哈哈，這個問題有意思了，為啥火影忍者中團藏有那麼多寫輪眼還有封印術但是不敢打佩恩呢？個人認為有這幾方面的原因①團藏實戰能力不如佩恩，去打就是送死。②團藏需要藉助佩恩的力量把反對自己當火影的勢力清除掉，③為佐助復仇留下機會。下面具體的說明一下。
團藏不對佩恩出手，是為了積蓄實力，同時消耗反對自己當火影的木葉村其他勢力。
我在以前的回答中就提到過木葉村的火影繼承人是非常將就從屬關係以及互相之間的血脈聯繫的，基本上能夠成為火影的候選人都是來自千手一族的成員以及其他附屬與千手一族的角色。而團藏從派系角度考慮並不屬於千手一族派系，因此如果沒有突發事件在原有的木葉村高層統治體系裡邊團藏是沒有機會成為火影的。
因此在初代和二代火影死後團藏一直在想方設法的削弱原本木葉村高層存留的力量，除了暗殺三代火影以外，團藏還和大蛇丸勾結在一起，利用各種行動逐漸蠶食千手一族派系的力量。在團藏的各種操作下確實取得了不俗的效果，而團藏最常用的套路就是在有外部勢力入侵木葉村的時候以保存木葉村後備力量為藉口趁機削弱反對自己的勢力。團藏火影中幾次木葉村發生外敵入侵都是這樣做的：
①帶土控制九尾襲擊木葉村時期，團藏袖手旁觀讓千手派系的有生力量波風水門直接死亡。可以說是斷了千手派系的後路。
②大蛇丸聯合砂忍入侵木葉村期間，團藏也是利用同樣的藉口讓自己最大的競爭對手死在大蛇丸手裡。
因此綱手在成為第五代火影以後團藏依舊準備採取這種風險較小的手段繼續削弱木葉村原有的高層體系，正好這個階段六道佩恩來木葉村找九尾，讓團藏的後續計劃得以發揮出來：
一方面讓綱手正面硬抗佩恩失去對木葉村的掌控能力以及領導力（團藏能夠短暫的成為火影就是因為綱手傷勢過重無法承擔火影的工作職責）。
另一方面讓自己有藉口繼承火影這一管理職位完成自己的夢想。在過渡膨脹的權力欲望裡邊團藏已經不把木葉村的整體利益放在第一位了，滿足自己的欲望才是團藏的首要目標。
團藏為了成為火影把木葉村的其他成員當成了實現自己欲望的各種工具，這個階段的團藏已經把內心的陰暗面完全展示了出來。不出手對付佩恩能夠讓團藏得到最大的政治利益，因此即使團藏得到了寫輪眼和柱間細胞也不會對六道佩恩出手。
團藏的整體戰鬥能力面對佩恩依舊處於劣勢，在成為火影之前團藏是不可能為了保護村子讓自己有生命危險。
如果比較團藏和佩恩的戰鬥能力團藏的差距還是非常明顯的，因為團藏雖然移植了寫輪眼，可惜自己不是宇智波一族的族人無法把寫輪眼的真正實力發揮出來。唯一能夠使用的技能就是伊邪那岐，不要說須佐能乎了，連移植寫輪眼的特殊技能都用不了。因此團藏在輸出能力上依舊還是依靠常規忍術為主，而佩恩的能力大家都清楚能夠吸收或者反彈常規忍術的攻擊。
這樣一來團藏擅長的風遁基本上就沒有任何作用了，雖然團藏也有一定的體術格鬥能力，但是在擁有神羅天徵的佩恩面前團藏的體術攻擊基本發揮不了任何作用。柱間細胞團藏的身體融合情況並不樂觀，稍不注意就會被柱間細胞反噬。
因此對於團藏來說也只能夠有限制的使用木遁技能，造成的結果就是團藏的基礎攻擊能力基本破不了佩恩的防禦，但是佩恩的攻擊可以輕鬆地打穿團藏的防禦體系，須佐能乎只能算是一個被動的防禦技能，比查克拉量團藏是比不過佩恩的，一旦查克拉耗盡或者是寫輪眼因為使用多次伊邪那岐失明，團藏就任由佩恩宰割了。
團藏的忍術攻擊技能風遁忍術打佩恩基本上沒有任何效果，佩恩的餓鬼道能夠吸收大部分屬性的查克拉技能攻擊，團藏的常規忍術打佩恩可以說是肉包子打狗有去無回。
至於寫輪眼的伊邪那岐對於團藏來說只是一個被動防禦技能，面對佩恩也就是能夠多堅持一段時間而已，團藏對於寫輪眼的掌握並不完全，既不能使用移植寫輪眼的獨有攻擊技能，也不能發動須佐能乎提升自己的攻防能力。可以說那麼多寫輪眼在團藏手裡完全是糟蹋掉了，打佩恩依舊沒有什麼作用。
至於團藏能夠使用通靈術召喚通靈獸的情況面對輪迴眼級別的通靈獸團藏依舊毫無優勢可言，因此整體實力上團藏和佩恩相比差距是灰常明顯的，對於精於算計的團藏來說在成為火影之前是不會犧牲自己的小命為木葉服務的。
團藏的封印術對於佩恩基本上起不到限制作用，一方面佩恩是傀儡，原則上只要長門不死團藏就不可能完全封印佩恩。另一方面即使佩恩被封印掉，長門還可以製造新的佩恩出現，但是團藏卻需要付出自己的生命為代價，這對於勵志當火影的團藏來說非常的不划算。這個時候就不要逞英雄了，做縮頭烏龜才是最好的選擇。
團藏在劇情安排上必須死在佐助手裡，這樣才能減緩宇智波佐助對於木葉村的憎恨。
宇智波佐助是關係到最後能否成功拯救忍界的關鍵人物，因此岸本在劇情設計方面不可能讓佐助過於黑化。原本在佐助得知宇智波一族的滅族真相以後已經對於木葉村非常厭惡了，一度想要毀滅木葉村同時找導致宇智波一族滅族事件的原兇團藏復仇。
因此如果團藏提前出現對抗佩恩很有可能被佩恩一波流帶走，導致佐助這麼多年積累的仇恨無法化解。所以才有了後續佐助和團藏一對一的橋段，這樣佐助在收拾了團藏以後，過於沉迷於復仇的心理狀態才能夠緩解。有利於最後第四次忍界大戰大戰中佐助能夠暫時拋棄與木葉村高層的恩怨共同對抗輝夜，甚至最後佐助能夠認同鳴人的理念也有團藏死亡的功勞。
如果佐助沒有親手解決掉團藏可能後續劇情的發展就不會那麼順利的完結了，團藏的死讓佐助的仇恨目標暫時從木葉村轉移到與鳴人的理念分歧上面。因此對於團藏這一個推進劇情發展的反派配角來說岸本自然要讓其死得有價值，和佩恩正面一對一顯然不符合團藏的個性特點以及岸本的劇情設定安排。因此個人認為團藏不與佩恩正面對抗除了實力方面的差距以及團藏個人的謀略考慮以外還和佐助化解仇恨有極大的關聯。
團藏這個反派角色的小命註定是要由復仇者宇智波佐助收走的，俗話說冤有頭債有主，團藏和佩恩之間並沒有那麼多的利益糾葛。因此基本上不可能發生衝突，而且岸本的劇情裡邊很少有反派角色互相傷害的過程發生，基本上都是正反派互相對立。
最後總結一下，個人認為團藏不與佩恩正面對抗的原因一方面是攻防兩端實力不如佩恩，團藏去打必死無疑。另一方面就是團藏為了得到火影的位置採取了韜光養晦的策略以及後續為了緩解佐助對於木葉村仇恨所做的劇情設定，分析不到位地方請見諒，各位有其他想法歡迎留言討論