歷史上日本多次侵華，被國人稱為「倭寇」，這個稱呼源於古代對日本國的稱呼「倭國」。「倭」字意為「順兒」；一說，「倭」為「矮小」之意。民間說法：日本人長得像倭瓜一樣大小。雖然這不過是一句玩笑話，但是也道出了一個真相，那就是古代日本人的身高確實矮小，大如倭瓜，有點誇張了。
如果拿我國古代人類的身高與日本人的身高做一下比較，就會發現日本人的身高的確矮小了許多。我國新石器時代的古人類，身高遠遠高於同時代的日本人身高。同為東方人，為什麼兩國平均身高會有如此巨大差異呢？究其原因在於種族遺傳，我們華夏民族有東夷人的血統，與日本人分屬兩個不同的人種。
東夷人是中國遠古時期，生活在現在的山東臨沂一帶的部落，這個部落裡的人身材高大，體型健碩。據出土遺骨顯示，當時男人最高身高有的已經達到了180--200公分，是亞洲最高種族。隨後東夷人從魯南一帶遷徙到了我國的東北地區、中原地區以及江南地區，因此國人具備了高個子的遺傳基因。
傳統的日本人屬於蝦夷人血統，沒有東夷人的遺傳基因，他們繼承了蝦夷人個子矮小的基因，歷史上日本身材較高的名人，如德川家康將軍、伊達政宗身高才159公分，最高的本多忠勝也只有160公分。日本人個子矮小，除了遺傳因素外，還與營養有關。在傳統的日本飲食文化中，是不準人們吃肉的，日本不準吃肉的歷史大約有1200年之久，身體缺乏人體生長必須的蛋白質，營養跟不上，難怪不能長大個。
日本人發現了這兩個影響身高的重要因素後，為了增加本國人的身高，採取了一系列的措施，實施人種改造計劃。他們首先採取了「借種」的方法進行人種改良，據宋史記載，倭國人的船停泊在中國境內，船中的婦人全都長發飄飄，遇到中國人，婦人薦寢，名曰「借種」。近代裕仁天皇時代，大力提倡優化種族論，天皇曾多次提到東夷人，想實施人種改良計劃，不過他們混的是白種人之血統。
二戰結束後，美軍駐紮日本，在日本國土上留下了十幾萬混血兒童，使得現代日本人血統不再純正，尤其是近年來，隨著跨國婚姻的增多，日英混血兒、日菲混血兒、日意混血兒越來越多，陰差陽錯地完成了所謂的「人種改良計劃」。日本人之所以能成功地完成改良人種的計劃，還得益於對飲食結構的改變，早在明治天皇時期，就解除了不許吃肉的禁令。再加上，日本對中小學生飲食結構的重視，提倡多吃牛奶、多吃肉類，使得日本的下一代身高普遍增高。