖然他的長支後裔順利繼承汗位，但蒙古各部實際上再度處於了半獨立狀態。
蒙古的徹底分裂，使得後金成功向蒙古滲透
明末時期，北方蒙古各部以大漠為中心，主要分為三大部分，其中大漠以西的準噶爾部、和碩特部、土爾扈特部、杜爾伯特部、輝特部等被稱為漠西蒙古；大漠以北的車臣汗、土謝圖汗、三音諾顏、札薩克圖汗等部被稱為喀爾喀蒙古；大漠以南的科爾沁、札賚特、杜爾伯特、巴林、札嚕特、奈曼、喀爾喀、茂明安、烏拉特、喀喇沁、烏珠穆沁、察哈爾、土默特、鄂爾多斯等部被稱為漠南蒙古。
而早在達延汗時期，統一蒙古後的他曾建立左右兩翼六個萬戶，其中左翼三萬戶為察哈爾部萬戶、兀良哈部萬戶和喀爾喀部萬戶；右翼三萬戶為鄂爾多斯部萬戶、土默特部萬戶和永謝布部（哈喇慎、阿蘇特）萬戶。漠南蒙古，其實就是除喀爾喀之外的左右翼蒙古。
俺答汗乃是達延汗之孫，其部落本在今內蒙古呼和浩特一帶遊牧，崛起之後逐成為右翼蒙古首領，即漠南蒙古首領。控制著東起宣化、大同以北，西至河套，北抵戈壁沙漠，南臨長城的廣大地域。
俺答汗在位期間，雖然對蒙古草原各部掌控力有限，但卻使得漠南蒙古經濟得到了極大發展，不過為了謀求與大明的通商，雙方曾多次爆發戰爭，導致蒙明關係進一步惡化。這也一定程度造成了，後金崛起之後，雙方始終未曾真正聯手的局面。
後金崛起後，一面反抗明朝在遼東的統治，另一方面則通過聯姻和戰爭積極向蒙古草原發展，由於蒙古各部分裂嚴重，林丹汗由於實力有限慘遭戰敗，漠南蒙古最終全部納入後金版圖，大蒙古國汗位至此斷絕，蒙古帝國就此徹底消失。