在南美洲的安第斯山脈中，曾經崛起過一個強大的帝國——印加帝國，1532年西班牙文盲冒險家弗朗西斯科.皮薩羅率領一支168人的小部隊在卡哈馬卡戰役奇蹟般的戰勝了帝國皇帝阿塔瓦爾帕的8萬大軍並俘虜了皇帝作為人質，皮薩羅勒索了大量黃金白銀後於次年處死了阿塔瓦爾帕，攻佔帝國首都庫斯科，但擁有悠久歷史的印加民族不甘心西班牙人的殖民統治，復仇的怒火潛滋暗長。
油畫，皮薩羅俘虜印加皇帝阿塔瓦爾帕，1845年約翰·埃弗裡特·米萊斯作
曼科·印卡·尤潘基即位新印加王
為了欺騙印加人、緩和民族矛盾，皮薩羅計劃建立一個傀儡政權，因此扶植之前被阿塔瓦爾帕廢黜的瓦斯卡爾為印加皇帝，然而倒黴的瓦斯卡爾登基後就突然感染天花去世。由於幾乎所有的印加王室貴族不是在之前的內戰中被殺就是染上天花死亡，皮薩羅就欽點了瓦斯卡爾的弟弟曼科·印卡·尤潘基，由他登上帝位有足夠的說服力，而且曼科自己也有意登上皇位。他找到了皮薩羅，雙方一拍即合，1534年，在皮薩羅的主持下，曼科在庫斯科正式加冕：曼科從徵服者手中接過皇冠而非從印加僧侶手中，而且被迫服從宣告"西班牙國王擁有至高無上統治權"的文件。
曼科·印卡·尤潘基（西班牙語：Manco Inca Yupanqui；克丘亞語：Manqu Inka Yupanki；1516－1544），又稱曼科·卡帕克二世
弗朗西斯科·皮薩羅大為放心，於是和他的老朋友迭戈·阿爾馬格羅分別前去探索秘魯的北部和南部，只留下弟弟貢薩洛、胡安、埃爾南多鎮守庫斯科，由於庫斯科地處內陸，不利於商業貿易，皮薩羅率領一部分人馬到海邊建立新城，即後來的秘魯首都利馬。按照皮薩羅和阿爾馬格羅的約定，庫斯科應該屬於阿爾馬格羅的勢力範圍，但是皮薩羅的兄弟埃爾南多抽空去了趟西班牙拜見國王，國王把庫斯科給了皮薩羅，阿爾馬格羅沒想到會得到這樣的對待，於是他率部去南徵智利，夢想掠奪更多的財富。
最初，曼科對待西班牙人非常友善，送給他們不少黃金和美女，但皮薩羅的兄弟縱容部下大肆搶劫，甚至當著曼科的面強姦他的妃子，這令他大為憤怒，他密謀發動暴動，但一些印第安人告發了他，結果被投進了監獄。
印加人的復仇行動
曼科決定想辦法脫身，他向西班牙人透露了一些財物的隱藏地點，漸漸贏得了信任，他繼續欺騙埃爾南多·皮薩羅說有一尊他父親瓦伊納.卡帕克的純金塑像藏在某一山洞中，他願意去把它取回來交給西班牙人。埃爾南多信以為真，還派了兩名士兵與他同行，得到允許後曼科立刻飛速離開庫斯科。
一個星期過去了，曼科杳無音信，埃爾南多意識到自己放跑了一條大魚，他命令胡安.皮薩羅率領60名騎兵去追捕曼科，胡安花了好幾天才在庫斯科郊外的尤開河谷附近的山裡找到了那兩名士兵：他們告訴胡安曼科已經用自己印加皇帝的聲望組建了一隻龐大的軍隊並準備奪回庫斯科復仇，不過曼科對他們還算夠意思，主動放了他們。胡安繼續搜索，很快就在尤開河發現集結完畢的印加軍隊，大約幾千人，胡安率領騎兵渡河向印加人發起衝鋒。
印加士兵，裝備銅質的長矛、戰斧和棉製的盔甲
令西班牙人意外的是，印加人並沒有像以往那樣見到戰馬就嚇得魂飛魄散，反而結成嚴密的陣型將西班牙士兵團團圍住，印加人向西班牙騎兵發射無數的弓箭，卻紛紛被西班牙人堅硬的板甲彈開，西班牙騎兵用長矛長劍殺死了很多印加士兵，儘管印加人粗糙的銅質長矛、戰斧、棍棒很難對身披重甲的西班牙騎兵造成致命的傷害，他們還是死戰不退，戰鬥打到黃昏，西班牙軍才勉強打退了印加人的進攻，胡安清點人馬，發現只損失了幾匹戰馬和若干騎兵，胡安根據經驗估計印加人很快就會潰散，於是下令士兵在山麓宿營。然而第二天印加人不僅沒有撤退，反而佔領了河谷周圍的制高點把他們包圍。
裝備精良的西班牙徵服者
印加人這次不再和西班牙人正面肉搏，而是據守制高點向西班牙人投射標槍擂石。經過兩天的戰鬥胡安打退了印加人一定的圍困但自身也傷亡不小，這時他突然接到埃爾南多的命令火速撤往庫斯科，早就無心戀戰的胡安立刻率部急行軍在黃昏時到達了庫斯科，他們的敵人則尾隨其後，用歌聲慶祝他們的勝利。
此時呈現在西班牙人眼前的是一幅壯觀的畫卷：印加人的軍隊和營帳密密麻麻地把庫斯科團團圍住，印加貴族華麗的羽毛頭冠、印加士兵銅質的長矛、戰斧和旗幟像森林不停地揮動，在晚霞中映射出奪目的光芒，太陽神的後裔們這次終於團結起來，要從白人殖民者手裡奪回他們世代的家園。
血戰庫斯科
由於皮薩羅和阿爾馬格羅帶走了西班牙殖民軍的主力，儘管胡安的部隊已經返回庫斯科，西班牙守軍仍只有190名西班牙士兵，其中80名是騎兵，還有約一千名土著盟軍。因此局勢對曼科十分有利，他的大軍號稱有10到20萬人，這顯然是注水，不過按照後世歷史學家的估計也有4萬左右，在裝備和戰術上，印加軍隊更是有了長足的進步。經過與西班牙人的多次戰鬥，從來沒有見過馬的印加人領教了西班牙徵服者騎兵的厲害，但他們也不再像之前那樣將騎兵認為是一種雙頭怪物；在心理上不再恐懼西班牙人的馬匹和槍炮，為了鼓舞士氣，曼科更是手持長矛騎在一匹繳獲來的戰馬上作戰。得益於曼科從幾名西班牙戰俘學習的知識，印第安人已經知道對付騎兵的一些基本操作，印加人還裝備了不少繳獲和山寨的歐洲式的頭盔、圓盾和長劍，甚至用繳獲的戰馬成立了一小隊騎兵。
1536年5月6日，伴隨著晨曦中的海螺軍號和銅鼓聲，印加士兵不停向城市發射標槍——但大部分都掉在城裡並沒有造成什麼傷害，與此同時他們還投射燃燒著的箭和裹著棉花燒紅的石頭——棉花在類似瀝青的物質中浸泡過。這些東西落在屋頂上，由於庫斯科的屋頂全都是茅草覆蓋，城內立刻燃起熊熊烈火。大火持續了數天，幾乎把庫斯科化為灰燼，歷代印加王室修建的金碧輝煌的神廟和皇宮也化為廢墟。
印加軍隊圍攻庫斯科
不過走運的是，西班牙軍隊紮營在皇宮廣場的帳篷和附近的一座神廟中，帳篷的面對的火勢的一側正巧是沒有房子的空地，因此面對火災毫髮無傷，至於那座神廟的屋頂雖然被打的起火，卻很快熄滅了，按照西班牙人的記載，這都是聖母瑪麗亞顯靈的結果，後來西班牙人把這座神廟改成了教堂。
火攻停止後，印加軍隊發起大規模進攻，大火中坍塌的房屋給西班牙騎兵的行動帶來很大障礙，西班牙人派步兵和土著盟友好不容易清除了它們，印第安人又在道路上釘木樁、設路障，給西班牙人造成更大的障礙。西班牙人只好冒著印第安人的弓箭去清除這些障礙，印第安人則用弓箭和投石器回擊他們，他們還用一種套索，把長繩一端結成一個圈套，扔到西班牙騎兵頭上，或是絆馬腿，利用這種特殊的武器擒獲了不少西班牙人；印加人還利用狹窄的城市街道打巷戰，一部分人在正面引誘西班牙騎兵的進攻，另一部分戰士從殘垣斷壁中側面伏擊敵人，他們甚至勇敢地衝向戰馬，把騎士從馬鞍上拽下來殺死。印加軍隊逐步佔領了大部分城市，西班牙人躲進皇宮廣場附近的兩座大型建築物中堅守。
激烈的庫斯科巷戰
與此同時，秘魯各地發生了無數的印第安人暴動，起義者殺死白人殖民者、掙脫西班牙統治的傳言雪片一樣傳進被圍困的庫斯科，西班牙人也不知道目前他們實際還控制了多數地盤，人心惶惶。埃爾南多努力地勸說士兵他們已經掠奪了驚人的財富，只要再堅守一個季度，皮薩羅和阿爾馬格羅一定會派援軍增援，之後埃爾南多重新布置戰鬥，他將剩餘的騎兵集中成三個小分隊，讓土著盟軍去清理道路，在城市的主要道路上攔截印加軍隊，同時用火繩槍側面掩護，他們殺死了不少印加士兵，暫時穩定了局勢。
西班牙人的反擊
為了解除威脅，埃爾南多決定採取一個"圍魏救趙"的策略，冒險進攻薩克塞瓦曼要塞，這座要塞位於庫斯科北部，座落在一塊陡峭的巨石上，由內外兩面半圓形的巨大的石塊築成的城牆保護，每道約有一千二百英尺長，內牆以內則是堡壘，由三座塔樓組成。要塞可以俯瞰整個庫斯科城，印加人已經把這個制高點作為一個重要的營地，並把城門用石塊堵住加固防禦，由於之前西班牙人的大意，對這個重要的軍事據點沒有任何防禦，印加人不費吹灰之力就攻陷了此地，甚至從這個地方向庫斯科投擲標槍，埃爾南多對自己的之前的決策追悔莫及，所以他決定拔掉這個釘子。
薩克塞瓦曼要塞(Sacsayhuaman)遺址，為克丘亞語"山鷹"之意
胡安·皮薩羅親自率領50名騎兵在黃昏時出發，向要塞相反的方向開去，這成功的欺騙了印加人——他們沒有追擊，在夜晚他們突然調頭前往要塞，印第安人根本沒有夜間作戰的概念，甚至不知道安排哨兵。外牆幾乎沒有任何防禦，西班牙人不費吹灰之力就佔領了外牆，當進入內牆時，西班牙人發現了密集的印加士兵，驚慌的印加人向西班人發射標槍和投石，胡安讓一半士兵下馬步戰，冒著彈雨搬開堵塞城門的石塊，隨後西班牙騎兵衝進城門，將敵人消滅佔領了內牆，殘餘的印加人逃入內部的堡壘，他們站在塔樓下的場院堅守，不停的投射標槍，塔樓上的印加兵投下石塊和滾木還擊，胡安舉著圓盾身先士卒，這時一塊石頭擊中他的頭部受他受了重傷，但他仍然堅持戰鬥，西班牙人最終把場院和塔樓上的印加士兵全部消滅，堡壘的印第安指揮官不肯被俘，在堡壘被攻破的那一刻跳下塔樓自殺身亡，胡安在14天後傷重死亡。
佔領薩克塞瓦曼成功地消耗了印加人的大部分兵力，戰鬥進入了漫長的圍困相持階段，在此期間，西班牙人成功地實施了恐怖戰術，使印加軍隊士氣低落，其中包括命令殺死任何被捕的婦女並切斷被俘男子的手。曼科拆分了他的部隊，他派遣他的兄弟基佐·尤潘基率領號稱三萬的大軍攻打弗朗西斯科·皮薩羅駐紮的利馬，起初取得了一定的勝利殺死大約500名西班牙人和數千名土著盟軍，但不久被300名西班牙士兵和二萬人以上的土著盟友組成的龐大援軍包圍，基佐兵敗陣亡。之後皮薩羅曾經先後派出四支隊伍，總數大約四百多人的騎兵去支援庫斯科，但是印第安人巧妙地把他們引得迷了路，最後困在山谷中，印第安人從四面的山梁上投下無數標槍，滾下無數巨石，將他們殲滅。
圍攻總共持續了五個月，可是到了八月份，耕種的季節來臨了。印加的軍隊並不是職業的軍人而是武裝的農民，如果不回去耕作，來年將一無所獲，無數人將被餓死，曼科只得逐步遣散自己的軍隊，讓他們回去耕作，以期來年繼續圍困庫斯科。但此時天花開始流行，許多殘存的印加士兵感染天花死去，當他率領約1.5萬人的殘部撤退時，又被從智利返回的阿爾馬格羅擊敗，他最後放棄了奪回庫斯科的計劃，帶領餘部撤往比爾卡班巴，這是位於秘魯東北部的一片被熱帶叢林環繞的山區，在這個易守難攻的地方建立了新印加國，之後他在這裡不停的打遊擊戰，消滅了一些西班牙軍隊，並打敗了西班牙人的土著盟友萬卡人，甚至把新印加國的領土擴張到今天的玻利維亞一帶。
新印加國的大致領土
徵服者的內訌和曼科之死
阿爾馬格羅在探索了智利之後大失所望的返回秘魯，當時智利還處於遊獵生活的蠻族馬普切人控制，他損失了不少兵力卻沒有得到什麼財富，嫉妒的心理使得他和老朋友皮薩羅反目，他武力奪取了庫斯科。因為他覺得庫斯科屬於宮廷冊封給他的地域，他甚至認為連利馬也在這地域內。不久雙方在庫斯科附近的薩利納斯大戰，阿爾馬格羅兵敗被殺。
阿爾馬格羅在巴拿馬時和土著女人生有一子，他死後，兒子留置在利馬，向皮薩羅要求享有他父親名分下由宮廷批准的利益被拒絕。小阿爾馬格羅和他父親的部下被稱作"智利幫"，在利馬飽受欺辱，窮的幾個人要輪換穿一條褲子才能出門。最後，他們決定孤注一擲幹掉皮薩羅。於是這些人，大約二十個衝進皮薩羅家中，高喊："侯爵（皮薩羅）在哪裡？處死這個惡霸！"皮薩羅正在與朋友吃飯，聞訊後準備去穿胸甲拼命，但是胸甲怎麼也穿不上。還沒等皮薩羅武裝好，敵人已經衝到面前，皮薩羅揮劍刺死了一個敵人，但同時也被刺中了咽喉倒在地上，刺客們又往他身上刺了幾劍。垂死的皮薩羅喊道："耶穌！"他用手指在血淋淋的地板上畫了個十字，垂頭去親吻它，這時，一個刺客從桌上抄起一隻水罐狠狠地砸在他後腦勺上，這個文盲天才冒險家就此斃命，享年大約65歲。
皮薩羅被刺後，小阿爾馬格羅糾集了他父親的舊部幾百人佔領了利馬的政府，但不久政變就被西班牙王國派遣的總督平息，小阿爾馬格羅戰敗被殺，新政府建立以後，開始通緝殺死皮薩羅的兇手。策劃這次謀殺的人還剩下七個，他們逃到了曼科那裡，曼科以為這些逃亡者是懷著誠意來投奔他的，便對這些人很親近，和他們一起吃飯，一起做遊戲。然而這七個人卻密謀殺死曼科將功贖罪，以期新政府能看在他們除掉曼科的份上放過自己。
一天，曼科和這七個逃亡者一起玩一個套圈的遊戲，地上釘了一些木樁，遊戲者將一個繩圈扔出去，套住木樁者獲勝。趁曼科玩得興起，這些逃亡者用匕首刺死了曼科，然而這七個人在逃跑的時候在叢林中迷路了，他們很快就被印第安人發現，印第安人將他們圍困在一個木屋裡燒死。
印加帝國的落日
1544年曼科死後，其子塞裡·圖帕克繼位。後來塞裡在1560年承認了西班牙的統治，前往庫斯科居住，並於1561年突然死去，相傳是被西班牙人毒死的。他的兒子蒂圖·庫西在比爾卡班巴繼續反抗殖民統治。西班牙殖民者與蒂圖談判，希望他離開比爾卡班巴來到庫斯科居住。但蒂圖卻在1571年突然死去，弟弟圖帕克·阿馬魯便繼承了皇位。蒂圖·庫西死後，西班牙殖民者並未得知蒂圖的死訊，仍舊向之前一樣，派遣了兩個使者前去談判。駐守雙方邊界的一名印加將領把蒂圖的死歸咎於西班牙人的謀殺，並將這兩名使者逮捕處死，秘魯總督以不顧外交慣例殺害使者為由，決定向比爾卡班巴宣戰，1572年，西班牙人攻入比爾卡班巴，俘虜了圖帕克·阿馬魯，押送回庫斯科後斬首處決，印加帝國徹底滅亡，此時離庫斯科戰役已經過去了36年。後來1780年，一位名為何塞·加夫列爾·孔多爾坎基的印加人曾自稱圖帕克·阿馬魯二世，起兵反抗西班牙殖民政府。
末代皇帝圖帕克.阿馬魯（克丘亞語：Thupaq Amaru；西班牙語：Túpac Amaru；1545年－1572年），
和中美洲的阿茲特克和瑪雅不同，印加文明是貨真價值的中央集權帝國——而非前者鬆散的部落聯盟，同時，印加軍隊也是貨真價實的戰士——他們慣於殺死敵人而不是像阿茲特克人那樣僅僅是俘虜敵人作為人祭。甚至比起始終不敢騎馬的阿茲特克人，印加人更是"師夷長技以制夷"，學會了利用地形在狹窄的通道上伏擊和消滅西班牙騎手，但印加人始終不具備在空曠地帶打敗騎兵部隊的能力。當基佐·尤潘基在利馬圍困西班牙人，並打算向該城發動猛攻時，兩個中隊的西班牙騎兵在第一次衝鋒中就殺死了包括基佐·尤潘基在內的所有指揮官，從而擊潰了他的軍隊。而且隨著西班牙本土不斷增援，到曼科在比爾卡班巴建立根據地時，最後僅僅是西班牙人就已經達一萬人以上，招募的印第安僕從軍更是不計其數，印加帝國更是喪失了翻盤的可能性。