1月23日，有學者發文質疑「新型冠狀病毒流行源自蛇」的結論稱，這好比一個人從武漢出發去北京，如果中間必須轉一次車，有人竟然建議他到貴陽去轉車。這不是好的選擇。
「蝙蝠是哺乳動物，果子狸和駱駝也是哺乳動物，人也同樣是哺乳動物。也就是說，SARS和MERS病毒的傳遞是在哺乳動物之間進行的。但蛇不是哺乳動物。」科學媒體「知識分子」（微信號: The-Intellectual）商周專欄23日發表文章稱。
22日，北京大學、廣西中醫藥大學、寧波大學、武漢生物工程學院的研究人員聯合發表論文稱，同義密碼子使用偏向（RSCU）分析數據顯示，新型冠狀病毒的流行可能源自蛇，蛇是野生動物中蓄留前述病毒的最可能的「水庫」。
前述商周專欄文章稱，RSCU分析並不適合用來研究冠狀病毒的宿主。「所以作者的結論也就大有問題。」
國家衛生健康委員會高級別專家組成員、中國疾病預防控制中心流行病學首席科學家曾光22日晚在接受封面新聞記者專訪時也表示，新型冠狀病毒的來源「應該是哺乳動物」。而蛇是爬行動物。
「海鮮市場裡存在違法販賣野生動物，但是一封閉市場，這些人把這些動物都拿跑了，沒有得到進一步的證據，到底是哪種動物？」曾光稱。
「知識分子」前述專欄文章質疑稱，中間宿主的確定，需要實驗證據。「遺憾的是，該文的作者沒有去做任何一點，僅憑一些簡單的生物信息學分析就得出 『武漢新型冠狀病毒很可能是蛇傳給人』 的結論。同樣遺憾的是，《醫學病毒學雜誌》居然發表了這樣一篇存在漏洞的論文。」
該文章稱，「如果有人依然認為蛇就是這個病毒的中間宿主，需要提供什麼樣的證據呢？
首先，需要證明蛇身上有這種病毒。
其次，需要證明這種病毒能夠在蛇體內生長繁殖。
最後，需要證明從蛇身上提出來的病毒有致病性（比如用猴子做測驗）。」
該專欄文章稱，「首先在方法上，作者分析各種動物所採用的密碼子的數量很不相同，有的動物用了幾千萬個，而有的動物只用了幾萬個。這樣的分析可能會導致偏差。」
「假設作者把SARS和MERS病毒以及他們的中間宿主（果子狸和駱駝）也加進來做這個分析，一個可預測的結果是：SARS和MERS病毒在同義密碼子使用偏向上最為相似的同樣是蛇，而不是果子狸和駱駝。」
遭到質疑的論文標題為《新型冠狀病毒纖突蛋白的同源重組可能促進了從蛇到人的跨物種傳播》，22日在線發表在英文學術期刊《醫學病毒學雜誌》（Journal of Medical Virology）上。
研究人員使用RSCU方法，對新型冠狀病毒的基因序列進行了分析，並與蛇、蝙蝠等不同物種動物的「距離」進行比較。
該論文稱，使用的蛇是Bungarus multicinctus（銀環蛇）和Naja Atra（中華眼鏡蛇）。這兩種蛇要麼在中國中部和南部有自然分布，要麼在武漢市華南海鮮城有銷售。
數據顯示，新型冠狀病毒與兩種蛇的「平方歐氏距離」都小於14，但與蝙蝠的大於24，是27.47。
該論文稱，「這些數據表明，與其他動物相比，新型冠狀病毒2019-nCoV能更有效地使用蛇的翻譯機制，也意味著新型冠狀病毒的流行可能源自蛇。」蛇是野生動物中蓄留前述冠狀病毒的最可能的「水庫」。
該論文表示，前述兩種蛇要麼在中國中部和南部有自然分布，要麼在武漢市華南海鮮城有銷售。蛇是冷血動物，溫度比人類低，因此，當感染人類時，新型冠狀病毒可能會減弱。但是人們擔心它的適應性。
RSCU的全稱是「同義密碼子相對使用度」（或使用偏向、使用頻率、使用偏倚，relative synonymous codon usage）。它是指同一基因序列在編碼某一個胺基酸時，對同義密碼子使用的偏好（偏倚）程度。
兩種或三種不同排列的基因序列可能對應著同一胺基酸，這些不同的基因序列被稱為同義密碼子。
不同物種對前述基因排列的偏好程度有差異。
23天前，2019年12月30日，湖北省武漢市聚集性不明原因病毒性肺炎的消息傳出。疫情最早發生地為武漢華南海鮮城，海鮮城內實際存在大量野味交易。
2020年1月7日，病原體初步判定為新型冠狀病毒，經測序，獲得其全基因組序列。隨後，在網上公布。這是一種RNA單鏈病毒。
1月20日晚間，國家衛健委高級別專家組組長、中國工程院院士鍾南山在接受採訪時表示，根據流行病學分析，此次新型冠狀病毒來源很大可能是野生動物，比如竹鼠、獾等。
22日上午，中國科學院院士、中國疾病預防控制中心主任高福在國務院新聞辦新聞發布會上表示，前述新型冠狀病毒的來源是武漢當地一家海鮮市場非法銷售的野生動物。
22日上午，北京大學保護生物學教授、自然保護與社會發展研究中心執行主任呂植公開發布建議稱，呼籲國家林草局和各地野生動物主管部門及執法部門負起責任，主動作為，及時行動。她表示，吃野味是陋習，事關公共安全。
1月21日11:49，中國科學院和國家自然科學基金委員會共同主辦的英文學術期刊《中國科學》的微信公眾號發布消息稱，中國學者發表最新研究論文，通過模擬計算病毒S蛋白的結構，分析了武漢新型冠狀病毒的進化來源。該論文稱，如同導致2002年「非典」的SARS冠狀病毒一樣，武漢新型冠狀病毒的自然宿主也可能是蝙蝠，而且，從蝙蝠到人的傳染過程中很可能存在未知的中間宿主媒介。這一研究成果預測了武漢冠狀病毒有很強的對人感染能力。
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