儘管原作者青山剛昌已經明確地否定了，並且已經說出了黑衣組織的實際領導者是烏丸蓮耶。但是從種種劇情中一些細心的人也能夠找到答案。不過事實的真相到底是怎麼樣，並不一定要等到官方的答案。有時候大家也可以試試，學著柯南那樣，做一些合理的分析和推理。這樣謠言才會止於智者。其實從很多地方可以證實阿笠博士並非最終boss。
阿笠博士作為《名偵探柯南》中出場次數比較多的重要人物，可以說是柯南的重要力助，柯南身上的所有東西都是阿笠博士給他的，所以柯南才能夠像一個正常的偵探一樣解決一個個棘手的案件。但是其實早就有人說阿笠博士是最後的大boss，而灰原哀是安插在柯南身邊的奸細，為了達成某種目的一直在偽裝。這確實值得去懷疑。其實作為推理劇情的動漫這卻是是一個不錯的結局，好人變壞人巨大的反差，突出故事的魅力所在。但是如果他真的是最後的boss其實有很多的漏洞的，將使得這個故事大大減分。
最早的劇情是柯南變小之後第一個找到的就是阿笠博士，足以見得阿笠博士是絕對值得信賴的人。如果柯南直接就找到傷害他的人，並且一直被他利用，不得不說這個名偵探也是徒有虛名的。再者阿笠博士與新一的父母可是多年的好友，長時間的相處怎麼會不漏出破綻的，並且還是在著名的小說推理家工藤優作面前。要知道工藤優作在推理能力上面還要高過柯南一籌，連他都對阿笠博士如此放心那麼這個人偽裝能力要多高才能夠瞞過去。
再者阿笠博士安插在柯南身邊的奸細灰原哀可是在劇情中多次被組織追殺的，還是柯南一次次解救了她。並且我們能夠發現灰原哀已經對柯南有了難以描述的心思，如果自己是奸細的話將是怎麼折磨呀，並且很有可能會告訴柯南實情。作為大boss的阿笠博士，如此聰明的人又豈會不知道灰原哀的這個不確定因素。
並且阿笠博士屬實算是一個孩子王，與那些少年偵探團的成員可是打成一片，並且還時常出謎題逗孩子們開心。一個十惡不赦的大壞蛋再怎麼偽裝也不可能如此的上心吧。那就真的是他的感情流露，真的喜歡孩子，這點就使得他絕不可能是個殺人如麻的壞蛋。並且他在柯南面前偽裝也沒有什麼意義，如果知道柯南的最終目的是找出黑衣組織，將那些人繩之以法。早在柯南找他的第一天就被他殘忍地殺害了，還讓柯南發展到如今的勢頭。如果他想要找出那些與他作對的人，綁架新一，要挾工藤優作和其他的警察似乎更加明智。
所以說阿笠博士如果是最後的大boss才是本劇最大的bug，阿笠博士的出現也只是為了推動劇情發展，畢竟如果一個小孩子破案會有諸多的不便，而且很容易暴露，長時間的話黑衣組織應該早就發現。而阿笠博士這種老頑童的性格，能夠真心實意地幫助他。換了別人不一定有這個耐心。
因此為了幫助主角的隱藏才出現了他，使得故事合情合理。而且阿笠博士還是一個十分歡樂的角色，就像哆啦A夢一樣給孩子們帶來很多新奇古怪的東西，這一點也是為了更好地吸引觀眾。而最後當柯南面對大boss烏丸蓮耶的時候，想必阿笠博士又會給他一些非常厲害的東西，來幫助柯南抓住那些罪犯。