中國醫學科學院藥物研究所（以下簡稱"藥物所"）成立於1958年，由當時中央衛生研究院的藥用植物系、藥物化學系、藥理學系組建而成，隸屬於中國醫學科學院北京協和醫學院。
藥物所始終以尋找和研究防治嚴重危害人民健康的常見病、多發病及疑難疾病的藥物為主要方向，堅持以創製具有自主智慧財產權的新藥為重點，是國家重點藥物研究機構之一，採用現代醫藥學理論和高新技術開展多學科綜合性研究，旨在走出有中國特色的新藥創製之路。藥物所主要研究方向包括抗腫瘤藥物、防治心腦血管疾病藥物、治療神經精神類疾病藥物、抗代謝紊亂藥物、抗感染藥物、抗炎免疫類藥物、治療老年退行性疾病藥物等。
藥物所學科齊全，下設合成藥物化學、天然藥物化學、藥理學、藥物分析、生物合成、藥物篩選、藥物晶型、藥物製劑、藥物代謝、新藥開發等研究科室，具有很強的藥物研發能力。藥物所現建有1個國家重點實驗室，即天然藥物活性物質與功能國家重點實驗室；7個省部級重點實驗室，即國家衛生和計劃生育委員會天然藥物生物合成重點實驗室、活性物質發現與適藥化研究北京市重點實驗室、藥物傳輸技術及新型製劑北京市重點實驗室、藥物靶點研究與新藥篩選北京市重點實驗室、晶型藥物研究北京市重點實驗室、新藥作用機制研究與藥效評價北京市重點實驗室、創新藥物非臨床藥物代謝及PK/PD研究北京市重點實驗室。藥物所還建有國家藥物及代謝產物分析研究中心、國家新藥開發工程技術研究中心、國家藥物篩選中心、中國醫學科學院北京協和醫學院新藥安全評價中心、藥物所藥物晶型研究中心。"十一五"以來，國家"新藥創製"重大專項在藥物研究所建立了包括綜合大平臺在內的多個技術平臺,有效地增進了研究所的研究能力。
藥物所現有職工495名，其中正副研究員123名。藥物所先後擁有中國科學院院士3名，中國工程院院士2名（其中已故中國科學院院士2名、中國工程院院士1名）。截至目前，藥物所共有享受國務院政府特殊津貼專家57名，國家級突出貢獻專家2名，全國傑出專業技術人才1名，衛生部級突出貢獻專家9名，教育部創新團隊帶頭人3名，教育部長江學者特聘教授3名，新世紀百千萬人才工程入選者5名，國家傑出青年科學基金獲得者4名，優秀青年科學基金獲得者2名，教育部新世紀優秀人才計劃入選者5名，中組部"千人計劃"青年項目入選者2名。共從國內外引進人才41名。
藥物所也是我國高級藥學人才的培養基地，其中藥學學科為國家教育部批准的一級重點學科，並且建立了博士後流動站。藥物所擁有一支高素質教師隊伍，承擔了北京協和醫學院的研究生教學任務，現開設研究生課程33門。目前每年在讀研究生380餘名。至2015年底，已培養畢業博士生782名、碩士生706名。2015年在藥物所等單位的基礎上，成立了北京協和醫學院藥學院，現已獲得教育部批准可招收藥學專業本科生。
藥物所建所五十多年來，已研製上市新藥百餘種, 獲新藥證書130項，其中以人工麝香、金水寶、雙環醇、丁苯酞、艾瑞昔布等為代表的創新藥物20項。至2015年底，共獲得各級科研成果獎286項，其中國家二等獎以上項目15項；共發表論文7777餘篇；編寫著作349本；持有的有效專利數700餘項，獲得授權的國內外專利277項。
藥物所始終堅持走產學研相結合的發展道路，所屬全資企業包括北京協和藥廠、北京協和製藥二廠等；控股企業包括北京聯馨藥業有限公司、北京協和建昊醫藥技術開發有限責任公司、北京科萊博醫藥開發有限責任公司。近年來，藥物所所屬全資及控股企業產值穩步上升，其中北京協和藥廠和北京協和製藥二廠兩廠總資產已超過18億元。藥廠目前的主要產品有：百賽諾、芳活素、紫素、非洛地平片、聯苯雙酯滴丸、靈孢多糖注射液、多西他賽注射液等，其中一些藥物遠銷國際市場。
藥物所與國內及美國、法國、日本、德國、西班牙、加拿大等國家和地區的製藥公司、大學、科研機構、全球非營利性組織建立了密切的協作關係，進行了廣泛的科技合作和學術交流。自1989年開始，藥物所還與新疆維吾爾自治區藥物研究所（簡稱新疆藥物所）建立了橫向合作關係，新疆藥物所掛牌為"中國醫學科學院藥物研究所新疆分所"，共同為推動新疆民族醫藥事業的發展而努力。
藥物所還負責編輯出版《藥學學報》、Chinese Chemical Letters （CCL, 中國化學快報）、Journal of Asian Natural Products Research （JANPR, 亞洲天然產物研究）及Acta Pharmaceutica Sinica B （APSB，《藥學學報》英文刊）四種學術期刊；其中CCL和JANPR為SCI收錄雜誌，APSB被Medline及ESCI等收錄，《藥學學報》成為青蒿素諾貝爾獎獲獎奠基論文的發表雜誌。
藥物所人始終以"獻身、創新、求實、協作"的精神為指引，勤奮鑽研、刻苦攻關、與時俱進、繼往開來，努力為我國醫藥衛生事業的可持續發展，為創造社會效益和增強人類健康貢獻力量。