Another：不能說的秘密，「亡靈」的存在，和不存在的人
在學校的一個班級中，有一個不能說出口的「秘密」，教室裡存在一個亡靈，於是每年學校都會推出一名學生成為「不存在的人」。
而在這一次被推選成為「不存在的人」的則是一名孤僻的少女見崎鳴，見崎鳴是一個被收養的女孩子，因為原生家庭經濟困難，便被家裡的親戚見崎家收養。本身作為一個寄人籬下的孩子性格就有些敏感孤僻，後來又患了眼疾，即便養父母為她精心醫治，但她依舊失去了自己的一隻眼，最後被安裝了一隻義眼，但是這個眼睛卻又有些不同，這隻眼睛是只「人偶義眼」。
因為眼睛的奇異之處，她常常被人圍觀，甚至需要面對人們的好奇和追問，但這恰恰就像是將她的傷疤撕開一樣，於是她便漸漸的遠離人群，形成了一個孤僻的性格，所以對於她成為「不存在的人」也是沒有絲毫的不適，對於她的日常生活也沒有絲毫的困擾和影響。
其實見崎鳴之所以遠離人群，是因為她發現了自己與常人的不同之處，她可以看見「死亡的顏色」，這也是在他被安裝上「人偶義眼」後才出現的奇異能力，因此她也越發的抗拒成為與人交流，將自我封閉起來，獨來獨往，拒人於千裡之外。直到一個人的到來打破了這場平和。
榊原恆一是一名轉校生，因為他主動和見崎鳴說話，打破了「秘密的約定」，於是為了防止慘案事件的發生，便將他也一樣當作了「不存在的人」，但是即便如此榊原恆一也依舊站在見崎鳴的身邊，成為了他唯一的朋友。其實榊原恆一接近見崎鳴也是還有目的地，而這也是會他轉校來到這裡的原因。
因為「規則」的打破，即便學生們做了相應的措施，但是慘劇依舊發生了，而他們二人為了救助同學，阻止悲劇便開始了一系列的實踐調查，他們需要找到那個「早已死去的人」。但是這一切都沒有那麼的簡單。
見崎鳴是一個讓人心疼的女孩子，從小到大的經歷都沒有順遂，而自己的姐姐也因為這場的瞬間而被當成自己誤殺了，而他們雖然找到了「亡靈」，但是依舊沒有能夠阻止殺戮的腳步，最後班級還是重新陷入了「亡靈」和學生的鬥爭，一場新的輪迴又開始了！