兒童用藥時應當根據體重、年齡等因素確定劑量，選擇合適的劑型，按照正確的給藥途徑及相應的給藥間隔、給藥時間、給藥療程用藥。
抗菌藥物 抗菌藥物是對抗病原性微生物引發感染的「利劍」，但對於兒童來說，抗菌藥物不合理使用可能會引起嚴重後果。
喹諾酮類抗菌藥物 如環丙沙星、諾氟沙星、左氧氟沙星、莫西沙星等，18歲以下兒童禁用。這類藥物可導致關節、軟骨發育障礙，影響兒童生長發育。
氯黴素 新生兒與早產兒禁用，兒童慎用。因其可導致再生障礙性貧血、灰嬰症候群、肝功能衰竭等。
四環素類藥物 8歲以下小兒禁用，因其可導致牙釉質發育不全，以及造成黃染並可能終生不消退，甚至還可能抑制兒童的骨骼發育。
氨基糖苷類抗菌藥物 如慶大黴素、鏈黴素、阿米卡星等，存在引發腎毒性、耳毒性的可能，6歲以下兒童禁用。此外，此類藥物與呋塞米等強效利尿劑合用會加大腎毒性和耳毒性，與頭孢唑啉合用還可能會引起腎衰竭。
磺胺類藥物 2月齡以下嬰兒禁用，因其可與膽紅素競爭血漿蛋白上的結合位點，導致游離膽紅素含量增高，會增加發生核黃疸的風險。
呋喃妥因、呋喃唑酮 1月齡以內新生兒禁用，因其可引起溶血性貧血、多發性神經炎等不良反應。
退燒藥物 兒童發熱是較為常見的症狀，解熱鎮痛藥也較為常用，其中對乙醯氨基酚與布洛芬是較為安全的藥物，為世界衛生組織所推薦。然而，超劑量使用這些「安全藥物」，也可能會引發嚴重的不良反應。如對乙醯氨基酚過量使用可引起肝毒性反應，嚴重者可致肝衰竭。出於安全考慮，建議每天用量不能超過2g。阿司匹林是廣泛使用的解熱鎮痛藥，但在兒童罹患流感或水痘時忌用，以免引起瑞氏症候群。尼美舒利，12歲以下兒童禁用。此外，2歲以下兒童禁用萘普生，14歲以下兒童禁用雙氯芬酸鈉，15歲以下兒童禁用美洛昔康等。
驅蟲藥 兒童使用驅蟲藥時也要慎重，不可盲目亂用。哌嗪類驅蟲藥存在潛在神經肌肉毒性，1歲以下兒童禁用。阿苯達唑可致腦炎症候群、遲發性腦病，2歲以下兒童禁用。
抑酸劑 西咪替丁具有一定的神經毒性，16歲以下兒童不推薦使用。雷尼替丁偶有報導可致肝細胞性、膽汁鬱積性或混合型肝炎，連續使用後對小兒肝、腎、血液、內分泌系統有損傷，8歲以下兒童禁用。
抗過敏藥 兒童過敏反應較為多發，在使用抗過敏藥物時需謹慎。2歲以下兒童不推薦使用氯雷他定。3歲以下兒童不宜服用酮替芬。新生兒和早產兒禁用氯苯那敏、苯海拉明。異丙嗪可致2歲以下兒童呼吸抑制甚至死亡。氮卓斯汀滴眼液不推薦4歲以下兒童使用。鼻噴劑不推薦5歲以下兒童使用。
止瀉藥 複方地芬諾酯2歲以下兒童禁用，因其對中樞神經系統有抑制作用，極易導致小兒中毒。洛哌丁胺2歲以下兒童禁用。
胃動力藥 如多潘立酮、莫沙必利等，兒童應慎用。多潘立酮可能會造成心律失常、心臟驟停、猝死等嚴重不良反應，1歲以下兒童慎用。兒童使用莫沙必利的安全性尚不明確，應慎用。
神經系統藥物 此類藥物不良反應較多，兒童需慎用。18歲以下兒童不宜使用奧氮平。15歲以下兒童禁用利培酮。6歲以下兒童禁用丙米嗪，6歲以上酌情減量使用。哌甲酯有抑制生長發育的報導，6歲以下兒童應儘量避免使用。
鎮靜催眠藥 18歲以下兒童慎用阿普唑侖。6歲以下兒童可減量使用利眠寧。15歲以下兒童不宜使用佐匹克隆。
中藥 很多中藥不良反應未知，存在很多不確定性，對於兒童尤甚。如雷公藤有免疫抑制作用，對性腺也有明顯的抑制作用，兒童禁用。含有硃砂等毒性藥材的化風丹，兒童也應禁用。具有激素樣作用的鹿茸，可影響兒童發育，兒童禁用。滋補中藥人參、蜂王漿等可能導致兒童性早熟，需慎用。