在關於「龍的原型究竟是什麼」這一點上，之所以爭論不休，最根本的原因或許在於：人們總是希望找到一個確定無疑的原型生物，但文獻記載中的「龍」卻歧異叢出，似乎多種生物都是，又都不是，於是莫衷一是。我們之所以難以確切找到「龍」，很可能是因為在數千年的時空阻隔之下，我們未能充分理解古人對「龍」的信念。
首先要注意的是，「龍」所指的不是「一種動物」，而是「一類動物」，具備某些特徵者均可稱為「龍」，一如「蟲」是「鱗介總名」（《說文解字》），《爾雅·釋蟲》稱「有足謂之蟲，無足謂之豸」，故鳥獸魚蟲甚至人類皆可稱為「蟲」，老虎便被稱作「大蟲」，而老鼠在上海方言中也叫「老蟲」。不僅如此，這種「類別」不是現代生物學分類意義上的「類」，而是一些共有的外觀或內在特質。最顯著的例子如「鯨」從魚旁，顯然古人因其外形而將之視為魚類。
但更重要的也許是其內在特質。餘英時曾提醒：「我們都習知中古之人鹹重靈界而輕物界。凡我們現在視為虛靈玄秘之事在中古皆是『真實』，而今日被視為『真實』的事物如身體與物質世界，在那時卻被看做『表象』。」中古如此，上古恐怕猶有甚之。換言之，當時的人們可能從神話思維的標準出發，將我們現在看來完全不相干的事物歸為同類，理由是它們都內在地具有某些共同特質，而根據巫術的相似律，相似的東西就被視為同一種東西。
在此要注意的是，在中國文化的原初思維中，著重的不是確定的物質本身。英國漢學家葛瑞漢在論述先秦哲學思想的《論道者》一書中發現，「五行」這一術語雖然普遍被譯成「Five Elements」（五要素），但這其實卻是錯誤的，因為中國思想中「五行」不是像古希臘「四元素」那樣理解的是宇宙的構成成分，甚至也不是循環中的階段（另一種譯法將五行譯作「Five Phases」，即五階段），而是一個動態的過程，它們不是構成萬物，而是在流動中生成萬物，因而他主張譯為「Five Processes」（五過程）。也就是說，中國人注重的恰恰不是「實有」的存在（being），而是聯繫，是其內在的德性（moral virtues），就像西醫注重看得見的肌肉、骨頭，中醫卻著眼於看不見的「經脈」；西洋棋佔有的是方格，而圍棋卻是在點和線上。在龍崇拜上，與其說中國人崇拜與神化的是「一種動物」，不如說是「一種神秘力量」。
那麼「龍」的特質是什麼？如果其命名正是由於一種模糊不清的狀態和空洞沉悶的聲音，那麼不妨推斷，這最初是指向一種未分化的混沌狀態。在漢語中有幾組同源詞：籠、笭；隴、陵；「玲瓏」可想也是，另如空、孔、腔、肛、蟲、洞、虹、拱、共、洪、鴻蒙、瓊、穹窿、窮桑、空桑、空桐、窟窿等等，也都表有某種中空、彎曲的狀態。王小盾以「空腔崇拜」概括這類現象：「崇拜有空洞的事物，例如崇拜石洞、葫蘆、木箱、陶甕、壺、舟、鼓、桶、瓜、蛋等等。從內涵看，空腔崇拜接近於『母體崇拜』。」他甚至進而斷言：「所謂『龍』，不過是『生命的胚胎狀態或孕育狀態』這一觀念的代名。」
然而，龍在中國並非司繁殖之神，但鼉龍如雷鳴的叫聲，使古人將之視為鼓樂之神、雷雨之神。這可與南方各族對蛙的崇拜對比，法國人類學家列維-施特勞斯認為：「蛙（天上水的主人）和鱷魚（其語義地位為地上水的主人）之間存在對應關係。」他發現，很多原始族群著迷於具有自然或人工空腔的物體，如竹子、鼓、樹皮筒，而樹幹中空的木棉科樹木則被南美土著視為「包含原始水和魚的世界樹」；在中國神話中，空桑、泡桐、葫蘆也具有類似中空特徵，這使它成為一種良好的容器，可「用於製造最珍貴的樂器」，最終「用來使自然界力量『改變方向或抵擋』之」。在此，音樂並不僅僅是音樂，而被視為宇宙的節律，並具有召喚雷電和雨水的神力。
更重要的是，龍身上具有混沌不明的多重性，以至於讓人困惑的是，它看上去既可以「是」不同生物，又都不是。11世紀成書的《突厥語大詞典》記載，突厥十二生肖以鱷魚替代龍，並用nk一詞（很可能借自漢語「鱷」）兼指鱷魚和鯊魚，而指稱「龍」的nk ylan一詞直譯即「鱷蛇」。蔡鴻生發現，突厥十二生肖中，「龍」最多變，時而為「鱷」，時而為「魚」，「即使以漢語借詞的形式出現，也往往音同義異，各有其『龍』」，如土庫曼人譯為「魚」，而諾蓋人則指鳥或蟲，阿爾泰人甚至理解為沼澤水鳥或長頸怪獸。他認為，「這大概是因為對突厥族來說，『龍』是一種異族的神獸，本來就無法理解，難免越弄越玄了。」然而實際上，即便中國人自己，也同樣把龍混同於不同類別的生物。
李時珍在《本草綱目》中說：「鱗蟲有水、陸二類，類雖不同，同為鱗也。是故龍蛇靈物，魚乃水畜，種族雖別，變化相通，是蓋質異而感同也。……唐宋本草，蟲魚不分。今析為鱗部，凡九十四種，分為四類：曰龍，曰蛇，曰魚，曰無鱗魚。」他明白指出：鱗蟲水陸皆有；外觀不同但「變化相通」；而且古人對之「蟲魚不分」。最後這一點，在造字上就能看出：龍類的蛟、虯、螭均從蟲，但《廣雅》歸入「釋魚」，《說文解字》認為「池魚滿三千六百，蛟來為之長，能率魚飛」，視為魚神；「鱷」字從魚，據陸佃《埤雅》，古亦作「鮀」；而「鼉」字從黽（蛙）單聲，同部的「鼈」字俗又作「鱉」或「蟞」，是大龜卻又可從黽、從魚、從蟲。還有「鼇」字，也是傳說中的大龜，今通作「鰲」，也可兩從。
中野美代子指出：「在《西遊記》成書的十六世紀，水族博物學尚不健全，大多將龜與鱷魚混同在一起，歸為龍的同類。東西南北的海中龍王分別稱為敖廣、敖閏、敖欽、敖順，其中均採用『敖』字，這也源於『鰲』字。」但確切地說，這不是因為「水族博物學尚不健全」，而是中國文化的思維一貫注重看到事物之間的聯繫相通之處，這才傾向於將之歸為同類，而我們現代思維則從實有存在的事物視角出發，總覺得這種思維顯得含混、枝蔓乃至錯誤。
人類學家瑪麗·道格拉斯在其名著《潔淨與危險》中發現，《聖經·利未記》中對世間動物的分類很難用現代思維理解，她最終發現，這是因為在《聖經》時代的人們眼裡，「聖潔」意味著從混沌中創造出秩序，將事物「分別出來」：「聖潔是以完整性為標準來檢驗的。聖潔要求每個人都要符合他所歸屬的階級或階層；聖潔要求不同種類、層次的事物不能混淆。……聖潔就意味著完整的，獨一的；聖潔是統一的、內外一致的，無論個體還是整個類別都是完美的。」這樣的一個認知框架要求清晰的邊界：「總的說來，判斷某種動物是否潔淨的原則，就是看它是否與其所屬種類（的基本特徵）保持一致。這些鳥類之所以是不潔淨的，是因為它們在其種類中是不完美的成員，抑或是因為它們的種類本身混淆了世界的基本架構。」不同的動物應該各從其類，在《創世記》中展現的海陸空三界中照適當的方式活動，「任何生物，只要它不『配備』適於其所在層位的正確運動方式，就是違背聖潔的。人們如若接觸了它們，就沒有資格進入聖殿。因此水中之魚，凡無鱗無鰭的就是不潔淨的。」據此，在陸地上爬行、蠕動的動物是不潔的，「因為它破壞了世界的基本分類。湧往群集的生物既不是魚，也不是動物，也不是禽；鰻魚和蠕蟲雖然不是魚，卻可以生活在水中；兩棲動物不是走獸，卻棲身於乾燥之地；有些昆蟲不是鳥，卻能夠飛行。它們沒有秩序可言。」
之所以要長篇徵引，是因為這對我們認識中國神話思維中的「龍」極具啟發。比照可知，中國人的觀念恰好反其道而行之，龍難以歸類、邊界模糊的特性非但沒有被視為不潔和邪惡，反倒被看作是神聖。在《聖經》中偏向於「從混沌中創造秩序」，是「從全部的材料中作出有限的選擇」，而將混雜看作無序，但正如瑪麗·道格拉斯也承認的，在原始無分化的宇宙中，「無序的含義就是無限，在其中沒有實現過任何模式，但是它形成模式的潛力也是無限的」。在印歐系的瑣羅亞斯德教中，偏重的是光明與黑暗的宇宙二元因素彼此不斷鬥爭，但中國卻講究陰陽合一，是一個不分化的宇宙模式，這也意味著中國文明有一種特別保守的傾向。
比較神話學研究發現，人類不同文明中的大母神，如兩河的伊南娜、古埃及的伊西斯、古希臘的得墨忒耳、弗裡吉亞的賽比利、阿茲特克人的克特利丘、印度神話的雪山神女，「常是在外貌、性格和神職上兼有雙重性的：她們往往集美麗與醜陋，仁愛與專橫，光明與黑暗，理智與任性等於一身，是生命與死亡的主宰，創造與毀滅的源頭」。在印度，每一位神都既有「溫和相」，也有「畏怖相」，大神溼婆周期性地創造和毀滅整個宇宙。中國神話中的西王母也是如此，小南一郎在《中國的神話傳說與古小說》中指出：「西王母本是東西、日月、男女等宇宙的二元要素具備於一身，統合併支配它們的。原西王母由於兩性共具而表明了它的全能性質，但是在時代環境的變化之中，原西王母的絕對的機能被限制了，由兩性共具而變為只有一方即西方、月亮、女性等陰的要素由它來代表。」這樣，在漢代才出現了與「西王母」對應的「東王公」，他徵引神話學家伊利亞德的觀點認為：「成對的神常常是原來賦予這些神以特徵的原始的兩性共具者（androgyny）的後代變形，是一種不完全的公式化。」
兩性共具是一種異常狀態，但正如人類學家埃德蒙·利奇所指出的，「異常（anomaly）是神聖的一個突出特點」。這可能讓人感到恐怖，也可能受人推崇。在納瓦鶴印第安人中，雌雄兩性人也被視為不正常，「但它激起的不是可怕和噁心，它激起的是神奇和驚懼的情感。陰陽兩性人被認為是得到了神的祝福者，而且，他們可以把這種祝福轉施與人。」克利福德·吉爾茲據此認為：「雌雄兩性人也許是上帝造成的，但所有其他的結論卻是由人設定的。」因此，西方思想注重實存、秩序，邊界清晰，排斥厭惡模糊、混雜，但中國思想卻認為混沌才蘊含著深不可測的力量。
被歸為與「龍」相似或相通的那些生物，除了魚之外，另如鱷、蛇、龜、蛙等均冬眠，在古人看來有如周期性地復活，且幾乎無不是兩棲的（豬雖為獸，卻喜水），具有水陸二重性，能從水中取土。穿山甲在今天看來是爬行類，但古人稱為「鯪鯉」，造字從魚，《本草綱目》歸入龍類，因為陶弘景稱它「形似鼉而短小，又似鯉而有四足，黑色，能陸能水」，它被看作是兩棲有腳的魚。而龍更為強大，在獲得飛翔能力之後，甚至能遨遊水陸空三界——這是任何神聖生物都無法比擬的，鳳只能在陸空兩界，龜等則只在水陸兩界。這是魚崇拜的升級版，因為魚只能在具有巫術力量的原始水體中，但在進入農業文明之後，土與水開始具有同樣的重要性，此時龍就比魚更為重要了。試想，龍既是魚，也是蟲，又是蛇，既能水生，也能上陸，在水中穴居，出沒無常，不受任何邊界限制，甚至「自為牝牡」（雌雄同體），集各種特質於一身，統合支配宇宙中相反相成的各種元素，誠可謂「天上地下，唯我獨尊」。
既然這種神性是整全的、未分化的，勢必也就是豐富的，因為所有的「多」都是從這個「一」中間生成的。《太平廣記》卷四六四「鼉魚」條引《感應經》：「其一孕，生卵數百於陸地，及其成形，則有蛇、有龜、有鱉、有魚、有鼉、有為蛟者，凡十數類。及其被人捕取宰殺之，其靈能為雷電風雨，比殆神物龍類。」常被視為古代科學家的沈括，在《夢溪筆談》同樣記載少時在閩中見到鱷魚，「大體其形如龜……生卵甚多，或為魚，或為鼉、黿，其為鱷者不過一二。」這種看來完全違背現代生物學原理的觀念，只有在這樣的巫術思維中才能得到理解。耐人尋味的是，雖然中西思想均強調神聖事物的整體性（wholeness）和整全性（completeness），但卻迥然相反：西方是排他的，聖潔的整全性意味著杜絕任何汙染，然而在中國人的理解中，整全性卻是包舉一切。
由於同時兼有雙重屬性，交通天地，集善惡、陰陽於一身，這自然會讓人感覺捉摸不透、神秘莫測。《風下之鄉》中提到北婆羅洲土著對鱷魚的崇拜與此相似：「在京那巴當岸河上，鱷魚被看作是對人的威脅，因此是『壞』的，殺死鱷魚並不犯忌；而在加拉巴幹河流域的人們眼裡，鱷魚是『好』的，任何人去驚擾鱷魚都是犯忌的行為，因為有了這種人和鱷魚之間互不相侵的約定，一旦人破壞這個約定去騷擾鱷魚，鱷魚就會報復性地『變壞』。如果我們是在加拉巴幹河，是絕對不會去殺死這條鱷魚的，這種行為會立即結束人和鱷之間的友善關係。然而有一點，無論在什麼河上，我們都不能說『鱷魚』這個詞，本地人相信，提及它的名字會吸引它的注意，並誘發它的殘暴，因而『鱷魚』始終被『爺爺』所指代。」希羅多德在《歷史》將鱷魚稱作是「水陸兩棲的四足獸」，「有一些埃及人把鱷魚看成是聖獸，但另一些埃及人則把它看成是敵人」，這正是因其善惡兩重性。
中國的龍也是如此：它既表吉祥，又有惡龍，但這種善惡其實都是後世人為區分的結果，其最初的面貌極可能既善又惡、非善非惡，神秘莫測。只有單獨的「陰」或「陽」才是清晰的，彼此交錯則勢必你中有我、我中有你，呈現出光怪陸離、繁複混沌的面貌。兼具兩種特性被認為是陰陽調和之後更強大的特質，高誘注《淮南子·說山篇》：「玉，陽中之陰也，故能潤澤草木；珠，陰中之陽也，有光明，故岸不枯。」不僅如此，神性中的二重性還能互通，甚至相互轉化。中野美代子在對《西遊記》的研究中指出，猴子被稱為「弼馬溫」（避馬瘟），是因它具有兩義性，「既是害群之徒，又是馬的保護者」。
中國先民認為，宇宙的力量不斷在流動、變易，故佔卜之書稱為「易經」，八卦之象則稱為「爻」，《說文解字》解釋：「爻，交也。象易六爻，頭交也。」「乂」是古文「五」，表示錯雜或「天地交午」，這被認為是宇宙的最終奧秘。龔鵬程《中國文學批評史論》開宗明義指出，漢字「文」的本義乃指「陰陽交感、異類相交」，而「章」也指異類交錯間雜。
由此我們也能理解，蛟龍之「蛟」，並不像《述異記》所解釋的，是因「其眉交生，故謂之蛟」，而是因為古人相信它是陰陽交感這一宇宙終極力量的神顯。這一神秘力量能夠以不同形象顯示自我：在鱗蟲為「蛟」，在魚為「鮫」（日本至今稱鯊魚為「鮫」，音讀為こう，kō），《中庸》提到「黿鼉鮫龍」，本又作「蛟」，說明在「蟲魚不分」的古人心中，這兩者相通。在獸則為「狡」，《山海經》中這也是一種神獸，「有獸焉，其狀如犬而豹文，其角如牛，其名曰狡」，這表明其交錯的皮毛紋理是神性的體現。在馬也有「駮」，古通「駁」，傳說中是一種似馬而能吃虎豹的猛獸，後世多以為僅是指其皮毛顏色不純（所謂「斑駁」、「駁雜」仍保留此意），但如果明了這些命名的本意，則可知秦瓊那匹駿馬「忽雷駁」，何止僅指其為雜色而已？那是隱喻其為神獸。
龍、鳳、麒麟、玄武這類複合形象的神獸，由於其神性本身就是二重乃至多重的，兼備多種神能，因而形象勢必不可能單一對應某種現實中的生物。現在廣為流行的十二星座中的摩羯座（Capricorn），在古希臘原為一種半羊半魚的神獸，也即身兼水土二重性，但東傳後，印度本土沒有這類怪物，只能改用印度神話中的Makara來替代，漢語的「摩羯」即因印度「中介」後的音譯而來。摩羯在梵文中常被視為海龍（sea dragon）或水怪（water-monster），現在通常認為源出印地語中對鱷魚的稱呼magar，但也有學者認為其原型是儒艮、海豚，甚至是水牛或犀牛。在漢譯佛經中，它一般被稱為「摩伽羅」，被理解為是大魚、鯨魚、巨鰲。有趣的是，它的另一個名稱Kumbhīra/Kubera（似是Capricorn前半的音譯），在漢譯佛經中作金毗羅、宮毗羅或俱毗羅，常被視為對應於中國的蛟龍，李時珍在《本草綱目》卷四三「蛟龍」條下註明：「梵書名宮毗羅。」甚至有人主張，作為孫悟空原型之一的水神無支祁，其實就是梵文Makara的吳語音譯。
和龍一樣，摩羯形象在演變中，也添加了各種不同動物的形態，雖然其某些形象還能分辨出鱷魚的樣子，但又常有著魚尾，而最特殊的，是其上顎變成了象鼻，因為象在印度文化中是陸地之王，以此可賦予摩羯在水陸兩界的神力。這類神獸在形成之後，當文明再向前演進時，就會被人形的神所取代，在西方文化中，原先被崇拜的神獸往往在被妖魔化後遭到鎮壓，蛇神變為蛇妖，重心轉向英雄主義。在印度，它們成為新的人形神的坐騎，其神力也就轉移到座主的神靈身上。如摩羯原應為水神，後來卻成了恆河女神的坐騎。
在中國，神獸的結局最為和緩而特殊：既沒有被妖魔化，也未被鎮壓，馴服它們的卻也不是神靈，而是祭政合一的帝王。像御龍氏（劉累豢龍）、「蕭史乘龍」（「乘龍快婿」的典故出處）這樣的記載和傳說或許表明，在先秦時代的觀念中，乘龍、使鳳很可能原本並非帝王的專利，而是掌握巫術者均可為之。在後世的道教思想中，得道者仍可藉助龍、虎、鹿三蹻的腳力，上天入地，穿山下水，並同鬼神相交往，或許便是這一觀念的殘餘。由此來看，自古以龍為帝王座駕，雖然被普遍視為王權的象徵，但這背後其實是神權，御龍者即獲得了龍統合支配宇宙的神力。只是在「絕地天通」之後，帝王逐漸以壟斷的神權來鞏固自己的王權，又進而以王權確保自己神權的排他性，最終使「真龍天子」成為這一神秘力量的唯一合法支配者。
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