《天空之城》主要講述了少女希達戴著一串有飛行魔力的項鍊從空中落下，遭到國防軍劇照特務和海盜朵拉兩組人的追擊。見習機械工巴魯救了希達把她收留在自己家裡。希達在巴魯的房中發現了一張天空之城的照片，巴魯告訴希達自己死去的父親曾經見到過傳說中埋藏著寶藏的空中浮島拉普塔，他的夢想就是找到這座天空之城。
電影中近乎完美地刻畫出故事所發生時代的世界的景觀，復古的火車在高架鐵軌上奔馳，一望無際黑乎乎的礦洞，神話色彩中穿插著科幻的感覺，還有點其中還夾雜著一些歐洲工業革命時期的味道，諸如高架鐵軌上的舊式火車黑乎乎的礦洞一望無際……蔚藍的天空和濃濃的白雲反而將緊張激烈的尖銳衝突淡化得更耐人尋味；人物的並不是單純地依靠臺詞而是靠人物的每一個具體細微的動作，使人物的性格更顯深刻。純潔善良簡單勇敢的小孩，用他們的眼睛看世界，往往能折射出最真摯透徹的人性；這也許是宮崎駿不斷選擇小孩子做主人公的原因之一吧。拉普達代表一個夢想，然而這個夢想最終以毀滅告終，故事的本源是悽美而帶悲劇色彩的，一如希臘神話。
然而，兩位小主人翁追尋天空之城的歷程，其實就是每個人追尋理想過程的寫照。雖然理想最終破滅，不過，我們有過追求、有一顆勇敢的心、有一個美好的過程，所以也就沒什麼遺憾了！ 主題曲表達的也正是這麼一種帶著淡淡的憂傷，在悽美中，充滿憧憬、嚮往、奮進、不屈不撓，明知悲劇的結果，也義無反顧、勇往直前的精神。動畫片存在的的意義就是給孩子純粹的快樂，給成人喚醒自己單純感動的機會。除此之外，哪裡需要什麼看不懂的深奧？或者，我們究竟有沒有問過自己，我看不懂的到底是什麼。如果還有下輩子，你想做什麼？我說過很多次，我想做一棵樹。但如果讓我生在《天空之城》的世界裡呢？我想我願意去做那個守護著它的機器人。面對天空之城中的小鳥小獸，它不再是令侵略者驚駭的超能武器，它不再會使烈火摧毀生命。恰恰相反，脫離了人的欲望，它是守護生命的天使。它是我們最後的美麗。