秒速講述的是一個初戀的故事，這部動畫電影卻並沒有一個十分美好的結局，或許也正是因為這樣的一種遺憾，才成就了秒五的經典吧。
第一個片段講述的是貴樹和明理青梅竹馬的愛情。轉學分開以後，貴樹規劃了兩個星期讓兩人相聚，帶上自己的心意出發了。但是列車卻繼而連三的晚點，這個時候貴樹的無力卻是非常的讓人難過，他能做的僅僅只有快一點趕到明裡那裡。列車在空蕩蕩的曠野中停了兩個多小時 貴樹忍住著不讓自己哭出聲來， 可當貴樹從晚點四個小時列車中下來，依舊在候車室看到了等待的明裡，兩人在一起分享了明裡做的便當，敘舊過後，不知覺中走到櫻花樹下的兩人，想起以前那段美好時光和秒速五釐米的那個短暫而永恆的約定。 明明是冬天，但是飄落的雪花卻如同櫻花瓣一般的美麗。他們在樹下擁抱，接吻，一切都是如此的美好。
而第二個片段是用花苗的視角寫出貴樹高中的迷茫生活，也正是因為花苗的出現，也讓劇情更加的完整，，貴樹跟明裡爬上了山，看著遙遠的天空，當貴樹轉過頭時，花苗知道她看的是比天空還要遠的明裡。「那是一段孤獨旅程（在那幽深的黑暗之中），只有向著一個方向不斷地往前。就像那太空人一樣飛向宇宙中心，貴樹的前方有又是哪呢？
第三個片段「我依舊還是喜歡著你。」和貴樹在一起三年的女孩發給貴樹發了這樣的簡訊。此時的貴樹已經是一位程式設計師，如今的他回到了自己的的故鄉，而明裡也發現小時候寫給貴樹的信，同時的坐上了回家的列車，而此時的明裡已經結婚了成為了別人的妻子，當兩人在兒時約定之地擦肩而過的哪一個剎那，貴樹轉過身去，即將見到明裡的那一剎那，卻被駛來列車遮擋住，列車飛速的呼嘯而過，貴樹並沒有看到明裡。而她那手上的戒指也只是一閃而過，明裡找到了屬於自己的幸福。
看這樣的故事總會有一瞬間心靈相通的感覺，不知不覺有些心疼。或許是因為錯過的美好，也是因為遺憾，這部動畫電影也成為了新海誠的成名之作，新海誠十分擅長用美好的畫面來描述一段十分悽美的故事，而2016年新海誠的一部《你的名字》便也是這樣，有人說新海誠的電影，能夠讓你在不經意的同時，就已經淚流滿面。或許這就是漫畫的魅力吧。
兩個情投意合的小情侶，懷著對彼此的不舍被分開，持續的通信，是他們維持感情的主要方式，貴樹可以堅持在大雪天作那麼久的火車去看明裡，明裡可以在夜晚的火車站等待六個小時，兩個人卻在初吻的時候決定放棄這段感情，不再聯繫，那次見面，就像兩個人約定好的分手儀式，卻沒有分手的理由...