1856年發生的震撼太平天國的那場災難，既不是它在地方行政管理方面的某些缺陷造成的，也不是由於它的敵對力量所致，而要歸咎於他們自己中央領導方面的動蕩不定。如前所述，這種動蕩性在運動最初年代中就已經孕育於太平軍的制度之中。政權要繼續存在下去，就需要有一種在共同事業中形成的兄弟情誼，以剎住諸王之間的不和。
但是兄弟情誼不久都被東王楊秀清的無情野心所毀。1853 年在定都天京時，他那已經巨大的權勢由於馮雲山和肖朝貴都在戰鬥中死去而更形膨脹。楊秀清在行政地位上的加強是在損害北王韋昌輝、翼王石達開和秦日綱(1854 年封王)以至洪秀全本人的利益的情況下取得的，洪秀全本人也往往跟其他人一道蒙受楊秀清的羞辱和威嚇。
洪秀全智慮逐漸衰退的狀況最終使他事實上不能再積極參與行政決策。楊秀清馬上以新的精神權威自認，宣稱他是聖靈的化身，地位甚至在上帝次子之上。許多歷史家都鄙棄楊秀清為毫無信仰可言的陰謀家，認定他個人的宗教主張(反之，洪秀全則有至誠的信念)只是些詭計而已。 楊秀清是不是邪惡的陰謀家暫且不論， 有一點是很清楚的，如果沒有楊秀清的卓越行政才幹和集權本能，太平軍運動決不會取得那麼大的成就。
楊秀清的垮臺看來是他試圖取代洪秀全本人以篡奪最高權力的行動促成的。1856年8月，當楊秀清逼洪秀全封他為「萬歲」(這是迄今為止僅為洪本人保留的一項帝王特權)時，洪意識到自已處境的危險。天王於是把韋昌輝和石達開秘密召回天京，降詔要殺死楊秀清；這個行動也許是韋昌輝、石達開和秦日綱蓄謀已久的。韋昌輝當時正在江西作戰，距離最近，他率領幾千精兵迅疾返回南京。
韋昌輝出身於富有的地主家庭，對自己長期蒙受像楊秀清這樣一個出身貧窮的勞工的迫害可能倍加惱恨。9月1日夜間他迅猛出擊，把楊秀清殺死，並下令屠殺楊的隨從人員，據說約屠殺了2萬人。屠殺在南京蔓延了將近兩周，其規模顯然遠遠超出了洪秀全的預料。當石達開在約十天以後到達南京時也為之震驚，力勸韋昌輝住手。韋昌輝這時已經殺紅了眼，竟懷疑石達開同情東王集團。
石達開十分謹慎地逃離天京，重返他的前線部隊，韋昌輝因此也殺害了他的全家。石達開帶領了一支龐大的軍隊向南京進發，想來報仇。這時洪秀全也感到韋昌輝的權勢咄咄逼人，像楊秀清以前那樣又成了一個潛在的威脅。洪獲悉石達開受到太平軍全軍的普遍支持，便於11月中旬調集了他的軍隊把韋昌輝及其同夥200多人殺掉。在這個屠場上，貪慾和偏執狂使太平軍運動原來理想的任何殘跡都已澌滅無餘。
還有一個令人痛心的損失，那就是失去了一度集於中央的權威。倖存下來的領袖沒有人能行使位極人臣的東王有過的權力。石達開被洪秀全召回南京主管行政，他發現自己處處受到一個由洪氏兄弟和佞臣蒙得恩結成的宮廷集團的掣肘。六個月後石達開出走，領著自己的隊伍開赴西南長期單獨作戰，沒有再加入太平軍運動了。清朝的保皇派馬上對太平天國的分崩離析加以利用。1856年12月，胡林翼的軍隊把太平軍逐出武昌。
1857 年下半年曾國藩奪走了太平天國在江西徵服的大部分土地。這樣便使太平軍在長江上的要衝安慶受到威脅。自1856年下半年至1858年年中，太平天國在軍事上的頹勢終以戰略要地九江的易手和清軍重建其對南京的包圍圈而達於頂點。