《帝國時代3：決定版》自發售後便遇到了許多問題，比如內存洩露以及崩潰問題。雖然官方發布了補丁修復這些問題，但最近在論壇上又有許多玩家反映，遊戲出現了大Bug，硬碟資料竟然被刪除，這也讓不少玩家抱怨起來。
不少玩家跑到《帝國時代》官方論壇反映，自己的電腦資料被刪除。有玩家指出，自己想玩多人遊戲時，遊戲突然關閉、不讓自己開啟，然後他關閉了Steam再次重啟，發現Steam居然無法運行了。然後他重啟了電腦，發現自己桌面上所有的文件都消失了！還有玩家表示自己的整個Windows用戶文件夾都被刪了。有部分玩家在Steam評論裡也提到，自己遭遇了硬碟資料被刪除的狀況。
《帝國時代3：決定版》開發團隊在官網回復稱：感謝玩家的回報，目前團隊正在對此進行調查，並將此事視為首要任務。