合著者應該按貢獻大小排名，且事先必須徵得所有合著者的同意。合作研究、集體作業是現代科學發展到一定階段的必然現象。於是，科研論著這一重要的智慧財產權的歸屬和權利分配問題就個可避免地出現。其中表現得最為突出的就是合著者署名排序問題。如果說合作研究過程是每個研究人員的立功過程，那麼，署名排序完全可以看作是對每一個研究人員進行回報的行賞方式。因此，按合著者在研究過程中的貢獻大小決定署名的先後順序的方法就有明顯的公正性。並且，論文的引用以及現實的獎勵制度幾乎都是按照這種模式設汁、實施的。「那麼怎樣來確定貢獻的大小呢?一般來說，在理論研究中，立論、論證是最重要的，檢索、查新、模擬分析等就相對次要些；在實驗探素中，實驗操作、設計最重要，其他工作就次要些；在許多單位和個人參與的類型課題中，往往理論與實踐共存，可先大概定出各自的比重，然後再分別討論確定貢獻大小。」（葉繼元等編著,《學術規範通論》，上海：華東師範大學出版社，2005年7月，第191頁）。另外一種比較常用的署名排列方式就是按作者的姓氏排列。
國外一般採用兩種方式，其一是按姓氏的第一個字母在字母表中的先後順序，即ABC……XYZ來排列。其二種完全相反，即按ZYX……CBA的順序來排。
國內也有兩種基本的排序方法，其一按姓氏筆畫的多少來排列，其二是按姓氏拼音字母的順序進行排序。這種姓氏排序主要用在合作人數角度，其排序矛盾較大的時候，其根本目的是為了迴避矛盾，而不利於對課題作出主要貢獻的作者。比如在合作研究成果申報獎項的時候論著的排序就成為遴選的最重要依據之一，然而按姓氏排序完全不能體現各個課題參研者對課題的貢獻，署名排序就失去了意義。另外，在引文著錄中，單純的姓氏排序甚至會對信息接收者產生誤導。因為為了簡化著錄內容，參考引文一般只著錄前一名作者，其他著者省略不著。這樣就使信息接受者對各個合著者的學術貢獻和聲望產生誤解，只有利于姓氏排列在前的三名作者，這顯然是不公平的。（轉引 葉繼元等編著,《學術規範通論》，上海：華東師範大學出版社，2005年7月，第 第192頁）
Nature 雜誌對作者署名排序問題提出了一些基本原則：①雜誌不會給作者名單來排序。②不希望作者排名時過分強調相對低位。③提供作者選擇的方式，如果確有必要說明兩個以上的作者在地位上是相同的，可用一個符號來區分，並說明「這些作者對研究工作的貢獻是相同的」④除「簡明通信」等以外，可以使用「共同第一作者」。JAMA雜誌（美國醫學會雜誌）則採取作者填寫「貢獻單」的方式。從2001年開始，JAMA雜誌要求合署論文的每個作者在「貢獻單」上說明作了哪些實質性的貢獻並親筆籤名，並在發表時在每一篇論文末加上這一內容。（陳希寧 馮遠景，《科技期刊合著論文作者署名及排序》，《中國科技期刊研究》2002年13（5），第405—407頁，轉引 葉繼元等編著,《學術規範通論》，上海：華東師範大學出版社，2005年7月，第 第192頁）