那麼靈魂是怎麼來的？靈魂與生命是什麼關係？靈魂在生命體中存在的意義是什麼？
接下來聊聊常見的有關靈魂的疑問。
人類出現不過幾百萬年，如果有靈魂、有轉世，那麼之前人類是哪裡去了？如果恐龍時代沒有人類，那個時代是什麼情況？
已知生命並非從物質中轉化而來，隨著生物技術的不斷進步，科學家們深入到生命的微觀層面，吃驚地發現生命體中存有大量被創造的痕跡，「指紋」、「腳印」比比皆是，就差留張名片了。當然，名片也許有，只是我們看不懂。由此可推斷，在生命體出現之前，一定有某種意志存在。
同時，物理學家們也在為宇宙的高度有序性而困惑——宇宙中的所有原子結構形態全都一個模樣！很少見到傳說中的「反物質」，這是怎麼回事？如果宇宙是隨機生成的，那應當是無序而混亂的啊！只有在刻意的安排下，宇宙才能是現在這個樣子。由此可推斷，在宇宙出現之前，一定有某種意志存在。
這是誰的意志？通常認為這是神的意志，但《天機論》中經過詳細論證，否定了這個說法，認為這種造物的意志屬於另一種具有主動性的意識體——靈魂。
可以做如下設想：
在沒有宇宙的時候，是一片無邊無際、無始無終的混沌世界。我們這些在宇宙中住慣的人們，很難理解那個世界。那個世界是極無序極混亂的，常會發生一些莫名其妙的事情，因此某些靈質會莫名其妙產生了自我意識，俗話說就是「成了精」，這就是靈魂。由此可知，靈魂是自生的。
為什麼說靈魂是自生的，而不是被創造的，或是某個「總意識」的分支呢？這很簡單，不知大家發現沒有，凡是大批量生產的同類產品，都是一個模樣兒的，像螺絲帽啊什麼的，號稱標準件。可靈魂則是各個不同，哪有一大批人是同樣的性格呢？如果有個神造出（或分出）這麼多各不相同的靈魂，這個神一定是嚴重的精神分裂、性格分裂，而且是粉碎性分裂。
有人就說了，人家神的境界是人不能理解的，神是空空非非的，怎麼能以人的思維去理解神呢？好，要真是這樣，我警告你千萬別去敬神，你敬神的話，神會用雷劈你。為啥？你想啊，假如你敬神，神就保佑你，這是人可以理解的呀，這是明明就是人的表現嘛！只有你敬神反而被神揍一頓，才是人類無法理解的。所以啊，就算真有神佛存在，也萬萬不可搭理他們，否則無端招來一通空拳幻腿不理解腳，把你打得到處跑。
經過種種分析，靈魂應該是在混沌界中自生的，我們個個都是孫悟空。
大家都做過夢吧？夢中有什麼特點？當然是光怪陸離、因果關係混亂。這或許是靈魂在睡夢中會進入初始化狀態，也就是混沌狀態。由此算來，任何生命的靈魂年齡都可達億萬歲。
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