這個問題也不好說，這還得看作者青山剛昌怎麼畫了。如果他最後結局願意精心布局，把各個漏洞和坑填起來，那麼不會是個壞的結局，所以柯南就該永久變回工藤新一。
如果青山剛昌不顧觀眾的想法，想要草草結束，餵屎收尾，傳言中灰原哀會死也不是不可能，柯南變不回新一也有可能，當然這是我認為最爛的結局。
當然正常來說，《名偵探柯南》會給出一個大和諧的結局，畢竟《柯南》整體也沒有給出過虐心的結局，距離死亡最近的赤井秀一還是被柯南的智慧盤活。所以，我認為柯南會永遠變回工藤新一活下去的。
下面就說說原因：
1.柯南本就是工藤新一
江戶川柯南雖然有戶口，但是阿笠博士黑進去的，本質上算是一個黑戶人。所以，作為工藤新一活下去合情合理。畢竟人生路還有這麼長，工藤新一不見了，也會亂了很多人的生活節奏。或許半年一年沒覺得什麼，但是三五年下去，柯南和工藤新一這十來年的差距，會影響周圍很多人的生活節奏的。
而本就是工藤新一的柯南，就該變回工藤新一活下去。
2.新蘭結局基本很難吹
《名偵探柯南》中cp確實不少，但是再怎麼多的cp，最最核心的Cp就是毛利蘭和工藤新一。故事本就是他們CP約會作為起始的，所以結局回到他們身上也很正常。前段時間（大概也一年多了），新蘭已經發過大大的糖了，相信這不會最後一次發糖。
而且毛利蘭苦苦的等待大家都看在眼裡，如果不是一個極端的《柯南》極端迷，肯定會期待他們最後走回一起。以毛利蘭和工藤新一的身份，而不是毛利蘭和江戶川柯南的身份。
3.這也是灰原哀努力的成果
Aptx本來就是灰原哀（宮野志保）做出來害了工藤新一的藥，所以現在作為劇情中一大作用就是輔助江戶川柯南。對於柯南最好的輔助就是研發出解藥，而解藥的研究正在穩步進行中。
解藥已經有了，但是不完善，只能夠維持一段時間，所以灰原哀一直在努力。所以解藥研製成功，就是對這個人設的一大褒獎。
所以這就是柯南永久變回工藤新一的理由，也具有大的可能。但是！現實中有問題，問題就在於青山剛昌，他似乎有點畫不動了，而近年來也歇稿過一次，之後再次動筆就是想畫到結尾。所以結局也有可能來得比較倉促。
所以餵屎結局也有可能，不過，這也是大家所不希望的。餵屎結局有很多種當時，柯南依舊是柯南，變不回工藤新一也就有可能。而不完善的結局背後就是留下的一條「計劃再起」的商業路。