縱觀名偵探柯南的劇情來看，幕後大boss極有可能是服用了APTX4869。
黑衣組織那麼龐大的隊伍，實力選手不在少數，但是並沒有一個人有見過這個幕後大boss的真面目，包括每次指派他們的一個語音都不能確定這就是幕後大boss的音調，他們現在不知道這個人是男是女，是老還是幼。
那麼為什麼會猜測幕後大boss極有可能服用了APTX4869呢。首先咱們看第一個縮小的人物就是工藤新一，工藤新一可以說是在偶然的情況下被迫的服用了這個藥物，然後變為了柯南。後來柯南一直在尋找能夠恢復為新一的解藥，可是苦苦尋找未果，接下來變小的人是攻宮野，她在無可奈何的情況下，在必須要逃離黑衣組織時服用了這個藥物，變為了灰原哀。接下來變小的人，還有世良真純的媽媽。當然也有很多人懷疑貝爾摩得也服用了這個藥物，因為貝爾摩德之前她是年齡比較大，比較難看的，但是後來她變的很酷炫很濃豔的一位美女，所以很多人會懷疑貝爾摩德用了這一枚藥物之後有返老還童的作用。
那麼不斷地有人變小，這一個現象反應出來這個幕後大boss，他一直都在研製這一枚藥物，一直想達到自己的某種目的。
另一個值得大家注意的就是黑衣組織那麼多年都沒有被搗毀，那可見這個組織裡邊的紀律也很嚴明，領導者比較智慧也比較嚴謹，那麼像柯南這個漏網之魚以及小哀這個漏網之魚居然現在還是存活於世，也沒有被黑衣組織的人殺掉，這就是很讓人懷疑的，那麼我們不得不考慮到他們之所以能夠活下來，是否跟幕後大boss有很大的關聯呢，那麼幕後大boss，為什麼要讓他們的眼中釘存活下來呢？這個時候就極有可能考慮到跟他所服用的藥物有關係。咱們不得不猜測就是幕後大boss他服用了這個藥也變小了，所以他沒有辦法以自己的真容而現身，而且他服用的藥物希望聰明的新一與生物學研究者小哀能夠找到變回來的解藥。
如果他們能夠研製出來解藥，那麼這個大boss就直接可以手到擒來，就可以解脫自己，而且根據劇情的發展來看，青山他的漫畫所展示出來的名偵探柯南裡邊大多的是在頌揚小孩子的智慧，包括他們所成立的少年偵探團，幾乎每次的案發情況，他們是第一發現人，包括在偵破案情的這個過程當中，少年偵探團會起到很大的作用，所以，青山他一直在頌揚小孩子的大智慧，會不會是為了今後揭密幕後大boss，他是已經服用了藥物之後變小的某個小孩子而做一個更大的鋪墊呢，這個也不是沒有可能的。